5'-O-(二甲氧基三苯甲基)-N-异丁酰基-2'-脱氧胞苷 | 100898-62-2

• 物质功能分类: 医药中间体 - 原料药中间体
• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 中文名称: 5'-O-(二甲氧基三苯甲基)-N-异丁酰基-2'-脱氧胞苷
• 英文名称: N²-isobutyryl-5'-O-(4,4'-dimethoxytriphenylmethyl)-2'-deoxycytidine
• 英文别名: 2'-deoxy-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-N⁴-isobutyrylcytidine；N-(1-((2R,4S,5R)-5-((bis(4-methoxyphenyl)(phenyl)methoxy)methyl)-4-hydroxytetrahydrofuran-2-yl)-2-oxo-1,2-dihydropyrimidin-4-yl)isobutyramide；5'-O-DMTr-N⁴-isobutyrylcytidine；DMT-ibu-dC；N-[1-[(2R,4S,5R)-5-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-4-hydroxyoxolan-2-yl]-2-oxopyrimidin-4-yl]-2-methylpropanamide
• CAS: 100898-62-2
• 化学式: C₃₄H₃₇N₃O₇
• mdl: MFCD00058586
• 分子量: 599.684
• InChiKey: UGBSAMWXUKFNAH-ILJQZKEFSA-N

物化性质

• 密度：
  1.25±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  4.7
• 重原子数：
  44
• 可旋转键数：
  11
• 环数：
  5.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.323
• 拓扑面积：
  119
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  7

制备方法与用途

用途

5'-O-(二甲氧基三苯甲基)-N-异丁酰基-2'-脱氧胞苷是一种核苷酸类衍生物，可用作医药中间体。

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  5'-O-(二甲氧基三苯甲基)-N-异丁酰基-2'-脱氧胞苷 在 吡啶 、 二氯乙酸 作用下， 以 二氯甲烷 、 水 为溶剂， 反应 2.05h， 生成 2'-deoxycytidylyl-(3'-5')-thymidine
  参考文献：
  名称：

  使用H-膦酸酯-H-Boranophosphonate方法固相合成磷酸盐/硼酸磷酸盐嵌合DNA。

  摘要：

  硼酸磷酸（PB）DNA具有诱人的特征，例如高核酸酶抗性和低毒性，因此是有前途的反义寡核苷酸候选物。但是，对反义DNA进行完整的硼磷酸磷酸酯主链修饰会导致互补RNA形成的双链减少，反义活性降低。在这项研究中，通过H-膦酸酯和H-硼烷膦酸酯方法的组合，实现了磷酸/硼磷酸（PO / PB）嵌合DNA的高效固相合成。还评估了合成的PO / PB嵌合DNA的生理和生物学特性。本文采用的策略可以促进含有位点特异性硼磷酸修饰的PO / PB嵌合DNA的设计和合成。

  DOI：

  10.1021/acs.joc.9b01257
• 作为产物：
  描述：

  2'-脱氧胞嘧啶核苷 在 吡啶 、 水 、 三乙胺 作用下， 生成 5'-O-(二甲氧基三苯甲基)-N-异丁酰基-2'-脱氧胞苷
  参考文献：
  名称：

  轻松去除可用于寡核苷酸合成的新碱基保护基

  摘要：

  提出了新的碱保护基团来代替苯甲酰基和异丁酰基。对于腺嘌呤和鸟嘌呤，它们是苯氧基乙酰基；对于胞嘧啶，它们是异丁酰基。它们在较低的温度下在较短的时间内在氨水中裂解。这些易于除去的基团可用于合成含有易碎碱基的修饰寡核苷酸。

  DOI：

  10.1016/s0040-4039(00)95646-6

文献信息

• [EN] COMPOUNDS, COMPOSITIONS AND METHODS FOR SYNTHESIS<br/>[FR] COMPOSÉS, COMPOSITIONS ET PROCÉDÉS DE SYNTHÈSE
  申请人：WAVE LIFE SCIENCES LTD

  公开号：WO2018237194A1

  公开（公告）日：2018-12-27

  The present disclosure, among other things, provides technologies for synthesis, including reagents and methods for stereoselective synthesis. In some embodiments, the present disclosure provides compounds useful as chiral auxiliaries. In some embodiments, the present disclosure provides reagents and methods for oligonucleotide synthesis. In some embodiments, the present disclosure provides reagents and methods for chirally controlled preparation of oligonucleotides. In some embodiments, technologies of the present disclosure are particularly useful for constructing challenging internucleotidic linkages, providing high yields and stereoselectivity.

  本公开内容提供了合成技术，包括用于立体选择性合成的试剂和方法。在某些实施例中，本公开内容提供了作为手性辅助剂有用的化合物。在某些实施例中，本公开内容提供了用于寡核苷酸合成的试剂和方法。在某些实施例中，本公开内容提供了用于手性控制寡核苷酸制备的试剂和方法。在某些实施例中，本公开内容的技术特别适用于构建具有挑战性的核苷酸间连接，提供高产率和立体选择性。
• Use of new phosphonylating and coupling agents in the synthesis of oligodeoxyribonucleotides via the H-phosphonate approach
  作者：Osamu Sakatsume、Hiroshi Yamane、Hiroshi Takaku、Naoki Yamamoto

  DOI：10.1016/s0040-4039(01)93898-5

  日期：1989.1

  Tris(1,1,1,3,3,3-hexafluoro-2-propyl) phosphite was used as a phosphonylating reagent for the preparation of nucleoside 3′-H-phosphonate units. The use of a new coupling reagent, 1,3-dimethyl-2-chloro-imidazolinium chloride (DMCI) for the internucleotidic H-phosphonate bond formation via the H-phosphonate approach is also discussed in detail.

  使用三（1,1,1,3,3,3-六氟-2-丙基）亚磷酸酯作为膦酰化试剂来制备核苷3'-H-膦酸酯单元。还详细讨论了使用新型偶联剂1,3-二甲基-2-氯-咪唑啉鎓氯化物（DMCI）通过H-膦酸酯方法形成核苷酸间H-膦酸酯键的方法。
• Synthesis and binding properties of oligodeoxynucleotides containing phenylphosphon(othio)ate linkages
  作者：Matthias Mag、Jochen Muth、Kerstin Jahn、Anusch Peyman、Gerhard Kretzschmar、Joachim W. Engels、Eugen Uhlmann

  DOI：10.1016/s0968-0896(97)00164-8

  日期：1997.12

  A method for the synthesis of chimeric oligodeoxynucleotides comprised of phosphodiester and phenylphosphonate [3'-O-P(= O)(C6H5)-O-5'] or phenylphosphono-thioate [3'-O-P(= S)(C6H5)-O-5'] linkages has been developed. Synthesis was performed using suitably protected nucleoside phenylphosphonamidites as building blocks following an adjusted solid-phase phosphoramidite synthesis protocol. The new oligodeoxy-nucleotide

  一种由磷酸二酯和苯基膦酸酯[3'-OP（= O）（C6H5）-O-5']或苯基膦酰硫酸酯[3'-OP（= S）（C6H5）-O-组成的嵌合寡聚脱氧核苷酸的合成方法5']链接已开发。遵循调整后的固相亚磷酰胺合成规程，使用适当保护的核苷苯基亚磷酰胺作为结构单元进行合成。通过电喷雾电离和基质辅助激光解吸质谱以及31P NMR光谱对新的寡聚脱氧核苷酸类似物进行了表征。另外，已经研究了它们与互补寡聚脱氧核苷酸的结合特性。
• Facile removal of new base protecting groups useful in oligonucleotide synthesis
  作者：J.C. Schulhof、D. Molko、R. Teoule

  DOI：10.1016/s0040-4039(00)95646-6

  日期：1987.1

  New base protecting groups are proposed in place of benzoyl and isobutyryl groups. They are phenoxy acetyl for adenine and guanine and isobutyryl for cytosine. They are cleaved in aqueous ammonia in a shorter time at lower temperature. These easily removable groups are useful in the synthesis of modified oligonucleotides, containing fragile bases.

  提出了新的碱保护基团来代替苯甲酰基和异丁酰基。对于腺嘌呤和鸟嘌呤，它们是苯氧基乙酰基；对于胞嘧啶，它们是异丁酰基。它们在较低的温度下在较短的时间内在氨水中裂解。这些易于除去的基团可用于合成含有易碎碱基的修饰寡核苷酸。
• An expeditious route to methylphosphonate analogues of DNA
  作者：E. Kuyl-Yeheskiely、N. J. Meeuwenoord、G. A. van der Marel、J. H. van Boom

  DOI：10.1002/recl.19941130106

  日期：——

  amino groups of both nucleobases adenine and guanine with the N,N-dimethylformamidine and cytosine with the isobutyryl group presents a convenient and economical N-protective-group-strategy for the solid-phase synthesis of DNA fragments containing methylphosphonate linkages at predetermined locations. Thus, the post-synthesis removal of the N-protective groups with hydrazine hydrate (16 h at 20°C) afforded

  用N，N-二甲基甲am保护核苷腺嘌呤和鸟嘌呤的环外氨基，并用异丁酰基保护胞嘧啶，为固相合成含有甲基膦酸酯键的DNA片段提供了一种方便且经济的N保护基策略。预定位置。因此，在合成后用水合肼除去N-保护基团（在20℃下16小时）得到固定的片段，然后将其从固体载体上裂解下来，并通过用甲醇在氨中处理（2小时）在磷上脱保护。在20°C的温度下）以生产高质量的产品。