(1S,3R,4R,7S)-3-(4-N-benzoylcytosin-1-yl)-7-hydroxy-1-hydroxymethyl-2,5-dioxabicyclo[2.2.1]heptane | 221229-74-9

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机氧化合物
• 英文名称: (1S,3R,4R,7S)-3-(4-N-benzoylcytosin-1-yl)-7-hydroxy-1-hydroxymethyl-2,5-dioxabicyclo[2.2.1]heptane
• 英文别名: N-[1-[(1S,3R,4R,7S)-7-hydroxy-1-(hydroxymethyl)-2,5-dioxabicyclo[2.2.1]heptan-3-yl]-2-oxopyrimidin-4-yl]benzamide
• CAS: 221229-74-9
• 化学式: C₁₇H₁₇N₃O₆
• 分子量: 359.338
• InChiKey: UGCGCZCBMWZAKA-CXUGXGMPSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -0.7
• 重原子数：
  26
• 可旋转键数：
  4
• 环数：
  4.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.35
• 拓扑面积：
  121
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  6

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  (1S,3R,4R,7S)-3-(4-N-benzoylcytosin-1-yl)-7-hydroxy-1-hydroxymethyl-2,5-dioxabicyclo[2.2.1]heptane 在 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 吡啶 、 二氯甲烷 为溶剂， 反应 8.5h， 生成 Diisopropyl-phosphoramidous acid (1R,3R,4R,7S)-3-(4-benzoylamino-2-oxo-2H-pyrimidin-1-yl)-1-[bis-(4-methoxy-phenyl)-phenyl-methoxymethyl]-2,5-dioxa-bicyclo[2.2.1]hept-7-yl ester 2-cyano-ethyl ester
  参考文献：
  名称：

  LNA（锁定核酸）：腺嘌呤，胞嘧啶，鸟嘌呤，5-甲基胞嘧啶，胸腺嘧啶和尿嘧啶双环核苷单体的合成，寡聚化和前所未有的核酸识别

  摘要：

  由2'- O，4'- C-亚甲基双环核苷单体组成的LNA（锁定核酸）被有效合成，并评估了其对六种不同核碱基（腺嘌呤，胞嘧啶，鸟嘌呤，5-甲基胞嘧啶，胸腺嘧啶）的核酸识别潜力和尿嘧啶。当评估部分或完全修饰的LNA的混合序列时，双链体对DNA和RNA的热稳定性出现了前所未有的提高（每个修饰+3至+8°C）。错配序列的研究表明，与相应的未修饰参考链相比，LNA遵循具有普遍提高的选择性的Watson-Crick碱基配对规则。

  DOI：

  10.1016/s0040-4020(98)00094-5
• 作为产物：
  描述：

  (1R,3R,4R,7S)-7-benzyloxy-1-methanesulfonoxymethyl-3-(cytosin-1-yl)-2,5-dioxabicyclo[2.2.1]heptane 在 palladium dihydroxide 吡啶 作用下， 以 甲醇 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 7.0h， 生成 (1S,3R,4R,7S)-3-(4-N-benzoylcytosin-1-yl)-7-hydroxy-1-hydroxymethyl-2,5-dioxabicyclo[2.2.1]heptane
  参考文献：
  名称：

  通往2'-O，4'-C-亚甲基连接的双环核糖核苷（锁定核酸）的简便有效途径。

  摘要：

  描述了一种合成锁核酸（LNA）单体的新型有效方法。通过聚合合成制备了含有胸腺嘧啶，4-N-乙酰基和4-N-苯甲酰基胞嘧啶，6-N-苯甲酰腺嘌呤和2-N-异丁酰鸟嘌呤作为核碱基的LNA 5'，3'-二醇。该方法基于使用常见的糖中间体1,2-二-O-乙酰基-3-O-苄基-4-C-甲磺酰氧基甲基-5-O-甲磺酰-D-赤型戊呋喃糖（8）可以从D-葡萄糖以克数制得。使用改良的Vorbrüggen程序将四个不同的核碱基立体选择性地偶联到8个核碱基上，得到相应的4'-C-支链核苷衍生物。随后的闭环提供了受保护的LNA核苷。使用苯甲酸钠通过亲核取代有效地置换了5'-O-甲磺酰基。将5'-苯甲酸酯皂化，然后催化除去3'-O-苄基，得到游离的LNA二醇。腺苷和胞苷的环外氨基被选择性地酰化，得到4-N-乙酰基或4-N-苯甲酰基-LNA-C和6-N-苯甲酰基-LNA-A。在制备2-N-异丁酰基-LNA-G期间，鸟

  DOI：

  10.1021/jo010732p

文献信息

• IMPROVED SYNTHESIS OF ¬2.2.1|BICYCLO NUCLEOSIDES
  申请人：Exiqon A/S

  公开号：EP1163250B1

  公开（公告）日：2006-07-12
• LNA (Locked Nucleic Acids): Synthesis of the adenine, cytosine, guanine, 5-methylcytosine, thymine and uracil bicyclonucleoside monomers, oligomerisation, and unprecedented nucleic acid recognition
  作者：Alexei A. Koshkin、Sanjay K. Singh、Poul Nielsen、Vivek K. Rajwanshi、Ravindra Kumar、Michael Meldgaard、Carl Erik Olsen、Jesper Wengel

  DOI：10.1016/s0040-4020(98)00094-5

  日期：1998.4

  LNA (Locked Nucleic Acids), consisting of 2′-O,4′-C-methylene bicyclonucleoside monomers, is efficiently synthesized and its nucleic acid recognition potential evaluated for six different nucleobases, namely adenine, cytosine, guanine, 5-methylcytosine, thymine and uracil. Unprecedented increases (+3 to +8 °C per modification) in the thermal stability of duplexes towards both DNA and RNA were obtained

  由2'- O，4'- C-亚甲基双环核苷单体组成的LNA（锁定核酸）被有效合成，并评估了其对六种不同核碱基（腺嘌呤，胞嘧啶，鸟嘌呤，5-甲基胞嘧啶，胸腺嘧啶）的核酸识别潜力和尿嘧啶。当评估部分或完全修饰的LNA的混合序列时，双链体对DNA和RNA的热稳定性出现了前所未有的提高（每个修饰+3至+8°C）。错配序列的研究表明，与相应的未修饰参考链相比，LNA遵循具有普遍提高的选择性的Watson-Crick碱基配对规则。
• A Simplified and Efficient Route to 2‘-<i>O</i>, 4‘-<i>C</i>-Methylene-Linked Bicyclic Ribonucleosides (Locked Nucleic Acid)
  作者：Alexei A. Koshkin、Jef Fensholdt、Henrik M. Pfundheller、Christian Lomholt

  DOI：10.1021/jo010732p

  日期：2001.12.1

  can be prepared from D-glucose in multigram scale. Four different nucleobases were stereoselectively coupled to 8 using a modified Vorbrüggen procedure to give the corresponding 4'-C-branched nucleoside derivatives. Subsequent ring closing furnished the protected LNA nucleosides. The 5'-O-mesyl groups were efficiently displaced by nucleophilic substitution using sodium benzoate. Saponification of the

  描述了一种合成锁核酸（LNA）单体的新型有效方法。通过聚合合成制备了含有胸腺嘧啶，4-N-乙酰基和4-N-苯甲酰基胞嘧啶，6-N-苯甲酰腺嘌呤和2-N-异丁酰鸟嘌呤作为核碱基的LNA 5'，3'-二醇。该方法基于使用常见的糖中间体1,2-二-O-乙酰基-3-O-苄基-4-C-甲磺酰氧基甲基-5-O-甲磺酰-D-赤型戊呋喃糖（8）可以从D-葡萄糖以克数制得。使用改良的Vorbrüggen程序将四个不同的核碱基立体选择性地偶联到8个核碱基上，得到相应的4'-C-支链核苷衍生物。随后的闭环提供了受保护的LNA核苷。使用苯甲酸钠通过亲核取代有效地置换了5'-O-甲磺酰基。将5'-苯甲酸酯皂化，然后催化除去3'-O-苄基，得到游离的LNA二醇。腺苷和胞苷的环外氨基被选择性地酰化，得到4-N-乙酰基或4-N-苯甲酰基-LNA-C和6-N-苯甲酰基-LNA-A。在制备2-N-异丁酰基-LNA-G期间，鸟