3-N-benzoyl-3',5'-O-(1,1,3,3-tetraisopropyldisiloxane-1,3-diyl)-5-methyluridine | 131132-30-4

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机氧化合物
• 英文名称: 3-N-benzoyl-3',5'-O-(1,1,3,3-tetraisopropyldisiloxane-1,3-diyl)-5-methyluridine
• 英文别名: N³-benzoyl-1-(3,5-O-TIPDS-β-D-ribofuranosyl)thymine；N³-benzoyl-3,5-O-(1,1,3,3-tetraisopropyldisiloxane-1,3-diyl)-2-ribothymidine；N³-benzoyl-3′,5′-O-(1,1,3,3-tetraisopropyl disiloxane-1,3-diyl)5-methyluridine；1-[(6aR,8R,9R,9aS)-9-hydroxy-2,2,4,4-tetra(propan-2-yl)-6a,8,9,9a-tetrahydro-6H-furo[3,2-f][1,3,5,2,4]trioxadisilocin-8-yl]-3-benzoyl-5-methylpyrimidine-2,4-dione
• CAS: 131132-30-4
• 化学式: C₂₉H₄₄N₂O₈Si₂
• 分子量: 604.848
• InChiKey: HVOUXJZTOWWFMV-PAHOUZJPSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  4.22
• 重原子数：
  41.0
• 可旋转键数：
  6.0
• 环数：
  4.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.62
• 拓扑面积：
  118.22
• 氢给体数：
  1.0
• 氢受体数：
  10.0

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  3-N-benzoyl-3',5'-O-(1,1,3,3-tetraisopropyldisiloxane-1,3-diyl)-5-methyluridine 在 ammonium hydroxide 、 二苯基膦叠氮化物 、 四丁基溴化铵 、 碳酸氢钠 、 三苯基膦 、 偶氮二甲酸二乙酯 作用下， 以 四氢呋喃 、 1,4-二氧六环 、 甲醇 、 二氯甲烷 为溶剂， 反应 12.0h， 生成 1-(2-azido-2-deoxy-3,5-O-TIPDS-β-D-arabinofuranosyl)cytosine
  参考文献：
  名称：

  核苷和核苷酸。95.改进的1-（2-叠氮基-2-脱氧-β-D-阿拉伯呋喃糖基）胞嘧啶（阿糖胞苷）和-胸腺嘧啶的合成。阿糖胞苷对体外各种人肿瘤细胞生长的抑制谱。

  摘要：

  N3-苯甲酰基-1- [3,5-O-（四异丙基二硅氧烷] -1,3-二基）-β-D-呋喃核糖基]胸腺嘧啶（4a）与叠氮磷酸二苯酯，偶氮二羧酸二乙酯和三苯膦在四氢呋喃中的反应得到N3-苯甲酰基-1- [2-叠氮基-2-脱氧-3，5-O-（四异丙基二硅氧烷] -1，3-二基）-β-D-阿拉伯呋喃糖基] t亚胺（5a），产率高。在5a的解封序列得到1-（2-叠氮基-2-脱氧-β-D-阿拉伯呋喃糖基）胸腺嘧啶（7）之后，将其在N，N-二甲基甲酰胺中加热以产生6,2'-亚氨基-1- （2-脱氧-β-D-阿拉伯呋喃糖基）胸腺嘧啶（8）。该反应公开了5a的阿拉伯糖构型。类似地，将N3-苯甲酰基尿嘧啶衍生物4b转化为相应的2'-“上”-叠氮基尿苷衍生物5b，将其进一步转化为1-（2-叠氮基-2-脱氧-1-β-D-阿拉伯呋喃糖基）胞嘧啶（1 ，阿糖胞苷）。

  DOI：

  10.1021/jm00107a018
• 作为产物：
  描述：

  以 1,2-二氯乙烷 为溶剂， 反应 0.25h， 以25%的产率得到3-N-benzoyl-3',5'-O-(1,1,3,3-tetraisopropyldisiloxane-1,3-diyl)-5-methyluridine
  参考文献：
  名称：

  A New Microfluidic Phase-Transfer Reaction Using HPLC Guard Columns as the Reactor for the N3-Protection of Uridine Derivatives

  摘要：

  N-3-Acylation of uridine derivatives with acyl chlorides, mediated by a phase-transfer reaction, was studied using a new microfluidic device containing an HPLC guard as an effective reactor. The acylated products were obtained in more than 80% yields in very short reaction times of several seconds.

  DOI：

  10.1055/s-0035-1560264

文献信息

• Modification of oligonucleotides with weak basic residues <i>via</i> the 2′-<i>O</i>-carbamoylethyl linker for improving nuclease resistance without loss of duplex stability and antisense activity
  作者：Yoshiaki Masaki、Keishi Yamamoto、Keita Yoshida、Atsuya Maruyama、Takahito Tomori、Yusuke Iriyama、Hiroyuki Nakajima、Tatsuro Kanaki、Kohji Seio

  DOI：10.1039/c9ob00668k

  日期：——

  resistance, four kinds of new modifications through a carbamoylethyl linker were designed. Among them, the 2'-O-[2-N-2-(benzimidazol-1-yl)ethyl}carbamoylethyl] modification showed 20-fold longer half-life when treated with a 3' to 5' exonuclease compared to the 2'-O-methoxyethyl (MOE) modification, which is used in approved drugs. In addition, this large modification did not disturb the binding affinity

  为了提高核酸酶的抗性，设计了通过氨基甲酰基乙基接头的四种新的修饰。其中，用3'至5'核酸外切酶处理时，2'-O- [2-N- 2-（苯并咪唑-1-基）乙基}氨基甲酰基乙基]修饰的半衰期延长了20倍。 2'-O-甲氧基乙基（MOE）修饰，用于批准的药物中。另外，这种大修饰不会干扰结合亲和力或RNA酶H依赖性反义活性。从这些发现，可以得出结论，在这项研究中，适当的接头，例如氨基甲酰基乙基，可以扩展2'-O-修饰的效用，而不会丧失核酸的特性。该策略对于核酸治疗剂的开发将是有用的。
• Synthesis of Amide-Linked [(3′)CH₂CO-NH(5′)] Nucleoside Analogues of Small Oligonucleotides
  作者：Morris J. Robins、Bogdan Doboszewski、Bradley L. Nilsson、Matt A. Peterson

  DOI：10.1080/15257770008032997

  日期：2000.1

  We report syntheses of new amide-linked (di-penta)nucleoside analogues of antisense oligonucleotide components. Solution-phase coupling of 3'-(carboxymethyl)-3'-deoxy- and 5'-amino-5'-deoxynucleoside derivatives provides amide dimers. Activated [3'-(carboxymethyl)-3'-deoxy] units with a 5'-azido-5'-deoxy function provide "masked" 5'-amino-5'-deoxy residues for chain extension, and a 5'-O-DMT-protected

  我们报告了反义寡核苷酸组件的新的酰胺连接的（二戊）核苷类似物的合成。3'-（羧甲基）-3'-脱氧-和5'-氨基-5'-脱氧核苷衍生物的溶液相偶联提供了酰胺二聚体。具有5'-叠氮基-5'-脱氧功能的活化的[3'-（羧甲基）-3'-脱氧]单元提供“被屏蔽的” 5'-氨基-5'-脱氧残基用于链延伸，以及5'- O-DMT保护的单元提供了5'末端以连接至磷酸二酯键。
• Systematic Analysis of 2′-O-Alkyl Modified Analogs for Enzymatic Synthesis and Their Oligonucleotide Properties
  作者：Kenta Ishida、Yuuya Kasahara、Hidekazu Hoshino、Takumi Okuda、Satoshi Obika

  DOI：10.3390/molecules28237911

  日期：——

  available 2′-O-alkyl-modified nucleotide for enzymatic synthesis by KOD DGLNK. We chemically synthesized five 2′-O-alkyl-5-methyluridine triphosphates and incorporated them into the oligonucleotides. We also enzymatically synthesized a 2′-O-alkyl-modified oligonucleotide with a random region (oligonucleotide libraries). The 2′-O-alkyl-modified oligonucleotide libraries showed high nuclease resistance and a

  酶促寡核苷酸合成用于开发通过体外选择选择的功能性寡核苷酸。扩大用于体外选择的可用糖修饰有助于功能性寡核苷酸用作治疗试剂。我们之前开发了一种 KOD DNA 聚合酶突变体 KOD DGLNK，它可以酶促合成完全 LNA 或 2'-O-甲基修饰的寡核苷酸。在这里，我们报告了通过 KOD DGLNK 进一步扩展可用于酶促合成的 2'-O-烷基修饰核苷酸。我们化学合成了五种 2'-O-烷基-5-甲基尿苷三磷酸，并将它们掺入寡核苷酸中。我们还酶促合成了具有随机区域的 2'-O-烷基修饰寡核苷酸（寡核苷酸文库）。 2'-O-烷基修饰的寡核苷酸文库表现出高核酸酶抗性和广泛的疏水性。我们合成的 2'-O-烷基修饰寡核苷酸文库提供了新的可能性，可以促进用于治疗用途的功能分子的开发。
• MATSUDA, AKIRA;YASUOKA, JOHJI;SASAKI, TAKUMA;UEDA, TOHRU, J. MED. CHEM., 34,(1991) N, C. 999-1002
  作者：MATSUDA, AKIRA、YASUOKA, JOHJI、SASAKI, TAKUMA、UEDA, TOHRU

  DOI：——

  日期：——