(2R,3aS,6aS)-6-(tert-Butyl-dimethyl-silanyloxy)-2-methoxy-2,3,4,6a-tetrahydro-cyclopenta[b]furan-3a-ol | 200931-63-1

• 分子结构分类: 有机化合物 - 脂质和类脂质分子 - 异戊烯醇脂质
• 英文名称: (2R,3aS,6aS)-6-(tert-Butyl-dimethyl-silanyloxy)-2-methoxy-2,3,4,6a-tetrahydro-cyclopenta[b]furan-3a-ol
• 英文别名: (2R,3aS,6aS)-6-[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxy-2-methoxy-2,3,4,6a-tetrahydrocyclopenta[b]furan-3a-ol
• CAS: 200931-63-1
• 化学式: C₁₄H₂₆O₄Si
• 分子量: 286.444
• InChiKey: KTEMDEZRCLNAPT-BZPMIXESSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  2.79
• 重原子数：
  19
• 可旋转键数：
  4
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.86
• 拓扑面积：
  47.9
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  4

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  (2R,3aS,6aS)-6-(tert-Butyl-dimethyl-silanyloxy)-2-methoxy-2,3,4,6a-tetrahydro-cyclopenta[b]furan-3a-ol 在 硼烷四氢呋喃络合物 、 戴斯-马丁氧化剂 作用下， 以 四氢呋喃 、 二氯甲烷 为溶剂， 反应 33.0h， 生成 (1R,3R,5R,8S)-8-{[(tert-butyl)dimethylsilyl]oxy}-5-hydroxy-3-methoxy-2-oxabicyclo[3.3.0]octan-7-one
  参考文献：
  名称：

  Nucleic-Acid Analogs with Restricted Conformational Flexibility in the Sugar-Phosphate Backbone (`Bicyclo-DNA'), Part 7, Synthesis and Properties of Oligodeoxynucleotides Containing [(3′S,5′S,6′R)-6′-Amino-2′-deoxy-3′,5′-ethano-β-D-ribofuranosyl]thymine (=(6′R)-6′-Amino-bicyclo-thymidine)

  摘要：

  We describe the synthesis of the acetamido- and trifluoroacetamido-functionalized bicyclo-thymidines 11 and 12, starting from the silyl enol ether 1, in 6 steps. These nucleosides were converted to the corresponding cyanoethyl phosphoramidite building blocks 16 and 17 and subsequently incorporated into the homothymidylate decamers 18-22. Upon deprotection of the oligomers, the trifluoroacetamido functions were cleaved, leaving behind a free amino function in the sugar-phosphate backbone that is protonated at neutral pH, giving rise to partially zwitterionic oligonucleotides. Pairing properties with the complementary DNA oligomer d(A(10)), as determined by UV/melting curves, revealed a slightly increased stability of the duplex d(A(10)) . 20, in which the decathymidylate sequence shows an alternating arrangement of natural thymidine and amino-bicyclo-thymidine residues, relative to the natural reference duplex. The dependence of T-m on the salt concentration of the medium is reduced in this case. Duplex destabilization occurs if the amino-bicyclo-thymidine residues are replaced by the charge-neutral acetamido-bicyclo-nucleosides (e.g., d(A(10)) . 22), most probably due to steric interference of the acetamido substituent with the backbone P-O(5') bond.

  DOI：

  10.1002/(sici)1522-2675(19991110)82:11<1813::aid-hlca1813>3.0.co;2-0
• 作为产物：
  描述：

  (1R,3RS,5S,8R)-3-methoxy-2-oxabicyclo[3.3.0]octane-5,8-diol 在 戴斯-马丁氧化剂 、 lithium diisopropyl amide 作用下， 以 二氯甲烷 为溶剂， 反应 4.75h， 生成 (2R,3aS,6aS)-6-(tert-Butyl-dimethyl-silanyloxy)-2-methoxy-2,3,4,6a-tetrahydro-cyclopenta[b]furan-3a-ol
  参考文献：
  名称：

  在糖磷酸骨架“ Tricyclo-DNA”中具有限制性构象灵活性的核酸类似物。部分1的制备[（5' - [R，6' - [R）-2'-脱氧-3'，5'-亚乙基-5'，6'-甲基- β-d-D-呋喃核糖基]胸腺嘧啶和腺嘌呤，和用于寡核苷酸合成的相应亚磷酰胺†

  摘要：

  描述了用于寡核苷酸合成的三环-脱氧核苷类似物1和2以及相应的氰乙基亚磷酰胺结构单元16和21的合成。这些三环脱氧核苷类似物与新近引入的双环脱氧核苷的区别在于，一个附加的环丙烷单元连接到后者的中心C（5'）和C（6'）（参见图1），因此代表该环的另一个成员。一类具有约束构象灵活性的核苷类似物。三环脱氧核苷的合成通过非对映选择性卡宾除了对映异构纯的甲硅烷基烯醇任一实现8 / 9和一个Vorbrüggen三环碳水化合物单元的缩合10 / 11与在原位全硅烷化胸腺嘧啶和Ñ 6苯甲酰基腺嘌呤。叔OHC（5'）的选择性三苯甲基化和OHC（3'）的1和2的膦酰化得到相应的亚磷酰胺16和21。通过1 H-NMR-NOE光谱学证实了新引入的环丙烷环的“ exo ”-构型。核苷类似物1和14（2和19的C（1'）处的α-D和β-D构型，分别通过1 H-NMR-NOE光谱和NOESY进行分配。建模研究β-d-异

  DOI：

  10.1002/hlca.19970800812