methyl (2S,3S,4aR,6R,8aR)-8-(bromomethyl)-2,3-dimethoxy-2,3-dimethyl-6-((trimethylsilyl)oxy)-2,3,4a,5,6,8a-hexahydrobenzo[b][1,4]dioxine-6-carboxylate | 194998-94-2

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机氧化合物
• 英文名称: methyl (2S,3S,4aR,6R,8aR)-8-(bromomethyl)-2,3-dimethoxy-2,3-dimethyl-6-((trimethylsilyl)oxy)-2,3,4a,5,6,8a-hexahydrobenzo[b][1,4]dioxine-6-carboxylate
• CAS: 194998-94-2
• 化学式: C₁₈H₃₁BrO₇Si
• 分子量: 467.429
• InChiKey: CJQITDOBMTVWOS-SSGTUYFUSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  2.98
• 重原子数：
  27.0
• 可旋转键数：
  6.0
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.83
• 拓扑面积：
  72.45
• 氢给体数：
  0.0
• 氢受体数：
  7.0

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  methyl (2S,3S,4aR,6R,8aR)-8-(bromomethyl)-2,3-dimethoxy-2,3-dimethyl-6-((trimethylsilyl)oxy)-2,3,4a,5,6,8a-hexahydrobenzo[b][1,4]dioxine-6-carboxylate 在 sodium azide 、 15-冠醚-5 、 三苯基膦 、 三氟乙酸 、 lithium hydroxide 作用下， 以 四氢呋喃 、 水 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 16.75h， 生成
  参考文献：
  名称：

  细菌脱水酶的环氧产物可自焚。

  摘要：

  破坏细菌引起感染的能力是一种创新的方法，已经引起了极大的关注，以对抗超级细菌。抗毒性药物发现的相关目标是I型脱氢喹啉酶（DHQ1）酶。结果表明2-羟乙基铵衍生物3具有体外活性，因为它会引起DHQ1催化赖氨酸残基的共价修饰。由于该化合物不带有反应性亲电中心，因此如何进行化学修饰令人着迷。我们在这里报告了一种综合方法，涉及使用结合的量子力学/分子力学伞采样分子动力学对反应路径进行生化研究，X射线晶体学和计算研究，这证明DHQ1通过转化未反应的2-来催化其自焚。3中的羟乙基铵基形成环氧化物，触发赖氨酸共价修饰。这一发现可能为设计以2-羟乙基铵部分作为环氧化物形式的赖氨酸靶向的不可逆抑制剂提供了机会，据我们所知，这以前没有报道。

  DOI：

  10.1002/chem.202000759

文献信息

• Exploring the Water-Binding Pocket of the Type II Dehydroquinase Enzyme in the Structure-Based Design of Inhibitors
  作者：Beatriz Blanco、Antía Sedes、Antonio Peón、José M. Otero、Mark J. van Raaij、Paul Thompson、Alastair R. Hawkins、Concepción González-Bello

  DOI：10.1021/jm500175z

  日期：2014.4.24

  Structural and computational studies to explore the WAT1 binding pocket in the structure-based design of inhibitors against the type II dehydroquinase (DHQ2) enzyme are reported. The crystal structures of DHQ2 from M. tuberculosis in complex with four of the reported compounds are described. The electrostatic interaction observed between the guanidinium group of the essential arginine and the carboxylate

  据报道，结构和计算研究探索了针对II型脱氢喹啉酶（DHQ2）酶的抑制剂的基于结构的设计中的WAT1结合口袋。结核分枝杆菌DHQ2的晶体结构与四种已报道的化合物复述。在所报告的晶体结构中，必需精氨酸的胍基和抑制剂之一的羧酸根基团之间观察到的静电相互作用支持了该精氨酸最近被建议的作用，其作为触发产物从活性位释放的残基。结构和分子动力学模拟研究的结果表明，通过促进与WAT1和位于该口袋中的残基的相互作用，更重要的是，通过避免配体占据WAT1结合口袋的情况，抑制力得到了支持。新的见解可用于在抑制剂的基于结构的设计中获得优势。