AcIII-γ-PPP-β-Dp | 1346132-53-3

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机酸及其衍生物 - 羧酸及其衍生物
• 英文名称: AcIII-γ-PPP-β-Dp
• 英文别名: 4-acetamido-N-[2-[[2-[[4-[[5-[[5-[[5-[[3-[3-(dimethylamino)propylamino]-3-oxopropyl]carbamoyl]-1-methylpyrrol-3-yl]carbamoyl]-1-methylpyrrol-3-yl]carbamoyl]-1-methylpyrrol-3-yl]amino]-4-oxobutyl]carbamoyl]-1-methylimidazol-4-yl]carbamoyl]-1-methylimidazol-4-yl]-1-methylimidazole-2-carboxamide
• CAS: 1346132-53-3
• 化学式: C₄₇H₆₁N₁₉O₉
• 分子量: 1036.12
• InChiKey: ZRXWPVIOCBBMEZ-UHFFFAOYSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -2.7
• 重原子数：
  75
• 可旋转键数：
  23
• 环数：
  6.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.36
• 拓扑面积：
  333
• 氢给体数：
  9
• 氢受体数：
  13

反应信息

• 作为产物：
  描述：

  乙酸酐 、 N,N-二甲基-1,3-二氨基丙烷 、 4-(芴甲氧羰基氨基)丁酸 、 4-(Fmoc-氨基)-1-甲基-1H-咪唑-2-羧酸 、 4-bromo-5-cyclobutyl-1-methyl-2-(2-trifluoromethyl-phenyl)-1,2-dihydro-pyrazol-3-one 、 4-(FMOC-氨基)-1-甲基-1H-吡咯-2-羧酸 在 哌啶 、 6-chloro-3-((dimethylamino)(dimethyliminio)methyl)-1H-benzo[d][1,2,3]triazol-3-ium-1-olatehexafluorophosphate(V) 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 0.1h， 生成 AcIII-γ-PPP-β-Dp
  参考文献：
  名称：

  半胱氨酸环吡咯-咪唑聚酰胺用于 DNA 小凹槽中的序列特异性识别

  摘要：

  吡咯-咪唑 (PI) 聚酰胺是小的 DNA 结合分子，可以以高亲和力和特异性识别预定的 DNA 序列。发夹 PI 聚酰胺已被深入研究；然而，环状 PI 聚酰胺受到的关注较少，主要是因为它们的合成困难。在这里，我们描述了一种使用半胱氨酸和氯乙酰残基生产 PI 聚酰胺的新型环化方法。环化反应在1小时内完成，转化效率高。该方法可用于生产可识别 7 bp DNA 序列的长环状 PI 聚酰胺。含有两个β-丙氨酸分子的环状PI聚酰胺比相应的发夹PI聚酰胺具有更高的亲和力和特异性，表明环状PI聚酰胺可以作为一种新型的DNA结合分子。

  DOI：

  10.1021/ja207440p

文献信息

• Cysteine Cyclic Pyrrole–Imidazole Polyamide for Sequence-Specific Recognition in the DNA Minor Groove
  作者：Hironobu Morinaga、Toshikazu Bando、Toshiki Takagaki、Makoto Yamamoto、Kaori Hashiya、Hiroshi Sugiyama

  DOI：10.1021/ja207440p

  日期：2011.11.23

  Pyrrole-imidazole (PI) polyamides are small DNA-binding molecules that can recognize predetermined DNA sequences with high affinity and specificity. Hairpin PI polyamides have been studied intensively; however, cyclic PI polyamides have received less attention, mainly because of difficulties with their synthesis. Here, we describe a novel cyclization method for producing PI polyamides using cysteine

  吡咯-咪唑 (PI) 聚酰胺是小的 DNA 结合分子，可以以高亲和力和特异性识别预定的 DNA 序列。发夹 PI 聚酰胺已被深入研究；然而，环状 PI 聚酰胺受到的关注较少，主要是因为它们的合成困难。在这里，我们描述了一种使用半胱氨酸和氯乙酰残基生产 PI 聚酰胺的新型环化方法。环化反应在1小时内完成，转化效率高。该方法可用于生产可识别 7 bp DNA 序列的长环状 PI 聚酰胺。含有两个β-丙氨酸分子的环状PI聚酰胺比相应的发夹PI聚酰胺具有更高的亲和力和特异性，表明环状PI聚酰胺可以作为一种新型的DNA结合分子。