1-(2-O-Acetyl-5-O-benzoyl-4-C-benzoyloxymethyl-3-O-benzyl-α-L-threo-pentofuranosyl)thymine | 230631-17-1

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机氧化合物
• 英文名称: 1-(2-O-Acetyl-5-O-benzoyl-4-C-benzoyloxymethyl-3-O-benzyl-α-L-threo-pentofuranosyl)thymine
• 英文别名: 1(2-O-Acetyl5-O-benzoyl-4-C-benzoyloxymethyl-3-O-benzyl-beta-D-xylofuranosyl)thymine；[(3R,4R,5R)-4-acetyloxy-2-(benzoyloxymethyl)-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)-3-phenylmethoxyoxolan-2-yl]methyl benzoate
• CAS: 230631-17-1
• 化学式: C₃₄H₃₂N₂O₁₀
• 分子量: 628.635
• InChiKey: WYAPZIXWVVOAOU-MUPNOLHXSA-N

物化性质

• 密度：
  1.38±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  3.7
• 重原子数：
  46
• 可旋转键数：
  14
• 环数：
  5.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.26
• 拓扑面积：
  147
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  10

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  1-(2-O-Acetyl-5-O-benzoyl-4-C-benzoyloxymethyl-3-O-benzyl-α-L-threo-pentofuranosyl)thymine 在 吡啶 、 4-二甲氨基吡啶 、 sodium methylate 作用下， 以 甲醇 、 二氯甲烷 为溶剂， 反应 99.0h， 生成 1-[3-O-Benzyl-5-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-4-C-(p-tolylsulfonyloxymethyl)-β-D-xylofuranosyl]thymine
  参考文献：
  名称：

  三种新型双环胸腺嘧啶核苷的合成和限制性呋喃糖构象：木糖基-LNA核苷，3' - O，5'- C-亚甲基连接的核苷和2' - O，5'- C-亚甲基连接的核苷

  摘要：

  所述木糖-LNA核苷1-（2- ø，4- Ç亚甲基- β- d -xylofuranosyl）胸腺嘧啶（9）和2'- Ò，5'- Ç -亚甲基连接起来的核苷1-（2,6-从呋喃糖衍生物1和21分别获得13％（8步）和31％（7步）的总产率的脱水-β - D-呋喃呋喃糖基）胸腺嘧啶（28）。在3' - O，5'- C-亚甲基连接的核苷衍生物的合成中，通过3-酮基官能团上6-羟基的分子内攻击进行环化，生成C-3-半缩酮呋喃糖11及其随后转化为核苷15的方法非常有效。这是，然而，不可能以分离脱苄基2'-羟基，2'- ö甲基和2'- ö -叔丁基二甲基衍生物16，18和20分别在分析纯的形式。溶液相的构象分析表明该双环核苷8，9，14，15，17和19，以在N型呋喃糖构象和双环核苷酸主要存在27和28采取的S型构象。

  DOI：

  10.1039/a901729a
• 作为产物：
  描述：

  5-O-Benzoyl-4-C-benzoyloxymethyl-3-O-benzyl-1,2-O-isopropylidene-β-L-threo-pentofuranose 在 吡啶 、 N,O-双三甲硅基乙酰胺 、 三氟甲磺酸三甲基硅酯 、 溶剂黄146 作用下， 反应 77.0h， 生成 1-(2-O-Acetyl-5-O-benzoyl-4-C-benzoyloxymethyl-3-O-benzyl-α-L-threo-pentofuranosyl)thymine
  参考文献：
  名称：

  三种新型双环胸腺嘧啶核苷的合成和限制性呋喃糖构象：木糖基-LNA核苷，3' - O，5'- C-亚甲基连接的核苷和2' - O，5'- C-亚甲基连接的核苷

  摘要：

  所述木糖-LNA核苷1-（2- ø，4- Ç亚甲基- β- d -xylofuranosyl）胸腺嘧啶（9）和2'- Ò，5'- Ç -亚甲基连接起来的核苷1-（2,6-从呋喃糖衍生物1和21分别获得13％（8步）和31％（7步）的总产率的脱水-β - D-呋喃呋喃糖基）胸腺嘧啶（28）。在3' - O，5'- C-亚甲基连接的核苷衍生物的合成中，通过3-酮基官能团上6-羟基的分子内攻击进行环化，生成C-3-半缩酮呋喃糖11及其随后转化为核苷15的方法非常有效。这是，然而，不可能以分离脱苄基2'-羟基，2'- ö甲基和2'- ö -叔丁基二甲基衍生物16，18和20分别在分析纯的形式。溶液相的构象分析表明该双环核苷8，9，14，15，17和19，以在N型呋喃糖构象和双环核苷酸主要存在27和28采取的S型构象。

  DOI：

  10.1039/a901729a

文献信息

• Synthesis and evaluation of anti-HIV-1 activity of 3′-azido-3′-deoxy-2′-O,4′-C-methylene-linked bicyclic thymine nucleosides
  作者：Anne G. Olsen、Vivek K. Rajwanshi、Claus Nielsen、Jesper Wengel

  DOI：10.1039/b005469k

  日期：——

  4′-C-methylene-linked bicyclic furanose moiety, are synthesized via the 3′-azido-3′-deoxy-4′-C-hydroxymethyl nucleoside 16. The β-D-ribo-configured derivative 4 is shown by NOE experiments to exist in a north-type (3E, C3′-endo) conformation and the α-L-xylo-configured derivative 5 in a south-type (3E, C3′-exo) conformation. Both nucleosides were devoid of anti-HIV activity in MT-4 cells.

  通过3'-叠氮基-3'-脱氧-4'- C-羟甲基合成两个构象锁定的AZT类似物4和5，每个类似物均含有2'- O，4' - C-亚甲基连接的双环呋喃糖部分。核苷16。所述β- d -核糖-构型衍生物4由NOE实验示于北-型存在（3 é，C3'-内）构象，并且α-大号-木糖-构型衍生物5在南型（3 E，C3'-外切）的构象。两个都核苷 在MT-4细胞中没有抗HIV活性。
• Xylo-LNA analogues
  申请人：——

  公开号：US20030082807A1

  公开（公告）日：2003-05-01

  Based on the above and on the remarkable properties of the 2 ′-O, 4 ′-C-methylene bridged LNA monomers it was decided to synthesise oligonucleotides comprising one or more 2 ′-O,′-C-methylene-&bgr;-D-xylofuranosyl nucleotide monomer(s) as the first stereoisomer of LNA modified oligonucleotides. Modelling clearly indicated the xylo-LNA monomers to be locked in an N-type furanose conformation. Whereas the parent 2 ′-deoxy-&bgr;-D-xylofuranosyl nucleosides were shown to adopt mainly an N-type furanose conformation, the furanose ring of the 2 ′-deoxy-&bgr;-D-xylofuranosyl monomers present in xylo-DNA were shown by conformational analysis and computer modelling to prefer an S-type conformation thereby minimising steric repulsion between the nucleobase and the 3 ′-O-phopshate group (Seela, F.; Wömer, Rosemeyer, H. Helv. Chem. Acta 1994, 77, 883 ). As no report on the hybridisation properties and binding mode of xylo-configurated oligonucleotides in an RNA context was believed to exist, it was the aim to synthesise 2 ′-O, 4 ′-C-methylene-&bgr;-D-xylofuranosyl nucleotide monomer and to study the thermal stability of oligonucleotides comprising this monomer. The results showed that fully modified or almost fully modified Xylo-LNA is useful for high-affinity targeting of complementary nucleic acids. When taking into consideration the inverted stereochemistry at C- 3 ′ this is a surprising fact. It is likely that Xylo-LNA monomers, in a sequence context of Xylo-DNA monomers, should have an affinity-increasing effect.

  基于上述内容和2'-O,4'-C-亚甲基桥联LNA单体的显著特性，决定合成包含一个或多个2'-O,4'-C-亚甲基-β-D-木糖呋喃核苷酸单体的寡核苷酸作为LNA修饰寡核苷酸的第一立体异构体。建模清楚地表明木糖-LNA单体被锁定在N型呋喃糖环构象中。而2'-去氧-β-D-木糖呋喃核苷主要采用N型呋喃糖环构象，xylo-DNA中的2'-去氧-β-D-木糖呋喃单体的呋喃糖环经构象分析和计算机建模表明更倾向于S型构象，从而最小化核碱基和3'-O-磷酸基团之间的立体排斥（Seela, F.; Wömer, Rosemeyer, H.Helv. Chem. Acta1994, 77, 883）。由于在RNA上下文中尚不存在关于xylo构型寡核苷酸的杂交性质和结合模式的报告，因此旨在合成2'-O,4'-C-亚甲基-β-D-木糖呋喃核苷酸单体并研究包含该单体的寡核苷酸的热稳定性。结果表明，完全修饰或几乎完全修饰的Xylo-LNA可用于高亲和力靶向互补核酸。考虑到C-3'的反式立体化学，这是一个令人惊讶的事实。很可能Xylo-LNA单体在Xylo-DNA单体的序列环境中具有增加亲和力的效果。
• L-Ribo-LNA analogues
  申请人：——

  公开号：US20030087230A1

  公开（公告）日：2003-05-08

  Provided are L-ribo bicyclic nucleotide compounds as well as syntheses of such compounds The nucleoside compounds of the invention are useful in forming oligonucleotides that can produce nucleobase specific duplexes with complementary single stranded and double stranded nucleic acids.

  提供L-核苷酸双环化合物及其合成方法。本发明的核苷酸化合物可用于形成寡核苷酸，可与互补的单链和双链核酸产生核碱基特异性的双链。
• L-ribo-LNA analogues
  申请人：Exiqon A/S

  公开号：US07053207B2

  公开（公告）日：2006-05-30

  Provided are L-ribo bicyclic nucleotide compounds as well as syntheses of such compounds. The nucleoside compounds of the invention are useful in forming oligonucleotides that can produce nucleobase specific duplexes with complementary single stranded and double stranded nucleic acids.

  本发明提供了L-核苷酸双环化合物及其合成方法。该发明的核苷酸化合物可用于形成寡核苷酸，其可以与互补的单链和双链核酸产生特异性的核碱基双链。
• XYLO-LNA ANALOGUES
  申请人：Exiqon A/S

  公开号：EP1161439B1

  公开（公告）日：2010-04-21