5'-O-(tert-butyldimethylsilyl)uridine | 54925-65-4

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 英文名称: 5'-O-(tert-butyldimethylsilyl)uridine
• 英文别名: 5'-O-TBDMS-uridine；5'-O-t-butyldimethylsilyluridine；1-[(2R,3R,4S,5R)-5-[[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxymethyl]-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]pyrimidine-2,4-dione
• CAS: 54925-65-4
• 化学式: C₁₅H₂₆N₂O₆Si
• 分子量: 358.467
• InChiKey: IDXWTSSXQWGFCF-OJAKKHQRSA-N

物化性质

• 熔点：
  96-97 °C
• 密度：
  1.238±0.06 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  0.18
• 重原子数：
  24
• 可旋转键数：
  5
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.73
• 拓扑面积：
  108
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  6

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  5'-O-(tert-butyldimethylsilyl)uridine 在 palladium on activated charcoal 4-二甲氨基吡啶 、 1,4-环己二烯 、 triethylamine trihydrofluoride 作用下， 以 四氢呋喃 、 二氯甲烷 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 121.5h， 生成 尿嘧啶核苷
  参考文献：
  名称：

  通过氢解作用，轻松地对O-Cbz保护的核苷进行脱保护：O-苄基醚保护的核苷的替代方法。

  摘要：

  [反应：见正文]由于氢解过程中会发生副反应，因此苄基醚通常不是有效的核苷保护基。苄氧基氨基甲酸酯为保护核苷羟基提供了传统苄基醚的替代方法，因为它们对氢解的稳定性更高。描述了使用转移氢解的脱保护条件，其避免了在O-Cbz-保护的核苷的解封闭期间嘧啶核碱基的还原。另外，描述了表明核苷的核苷碱基组分导致核苷的缓慢氢解的实验。

  DOI：

  10.1021/ol048426w
• 作为产物：
  描述：

  tert-butyl [(2R,3R,4R,5R)-5-[[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxymethyl]-2-(2,4-dioxopyrimidin-1-yl)-4-hydroxyoxolan-3-yl] carbonate 以 2,2,2-三氟乙醇 为溶剂， 反应 1.0h， 以97%的产率得到5'-O-(tert-butyldimethylsilyl)uridine
  参考文献：
  名称：

  A novel practical cleavage of tert-butyl esters and carbonates using fluorinated alcohols

  摘要：

  Thermolytic cleavage of t-butyl esters and t-butyl carbonates was accomplished using TFE (2,2,2-trifluoroethanol) or HFIP (hexafluoroisopropanol) as solvent. Thus, a practical method to cleanly convert t-butyl esters and carbonates into the corresponding carboxylic acids, decarboxylated products, or alcohols in nearly quantitative yields was developed. The product is recovered by a simple solvent evaporation. The practicality of this methodology was demonstrated on alkyl, aryl, and heteroaromatic esters. (C) 2010 Elsevier Ltd. All rights reserved.

  DOI：

  10.1016/j.tetlet.2010.02.100

文献信息

• Deoxyuridine Triphosphate Nucleotidohydrolase as a Potential Antiparasitic Drug Target
  作者：Corinne Nguyen、Ganasan Kasinathan、Isabel Leal-Cortijo、Alexander Musso-Buendia、Marcel Kaiser、Reto Brun、Luis M. Ruiz-Pérez、Nils G. Johansson、Dolores González-Pacanowska、Ian H. Gilbert

  DOI：10.1021/jm050111e

  日期：2005.9.1

  small-molecule inhibitors of the enzyme deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase (dUTPase) from parasitic protozoa. The successful synthesis of a variety of analogues of dUMP is described in which the substituents are introduced at the 3'- and 5'-positions, together with variation in the heteroatom at the 5'-position. The compounds were assayed against recombinant Plasmodium falciparum and Leishmania

  本文介绍了一项结构活性研究，旨在从寄生虫原生动物中鉴定出新型的小分子脱氧尿苷酶5'-三磷酸核苷酸水解酶（dUTPase）抑制剂。描述了dUMP的各种类似物的成功合成，其中在3'-和5'-位引入取代基，以及在5'-位杂原子的变化。对化合物进行了针对重组恶性疟原虫和利什曼原虫主要酶和人类酶的测定，以提供选择性的量度。还针对体外完整的寄生虫恶性疟原虫和多杀利什曼原虫对化合物进行了体外测试。已鉴定出许多恶性疟原虫dUTPase的有效和选择性抑制剂，这些抑制剂表现出类似药物的特性并代表了未来发展的良好线索。最好的抑制剂包括化合物5'-三苯甲基氨基-2'，5'-二脱氧尿苷（2j）（Ki = 0.2 microM）和5'-O-三苯基甲硅烷基-2'，3'-二氢氢化-2'，3'-二脱氧尿苷（5h）（Ki = 1.3 microM），与人类酶相比，选择性大于200倍。确定了对抗疟原虫活性重要的结构特征。在体外
• METHOD FOR SYNTHESIZING RIBONUCLEIC ACID H-PHOSPHONATE MONOMER, AND OLIGONUCLEOTIDE SYNTHESIS IN WHICH SAID MONOMER IS USED
  申请人：GeneDesign, Inc.

  公开号：US20200331945A1

  公开（公告）日：2020-10-22

  The present invention pertains to a method for synthesizing a ribonucleic acid H-phosphonate monomer, and a method for performing oligonucleotide synthesis in which said monomer is used. The present invention pertains to a method for manufacturing an inexpensively manufacturable H-phosphonate nucleoside derivative in which selective protection is provided to position 2′ of a ribonucleoside monomer required in RNA oligonucleotide synthesis. The present invention is characterized in that: hydroxyl groups in position 2′ and position 3′, which have slightly different reactivity, are caused to react with an aromatic acyl halide at low temperature to selectively esterify position 2′; and subsequently the hydroxyl group at position 3′ in one pot is captured by a phosphityl group to prevent position 2′ and position 3′ transfer of the acyl group.

  本发明涉及一种合成核糖核酸H-膦酸酯单体的方法，以及一种在其中使用该单体的寡核苷酸合成方法。本发明涉及一种制造成本低廉的H-膦酸酯核苷衍生物的方法，其中对核糖核苷单体的2′位提供选择性保护，该单体在RNA寡核苷酸合成中所需。本发明的特点在于：在低温下使2′位和3′位的羟基（其反应性略有不同）与芳香酰卤反应，选择性地酯化2′位；随后，在同一反应容器中，通过磷酸酯基捕获3′位的羟基，以防止酰基的2′位和3′位转移。
• Synthesis and in vitro growth inhibitory activity of novel silyl- and trityl-modified nucleosides
  作者：Jenny-Lee Panayides、Véronique Mathieu、Laetitia Moreno Y. Banuls、Helen Apostolellis、Nurit Dahan-Farkas、Hajierah Davids、Leonie Harmse、M.E. Christine Rey、Ivan R. Green、Stephen C. Pelly、Robert Kiss、Alexander Kornienko、Willem A.L. van Otterlo

  DOI：10.1016/j.bmc.2016.04.036

  日期：2016.6

  Seventeen silyl- and trityl-modified (5'-O- and 3',5'-di-O-) nucleosides were synthesized with the aim of investigating the in vitro antiproliferative activities of these nucleoside derivatives. A subset of the compounds was evaluated at a fixed concentration of 100μM against a small panel of tumor cell lines (HL-60, K-562, Jurkat, Caco-2 and HT-29). The entire set was also tested at varying concentrations

  为了研究这些核苷衍生物的体外抗增殖活性，合成了十七个甲硅烷基和三苯甲基修饰的（5'-O-和3'，5'-di-O-）核苷。针对一小组肿瘤细胞系（HL-60，K-562，Jurkat，Caco-2和HT-29）以固定的100μM浓度评估了这些化合物的子集。还以两种人胶质瘤细胞株（U373和Hs683）的不同浓度对整套样品进行了测试，得出GI50值，最好的结果是〜25μM。
• Novel Synthetic Approach to Multibenzoylated Nucleosides
  作者：Xue‐Feng Zhu、A. Ian Scott

  DOI：10.1080/00397910801916280

  日期：2008.4

  Abstract An improved and highly efficient synthetic approach to multibenzoylated nucleosides bearing free 5′‐hydroxyl groups is described here. By employing t-butyldimethylsilyl (TBDMS) rather than the more commonly used dimethoxytrityl (DMTr) as a temporary 5′‐OH protecting group of the starting nucleoside, this methodology provides the expected products in nearly quantitative yields, thereby substantially

  摘要 这里描述了一种改进的、高效的带有游离 5'-羟基的多苯甲酰化核苷的合成方法。通过使用叔丁基二甲基甲硅烷基 (TBDMS) 而不是更常用的二甲氧基三苯甲基 (DMTr) 作为起始核苷的临时 5'-OH 保护基团，该方法以接近定量的产率提供了预期的产品，从而大大降低了成本和工作量的合成。
• Novel Fluoride-Labile Nucleobase-Protecting Groups for the Synthesis of 3′(2′)-O-Aminoacylated RNA Sequences
  作者：Alfred Stutz、Claudia Höbartner、Stefan Pitsch

  DOI：10.1002/1522-2675(20000906)83:9<2477::aid-hlca2477>3.0.co;2-9

  日期：2000.9.6

  a general approach to a total synthesis of amino-acylated t-RNAs and analogs, we describe the synthesis of stabilized, amino-acylated RNA fragments, which, upon ligation, could lead to amino-acylated t-RNA structures. Novel RNA phosphoramidites with fluoride-labile 2'-O-[(triisopropylsilyl)-oxy]methyl (=tom) sugar-protecting and N-2-[(triisopropylsilyl)oxy]benzyl}oxy}carbonyl (=tboc) base-protecting

  为了开发一种全合成氨酰化 t-RNA 和类似物的通用方法，我们描述了稳定的氨酰化 RNA 片段的合成，这些片段在连接后可能导致氨酰化 t-RNA 结构. 具有氟化物不稳定的 2'-O-[(三异丙基甲硅烷基)-氧基]甲基 (=tom) 糖保护和 N-2-[(三异丙基甲硅烷基)氧基]苄基}氧基}羰基 (=tboc) 碱基的新型 RNA 亚磷酰胺制备了-保护基团，以及固体支持物。具有正交（光不稳定）2'-O-[(S)-1-(2-硝基苯基)乙氧基]甲基 (=(S)-npeom) 基团的固定化 N6-tboc 保护腺苷。从这些构件中，制备了六聚体寡核糖核苷酸。通过标准下的自动合成。条件。脱离固体支撑物后，得到的完全受保护的序列用 L-苯丙氨酸衍生物氨基酰化。携带光不稳定的N-保护基团。在去除氟化物不稳定的糖和核碱基保护基团后，获得了仍然稳定的、部分用光不稳定基团保护的氨基酰化RNA序列的前体。温和条件下的光解导致