laminaritetraose

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机氧化合物
• 英文名称: laminaritetraose
• 英文别名: (2R,3S,4R,5R)-3-(((2S,3R,4S,5R,6R)-4-(((2S,3R,4S,5R,6R)-3,5-Dihydroxy-6-(hydroxymethyl)-4-(((2S,3R,4S,5S,6R)-3,4,5-trihydroxy-6-(hydroxymethyl)tetrahydro-2H-pyran-2-yl)oxy)tetrahydro-2H-pyran-2-yl)oxy)-3,5-dihydroxy-6-(hydroxymethyl)tetrahydro-2H-pyran-2-；(2R,3S,4R,5R)-3-[(2S,3R,4S,5R,6R)-4-[(2S,3R,4S,5R,6R)-3,5-dihydroxy-6-(hydroxymethyl)-4-[(2S,3R,4S,5S,6R)-3,4,5-trihydroxy-6-(hydroxymethyl)oxan-2-yl]oxyoxan-2-yl]oxy-3,5-dihydroxy-6-(hydroxymethyl)oxan-2-yl]oxy-2,4,5,6-tetrahydroxyhexanal
• 化学式: C₂₄H₄₂O₂₁
• 分子量: 666.585
• InChiKey: SKTKIVNANJNFQN-KQCGXNROSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -8.2
• 重原子数：
  45
• 可旋转键数：
  14
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.96
• 拓扑面积：
  356
• 氢给体数：
  14
• 氢受体数：
  21

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  laminaritetraose 在 3-吗啉丙磺酸 、 Paenibacillus sp. YM-1 laminaribiose phosphorylase 、 磷酸肌酸 、 sodium hydroxide 作用下， 以 水 为溶剂， 反应 0.34h， 生成 对氟苯甲醇
  参考文献：
  名称：

  Characterization of a Bacterial Laminaribiose Phosphorylase

  摘要：

  细菌片状木糖磷酸化酶（LBPbac）是首次从无细胞提取物中发现并纯化的。它能将层压木糖磷酸化成 1-磷酸α-葡萄糖和葡萄糖，但不能磷酸化其他葡萄糖。它能轻微地磷酸化层状三糖和更高的层状寡糖。底物聚合度的特异性明显不同于鳗鲡酶（LBPEug）：与 LBPEug 相比，LBPbac 对层压木糖的特异性更高。它在反向磷酸化过程中表现出与 LBPEug 相似的受体特异性。克隆 LBPbac（lbpA）的编码基因发现，LBPbac 是葡萄糖苷水解酶 94 家族的成员，该家族包括纤维生物糖磷酸化酶、纤维糊精磷酸化酶和 N,N′-二乙酰壳寡糖磷酸化酶。在 lbpA 的上游发现了编码专门针对片状寡糖的 ATP 结合盒糖转运体成分的基因，这表明 LBPbac 的作用是利用细胞外产生的片状木糖。这种作用与 LBPEug 的作用不同，后者参与利用细胞内储存的 1,3-β 葡聚糖--帕拉米隆。

  DOI：

  10.1271/bbb.110772
• 作为产物：
  描述：

  对氟苯甲醇 在 potassium dihydrogenphosphate 、 Ochromonas danica NIES-2142 1,3-β-D-glucan phosphorylase, native molecular mass estimated size-exclusion chromatography: ca. 250 kDa 作用下， 以 aq. acetate buffer 为溶剂， 生成 laminaritetraose
  参考文献：
  名称：

  Purification and Characterization of 1,3-β-D-Glucan Phosphorylase fromOchromonas danica

  摘要：

  1,3-β-d-葡聚糖磷酸化酶（1,3-β-d-Glucan phosphorylase，BGP）是一种催化 1,3-β-葡糖苷键可逆磷酸化形成 1-磷酸α-d-葡萄糖（α-d-glucose 1-phosphate，G1P）的酶。在此，我们报告了来自 Ochromonas danica 的 BGP（OdBGP）的纯化和表征。纯化后的酶制剂在 SDS 聚丙烯酰胺凝胶电泳上显示出三条条带（113、118 和 124 kDa）。最佳 pH 值和温度分别为 5.5 和 25 °C-30 °C。OdBGP 能磷酸化层粘三糖、较大的层粘寡糖和层粘蛋白，但不能磷酸化层粘二糖。在合成反应中，层纤素和层纤寡糖是良好的接受体，但 OdBGP 对葡萄糖不起作用。动力学分析表明，OdBGP 的磷酸化反应遵循一种顺序 Bi Bi 机制。酶促反应的平衡表明，OdBGP 有利于合成方向的反应。将 OdBGP 与层压木糖和 G1P 过夜孵育会形成沉淀物，这些沉淀物可能是 1,3-β 葡聚糖。

  DOI：

  10.1271/bbb.130411

文献信息

• Exploring novel non-Leloir β-glucosyltransferases from proteobacteria for modifying linear (β1→3)-linked gluco-oligosaccharide chains
  作者：Gudmundur O Hreggvidsson、Justyna M Dobruchowska、Olafur H Fridjonsson、Jon O Jonsson、Gerrit J Gerwig、Arnthor Aevarsson、Jakob K Kristjansson、Delphine Curti、Robert R Redgwell、Carl-Eric Hansen、Johannis P Kamerling、Takoua Debeche-Boukhit

  DOI：10.1093/glycob/cwq165

  日期：2011.3

  Over the years several β-glucan transferases from yeast and fungi have been reported, but enzymes with such an activity from bacteria have not been characterized so far. In this work, we describe the cloning and expression of genes encoding β-glucosyltransferase domains of glycosyl hydrolase family GH17 from three species of proteobacteria: Pseudomonas aeruginosa PAO1, P. putida KT2440 and Azotobacter vinelandii ATCC BAA-1303. The encoded enzymes of these GH17 domains turned out to have a non-Leloir trans-β-glucosylation activity, as they do not use activated nucleotide sugar as donor, but transfer a glycosyl group from a β-glucan donor to a β-glucan acceptor. More particularly, the activity of the three recombinant enzymes on linear (β1 → 3)-linked gluco-oligosaccharides (Lam-Glc4–9) and their corresponding alditols (Lam-Glc4–9-ol) was studied. Detailed structural analysis, based on thin-layer chromatography, matrix-assisted laser desorption ionization time-of-flight mass spectrometry, electrospray ionization mass spectrometry, and 1D/2D 1H and 13C nuclear magnetic resonance data, revealed diverse product spectra. Depending on the enzyme used, besides (β1 → 3)-elongation activity, (β1 → 4)- or (β1 → 6)-elongation, or (β1 → 6)-branching activities were also detected.

  多年来，酵母和真菌中的β-葡聚糖转移酶已被报道，但细菌中具有这种活性的酶迄今尚未被鉴定。在这项工作中，我们描述了三种蛋白细菌中编码糖基水解酶家族 GH17 β-葡聚糖转移酶结构域的基因的克隆和表达：铜绿假单胞菌（Pseudomonas aeruginosa PAO1）、腐生假单胞菌（P. putida KT2440）和乙烯绿氮菌（Azotobacter vinelandii ATCC BAA-1303）。这些 GH17 结构域编码的酶具有非 Leloir 反式-β-葡萄糖基化活性，因为它们不使用活化的核苷酸糖作为供体，而是将一个糖基从β-葡聚糖供体转移到β-葡聚糖受体。更具体地说，研究了这三种重组酶对线性（β1 → 3）连接的葡聚寡糖（Lam-Glc4-9）及其相应的醛醇（Lam-Glc4-9-ol）的活性。基于薄层色谱法、基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱法、电喷雾电离质谱法以及 1D/2D 1H 和 13C 核磁共振数据的详细结构分析揭示了不同的产物光谱。根据所用酶的不同，除了（β1 → 3）-伸长活性外，还检测到（β1 → 4）-或（β1 → 6）-伸长或（β1 → 6）-分支活性。
• Peat et al., Journal of the Chemical Society, 1958, p. 724,727, 729, 732
  作者：Peat et al.

  DOI：——

  日期：——
• Characterization of a Bacterial Laminaribiose Phosphorylase
  作者：Motomitsu KITAOKA、Yasuyuki MATSUOKA、Kiyotaka MORI、Mamoru NISHIMOTO、Kiyoshi HAYASHI

  DOI：10.1271/bbb.110772

  日期：2012.2.23

  Bacterial laminaribiose phosphorylase (LBPbac) was first identified and purified from cell-free extract of Paenibacillus sp. YM-1. It phosphorolyzed laminaribiose into α-glucose 1-phosphate and glucose, but did not phosphorolyze other glucobioses. It slightly phosphorolyzed laminaritriose and higher laminarioligosaccharides. The specificity of the degree of polymerization of the substrate was clearly different from that of the enzyme of Euglena gracilis (LBPEug): LBPbac was more specific to laminaribiose than LBPEug. It showed acceptor specificity in reverse phosphorolysis similar to LBPEug. Cloning of the gene encoding LBPbac (lbpA) has revealed that LBPbac is a member of the glucoside hydrolase family 94, which includes cellobiose phosphorylase, cellodextrin phosphorylase, and N,N′-diacetylchitobiose phosphorylase. The genes that encode the components of an ATP-binding cassette sugar transporter specific to laminarioligosaccharides were identified upstream of lbpA, suggesting that the role of LBPbac is to utilize laminaribiose generated outside the cell. This role is different from that of LBPEug, which participates in the utilization of paramylon, the intracellular storage 1,3-β-glucan.

  细菌片状木糖磷酸化酶（LBPbac）是首次从无细胞提取物中发现并纯化的。它能将层压木糖磷酸化成 1-磷酸α-葡萄糖和葡萄糖，但不能磷酸化其他葡萄糖。它能轻微地磷酸化层状三糖和更高的层状寡糖。底物聚合度的特异性明显不同于鳗鲡酶（LBPEug）：与 LBPEug 相比，LBPbac 对层压木糖的特异性更高。它在反向磷酸化过程中表现出与 LBPEug 相似的受体特异性。克隆 LBPbac（lbpA）的编码基因发现，LBPbac 是葡萄糖苷水解酶 94 家族的成员，该家族包括纤维生物糖磷酸化酶、纤维糊精磷酸化酶和 N,N′-二乙酰壳寡糖磷酸化酶。在 lbpA 的上游发现了编码专门针对片状寡糖的 ATP 结合盒糖转运体成分的基因，这表明 LBPbac 的作用是利用细胞外产生的片状木糖。这种作用与 LBPEug 的作用不同，后者参与利用细胞内储存的 1,3-β 葡聚糖--帕拉米隆。
• Purification and Characterization of 1,3-β-<scp>D</scp>-Glucan Phosphorylase from<i>Ochromonas danica</i>
  作者：Yutaka YAMAMOTO、Daichi KAWASHIMA、Ayu HASHIZUME、Makoto HISAMATSU、Naoto ISONO

  DOI：10.1271/bbb.130411

  日期：2013.9.23

  1,3-β-d-Glucan phosphorylase (BGP) is an enzyme that catalyzes the reversible phosphorolysis of 1,3-β-glucosidic linkages to form α-d-glucose 1-phosphate (G1P). Here we report on the purification and characterization of BGP from Ochromonas danica (OdBGP). The purified enzyme preparation showed three bands (113, 118, and 124 kDa) on SDS-polyacrylamide gel electrophoresis. The optimum pH and temperature were 5.5 and 25 °C–30 °C. OdBGP phosphorolysed laminaritriose, larger laminarioligosaccharides, and laminarin, but not laminaribiose. In the synthesis reaction, laminarin and laminarioligosaccharides served as good acceptors, but OdBGP did not act on glucose. Kinetic analysis indicated that the phosphorolysis reaction of OdBGP follows a sequential Bi Bi mechanism. The equilibrium of the enzymatic reaction indicated that OdBGP favors the reaction in the synthetic direction. Overnight incubation of OdBGP with laminaribiose and G1P resulted in the formation of precipitates, which were probably 1,3-β-glucans.

  1,3-β-d-葡聚糖磷酸化酶（1,3-β-d-Glucan phosphorylase，BGP）是一种催化 1,3-β-葡糖苷键可逆磷酸化形成 1-磷酸α-d-葡萄糖（α-d-glucose 1-phosphate，G1P）的酶。在此，我们报告了来自 Ochromonas danica 的 BGP（OdBGP）的纯化和表征。纯化后的酶制剂在 SDS 聚丙烯酰胺凝胶电泳上显示出三条条带（113、118 和 124 kDa）。最佳 pH 值和温度分别为 5.5 和 25 °C-30 °C。OdBGP 能磷酸化层粘三糖、较大的层粘寡糖和层粘蛋白，但不能磷酸化层粘二糖。在合成反应中，层纤素和层纤寡糖是良好的接受体，但 OdBGP 对葡萄糖不起作用。动力学分析表明，OdBGP 的磷酸化反应遵循一种顺序 Bi Bi 机制。酶促反应的平衡表明，OdBGP 有利于合成方向的反应。将 OdBGP 与层压木糖和 G1P 过夜孵育会形成沉淀物，这些沉淀物可能是 1,3-β 葡聚糖。