5-hydroxymethyl-2',3'-O-isopropylidene-2-thiouridine | 58479-71-3

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机杂环化合物 - 二嗪类
• 英文名称: 5-hydroxymethyl-2',3'-O-isopropylidene-2-thiouridine
• 英文别名: 5-hydroxymethyl-O^2'_,O3'-isopropylidene-2-thio-uridine；1-(2,3-O-isopropylidene-β-D-ribofuranosyl)-5-hydroxy-methyl-2-thiouracil；2',3'-O-Isopropyliden-5-hydroxymethyl-2-thiouridin；5-(hydroxymethyl)-1-((3aR,4R,6R,6aR)-6-(hydroxymethyl)-2,2-dimethyltetrahydrofuro[3,4-d][1,3]dioxol-4-yl)-2-thioxo-2,3-dihydropyrimidin-4(1H)-one；1-[(3aR,4R,6R,6aR)-6-(hydroxymethyl)-2,2-dimethyl-3a,4,6,6a-tetrahydrofuro[3,4-d][1,3]dioxol-4-yl]-5-(hydroxymethyl)-2-sulfanylidenepyrimidin-4-one
• CAS: 58479-71-3
• 化学式: C₁₃H₁₈N₂O₆S
• 分子量: 330.362
• InChiKey: BETDENPMPLSMTA-TURQNECASA-N

物化性质

• 密度：
  1.55±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -1
• 重原子数：
  22
• 可旋转键数：
  3
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.69
• 拓扑面积：
  133
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  7

制备方法与用途

5-羟甲基-2',3'-O-异亚丙基-2-硫尿苷是一种嘌呤核苷类似物，具有广泛的抗肿瘤活性，尤其针对惰性淋巴系统恶性肿瘤。其抗癌机制主要依赖于抑制DNA合成和诱导细胞凋亡等过程。

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  5-hydroxymethyl-2',3'-O-isopropylidene-2-thiouridine 在 吡啶 、 咪唑 、 盐酸 、 三甲基氯硅烷 作用下， 以 1,4-二氧六环 、 甲醇 、 水 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 32.67h， 生成 C₃₁H₅₈F₃N₃O₆SSi₃
  参考文献：
  名称：

  [EN] MODIFIED NUCLEIC ACID MOLECULES AND USES THEREOF
  [FR] MOLÉCULES D'ACIDE NUCLÉIQUE MODIFIÉES ET LEURS UTILISATIONS

  摘要：

  本公开提供了经修改的核苷、核苷酸和核酸，以及它们的使用方法。

  公开号：

  WO2014093924A1
• 作为产物：
  描述：

  四乙酰核糖 在 硫酸氢铵 、 三甲基氯硅烷 、 对甲苯磺酸 、 六甲基二硅氮烷 、 potassium hydroxide 、 lithium hydroxide 作用下， 以 甲醇 、 水 、 丙酮 为溶剂， 反应 21.5h， 生成 5-hydroxymethyl-2',3'-O-isopropylidene-2-thiouridine
  参考文献：
  名称：

  [EN] MODIFIED NUCLEIC ACID MOLECULES AND USES THEREOF
  [FR] MOLÉCULES D'ACIDE NUCLÉIQUE MODIFIÉES ET LEURS UTILISATIONS

  摘要：

  本公开提供了经修改的核苷、核苷酸和核酸，以及它们的使用方法。

  公开号：

  WO2014093924A1

文献信息

• mt-tRNA Components: Synthesis of (2-Thio)Uridines Modified with Blocked Glycine/Taurine Moieties at C-5,1
  作者：Grazyna Leszczynska、Piotr Leonczak、Agnieszka Dziergowska、Andrzej Malkiewicz

  DOI：10.1080/15257770.2013.838261

  日期：2013.11.2

  5-carboxymethylaminomethyl(-2-thio)uridine (cmnm5(s2)U) and 5-taurinomethyl(-2-thio)uridine (τm5(s2)U) with a blocked amino acid function. 2-(Trimethylsilyl)ethyl and 2-(p-nitrophenyl)ethyl esters of glycine and 2-(2,4,5-trifluorophenyl)ethyl ester of taurine were selected as protection of carboxylic and sulfonic acid residues, respectively. The first synthesis of 5-formyl-2′,3′-O-isopropylidene-2-thiouridine

  在本文中，我们讨论了在三乙酰氧基硼氢化钠（NaBH（OAc）3）存在下，用甘氨酸或牛磺酸酯对5-甲酰基-2'，3'-O-异亚丙基（-2-硫基）尿苷进行氨基化还原胺化的有用性。用于合成天然线粒体（mt）tRNA组分5-羧甲基氨基甲基（-2-硫代）尿苷（cmnm5（s2）U）和5-牛磺基甲基（-2-硫代）尿苷（τm5（s2）U）氨基酸功能。分别选择甘氨酸的2-（三甲基甲硅烷基）乙酯和2-（对硝基苯基）乙酯和牛磺酸的2-（2,4,5-三氟苯基）乙酯作为羧酸和磺酸残基的保护剂。还报道了5-甲酰基-2'，3'-O-异亚丙基-2-硫尿苷的首次合成。
• Site-selected incorporation of 5-carboxymethylaminomethyl(-2-thio)uridine into RNA sequences by phosphoramidite chemistry
  作者：Grazyna Leszczynska、Jakub Pięta、Karolina Wozniak、Andrzej Malkiewicz

  DOI：10.1039/c3ob42302f

  日期：——

  report the first site-selected incorporation of cmnm5U and cmnm5s2U into RNA sequences by phosphoramidite chemistry on a CPG solid support. Trifluoroacetyl and 2-(trimethylsilyl)ethyl were selected for the protection of the amine and carboxyl functions, respectively.

  5-羧甲基氨基甲基尿苷（cmnm 5 U）和5-羧甲基氨基甲基-2-硫尿苷（cmnm 5 s 2 U）位于几个胞质和线粒体tRNA序列的摆动位置。在本文中，我们报告了通过CPG固体支持物上的亚磷酰胺化学方法将cmnm 5 U和cmnm 5 s 2 U首次定点掺入RNA序列。选择三氟乙酰基和2-（三甲基甲硅烷基）乙基分别用于保护胺和羧基官能团。
• [EN] ALTERNATIVE NUCLEIC ACID MOLECULES AND USES THEREOF<br/>[FR] MOLÉCULES D'ACIDE NUCLÉIQUE ALTERNATIVES ET LEURS UTILISATIONS
  申请人：MODERNA THERAPEUTICS INC

  公开号：WO2015196130A3

  公开（公告）日：2016-03-03
• Alternative nucleic acid molecules and uses thereof
  申请人：Moderna Therapeutics, Inc.

  公开号：EP2918275B1

  公开（公告）日：2016-05-18
• Chemical Synthesis and Properties of 5-Taurinomethyluridine and 5-Taurinomethyl-2-thiouridine
  作者：Toshihiko Ogata、Tomomi Shimazaki、Tadashi Umemoto、Shinya Kurata、Takashi Ohtsuki、Tsutomu Suzuki、Takeshi Wada

  DOI：10.1021/jo802697r

  日期：2009.3.20

  Unique taurine-containing Uridine derivatives, 5-taurinomethyluridine (tau m(5)U) and 5-taurinomethyl-2-thiouridine (tau m(5)s(2)U), which were discovered in mammalian mitochondrial tRNAs, exist at the first position of the anticodon. In this paper, we report the first efficient synthesis of tau m(5)U and tau m(5)s(2)U and describe their physicochemical properties. These modified ribonucleosides were synthesized by the reaction of 5-substituted uridine derivatives with a tetrabutylammonium salt of taurine that is highly reactive and well-soluble in common organic solvents. UV and H-1 NMR spectrometric studies revealed the structural properties of the taurine-containing base moieties and the Sugar conformations of these modified ribonucleosides.