Solution Structure of a DNA Duplex Containing the Potent Anti-Poxvirus Agent Cidofovir
作者:Olivier Julien、James R. Beadle、Wendy C. Magee、Subhrangsu Chatterjee、Karl Y. Hostetler、David H. Evans、Brian D. Sykes
DOI:10.1021/ja109823e
日期:2011.2.23
chemical shift change for G18. This indicates higher proton exchange rates for this region, which were confirmed using NMR-monitored melting experiments. DNA duplex melting experiments monitored by circular dichroism revealed a lower T(m) for the CDV DNA duplex (46 °C) compared to the control (58 °C) in 0.2 M salt. Our results suggest that the CDV drug is well accommodated and stable within the dodecamer
西多福韦 (1(S)-[3-羟基-2-(膦酰基甲氧基)丙基]胞嘧啶,CDV) 是一种有效的正痘病毒 DNA 复制抑制剂。先前的研究表明,当 CDV 掺入不断增长的引物链时,它可以抑制痘苗病毒 DNA 聚合酶的 3'-to-5' 核酸外切酶和 5'-to-3' 链延伸活性。这种药物也可以结合到 DNA 中,以类似于 DNA 损伤的方式对跨损伤 DNA 合成产生重大障碍。CDV 和脱氧胞苷共享一个共同的核碱基,但 CDV 缺乏脱氧核糖。无环膦酸酯带有一个羟基部分,相当于 dCMP 的 3'-羟基,并允许 CDV 掺入双链 DNA。为了研究将 CDV 插入 DNA 的结构后果,我们已经使用 (1)H NMR 解决了在第 7 位包含 CDV 分子的十二聚体 DNA 双链体和对照 DNA 双链体的溶液结构。发现两种 DNA 双链体的整体结构非常相似。我们观察到与 CDV(G6、T8)和同源碱基 G18