2-O-(cytidin-5'-yloxyphosphoryl)-3-deoxy-β-D-glycero-D-galacto-2-nonulopyranosonic acid | 114973-47-6

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷酸
• 英文名称: 2-O-(cytidin-5'-yloxyphosphoryl)-3-deoxy-β-D-glycero-D-galacto-2-nonulopyranosonic acid
• 英文别名: CMP-3-deoxy-D-glycero-β-D-galacto-2-nonulosonic acid；CMP-3-deoxy-D-glycero-D-galacto-nonulosonic acid；cytidin-5'-yl 3-deoxy-β-D-glycero-D-galacto-2-nonulopyranosid-2''-yl phosphate；Cmp-kdn；(2R,4S,5R,6R)-2-[[(2R,3S,4R,5R)-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-4,5-dihydroxy-6-[(1R,2R)-1,2,3-trihydroxypropyl]oxane-2-carboxylic acid
• CAS: 114973-47-6
• 化学式: C₁₈H₂₈N₃O₁₆P
• 分子量: 573.405
• InChiKey: SFLGTPJBQWRIMH-ZBOJUINDSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -6.7
• 重原子数：
  38
• 可旋转键数：
  10
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.72
• 拓扑面积：
  312
• 氢给体数：
  10
• 氢受体数：
  16

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  N-acetyl-D-lactosamine 、 2-O-(cytidin-5'-yloxyphosphoryl)-3-deoxy-β-D-glycero-D-galacto-2-nonulopyranosonic acid 在 α-2,6-sialyltransferase (rat liver, EC 2.4.99.1) 、 calf intestinal alkaline phosphatase (EC 3.1.3.1.) 、 manganese(ll) chloride 作用下， 以 水 为溶剂， 反应 96.0h， 以58%的产率得到2,6-sialyllactose
  参考文献：
  名称：

  脑膜炎双球菌CMP-唾液酸合成酶-过表达及其在含修饰唾液酸寡糖的合成中的应用

  摘要：

  使用表达载体 pKK223-3 亚克隆来自脑膜炎奈瑟菌血清群 B 的编码 CMP-唾液酸合成酶 [EC 2.7.7.43] 的基因 siaB 用于在大肠杆菌 K12 中过表达。使用重组菌株，在 10 L 规模（1350 U/g 细胞；20 U/mg 蛋白质）上，每升细胞培养物可产生 7500 U 的合成酶。通过由 DEAE 阴离子交换色谱和硫酸铵沉淀组成的高效两步方案，以高产率（>85%）和高比活性（134 U/mg 蛋白质）获得纯化的酶。与已知的细菌 CMP-唾液酸合成酶相比，该酶被发现表现出广泛的底物耐受性，特别是通过接受 C5 修饰的 Neu5Ac 衍生物作为底物。这包括具有不同长度和体积的典型保护基团的神经氨酸 N-氨基甲酰化、不饱和丙烯酰胺衍生物和相应的饱和部分，以及脱氨基的 KDN 类似物。此外，后一种结构可以通过脱氧、C5 或末端链差向异构化以及通过将链长缩短为辛糖酸来改变

  DOI：

  10.1002/1615-4169(200108)343:6/7<698::aid-adsc698>3.0.co;2-j
• 作为产物：
  描述：

  胞苷 在 咪唑 、 叔丁基过氧化氢 、 sodium hydroxide 、 四(三苯基膦)钯 、 二异丙基铵盐四氮唑 、 四丁基氟化铵 、 sodium methylate 、 溶剂黄146 、 三乙胺 、 二异丙胺 作用下， 以 四氢呋喃 、 吡啶 、 甲醇 、 二氯甲烷 、 N,N-二甲基甲酰胺 、 乙腈 为溶剂， 反应 54.17h， 生成 2-O-(cytidin-5'-yloxyphosphoryl)-3-deoxy-β-D-glycero-D-galacto-2-nonulopyranosonic acid
  参考文献：
  名称：

  CMP-唾液酸缀合物的合成：用于酶促合成天然和设计的唾液酸寡糖的底物

  摘要：

  描述了CMP-NeuAc的几种同源物的合成。这些化合物是酶促糖基化的底物。

  DOI：

  10.1016/s0040-4020(97)00370-0

文献信息

• Chemoenzymatic synthesis of CMP–sialic acid derivatives by a one-pot two-enzyme system: comparison of substrate flexibility of three microbial CMP–sialic acid synthetases
  作者：Hai Yu、Hui Yu、Rebekah Karpel、Xi Chen

  DOI：10.1016/j.bmc.2004.09.030

  日期：2004.12

  with pyruvate, catalyzed by a recombinant sialic acid aldolase [EC 4.1.3.3] cloned from E. coli K12 to provide sialic acid analogs as substrates for the CMP-sialic acid synthetases. The substrate flexibility and the reaction efficiency of the three recombinant CMP-sialic acid synthetases were compared, first by qualitative screening using thin layer chromatography, and then by quantitative analysis using

  评价了分别从脑膜炎奈瑟氏球菌B组，无乳链球菌血清型V和大肠杆菌K1克隆的三个C末端带有His6标签的重组微生物CMP-唾液酸合成酶[EC 2.7.7.43]的化学合成CMP-唾液酸的能力。一锅二酶系统中的酸衍生物。在该系统中，N-乙酰甘露糖胺或甘露糖类似物与丙酮酸缩合，由大肠杆菌K12克隆的重组唾液酸醛缩酶[EC 4.1.3.3]催化，提供唾液酸类似物作为CMP-唾液酸合成酶的底物。比较了三种重组CMP-唾液酸合成酶的底物柔性和反应效率，首先使用薄层色谱进行定性筛选，然后使用高效液相色谱进行定量分析。然后。在三种合成酶中，脑膜炎脑膜合成酶具有最高的表达水平，最灵活的底物特异性和最高的催化效率。最后，在制备型样品中合成了8个糖核苷酸，包括胞苷5'-单磷酸N-乙酰神经氨酸（CMP-Neu5Ac）及其在Neu5Ac的碳5，碳8或碳9处被取代的衍生物。使用脑膜炎奈瑟氏菌合成酶和醛缩酶，从其5或6碳糖前体中扩增200毫克）。
• [EN] TREATMENT AND PREVENTION OF NEISSERIA GONORRHOEAE INFECTION USING CMP-ACTIVATED NONULOSONATE ANALOG COMPOUNDS<br/>[FR] TRAITEMENT ET PRÉVENTION D'INFECTION DE GONOCOQUE À L'AIDE DE COMPOSÉS ANALOGUES DE NONULOSONATE ACTIVÉS PAR CMP
  申请人：NAT RES COUNCIL CANADA

  公开号：WO2017027980A1

  公开（公告）日：2017-02-23

  There is provided a method for treating or preventing a Neisseria gonorrhoeae infection in a subject, comprising administering to the subject an effective amount of a compound of general formula I below or a pharmaceutical composition comprising said compound, or a derivative thereof, or a pharmaceutically acceptable salt thereof, or a solvate or hydrate thereof, or a stereoisomer thereof.

  本文提供了一种用于治疗或预防受麻疹脓疮菌感染的方法，包括向受试者施用如下一般式I的化合物或含有该化合物的药物组合物，或其衍生物，或其药用可接受的盐，或其溶剂或水合物，或其立体异构体的有效量。
• Enzymatic synthesis of Kdn oligosaccharides by a bacterial α-(2→6)-sialyltransferase
  作者：Yasuhiro Kajihara、Shoji Akai、Takahiro Nakagawa、Reiko Sato、Takashi Ebata、Hisashi Kodama、Ken-ichi Sato

  DOI：10.1016/s0008-6215(98)00331-0

  日期：1999.1

  Abstract Synthesis of CMP-deaminoneuraminic acid (CMP-β- d -Kdn) and its enzymatic transfer reaction using bacterial α-(2→6)-sialyltransferase were examined. CMP-β- d -Kdn was prepared from methyl 4,5,7,8,9-penta- O -acetyl-3-deoxy- d - glycero -β- d - galacto -2-nonulopyranosonate ( 2 ) in 24% overall yield. Enzymatic synthesis of Kdn oligosaccharide with CMP-β- d -Kdn (10.2 μmol), methyl β- d -lactosaminide

  摘要研究了CMP-脱氨基神经氨酸（CMP-β-d-Kdn）的合成及其利用细菌α-（2→6）-唾液酸转移酶的酶促转移反应。CMP-β-d-Kdn由24％的4,5,7,8,9-戊基-乙酰基-3-脱氧-d-甘油-β-d-半乳糖-2-壬基吡喃磺酸酯（2）制备总产量。用CMP-β-d-Kdn（10.2μmol），甲基β-d-内酰胺酶（7，8.1μmol）和纯化的唾液酸转移酶（80 munits）酶促合成Kdn低聚糖，得到Kdn-α-（2→6）-Gal β-（1→4）-GlcNAc-β-1-OMe的产率为77％。
• Synthesis of CMP-sialic acid conjugates: Substrates for the enzymatic synthesis of natural and designed sialyl oligosaccharides
  作者：Mark D. Chappell、Randall L. Halcomb

  DOI：10.1016/s0040-4020(97)00370-0

  日期：1997.8

  The syntheses of several congeners of CMP-NeuAc are described. These compounds are substrates for enzymatic glycosylation.

  描述了CMP-NeuAc的几种同源物的合成。这些化合物是酶促糖基化的底物。
• CMP-Sialate Synthetase from<i>Neisseria meningitidis</i>− Overexpression and Application to the Synthesis of Oligosaccharides Containing Modified Sialic Acids
  作者：Marion Knorst、Wolf-Dieter Fessner

  DOI：10.1002/1615-4169(200108)343:6/7<698::aid-adsc698>3.0.co;2-j

  日期：2001.8

  obtained in high yields (>85%) and with a high specific activity (⩾134 U/mg protein) by an efficient, two-step scheme consisting of DEAE anion-exchange chromatography and ammonium sulfate precipitation. In contrast to known bacterial CMP-sialate synthetases, this enzyme was found to exhibit a broad substrate tolerance, particularly by accepting C5-modified Neu5Ac derivatives as substrates. This included

  使用表达载体 pKK223-3 亚克隆来自脑膜炎奈瑟菌血清群 B 的编码 CMP-唾液酸合成酶 [EC 2.7.7.43] 的基因 siaB 用于在大肠杆菌 K12 中过表达。使用重组菌株，在 10 L 规模（1350 U/g 细胞；20 U/mg 蛋白质）上，每升细胞培养物可产生 7500 U 的合成酶。通过由 DEAE 阴离子交换色谱和硫酸铵沉淀组成的高效两步方案，以高产率（>85%）和高比活性（134 U/mg 蛋白质）获得纯化的酶。与已知的细菌 CMP-唾液酸合成酶相比，该酶被发现表现出广泛的底物耐受性，特别是通过接受 C5 修饰的 Neu5Ac 衍生物作为底物。这包括具有不同长度和体积的典型保护基团的神经氨酸 N-氨基甲酰化、不饱和丙烯酰胺衍生物和相应的饱和部分，以及脱氨基的 KDN 类似物。此外，后一种结构可以通过脱氧、C5 或末端链差向异构化以及通过将链长缩短为辛糖酸来改变