3',5'-O-(Di-tert-butylsilanediyl)adenosine | 97219-09-5

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘌呤核苷
• 英文名称: 3',5'-O-(Di-tert-butylsilanediyl)adenosine
• 英文别名: 5',3'-O-(di-tert-Butylsilanediyl)adenosine；(4aR,6R,7R,7aS)-6-(6-aminopurin-9-yl)-2,2-ditert-butyl-4a,6,7,7a-tetrahydro-4H-furo[3,2-d][1,3,2]dioxasilin-7-ol
• CAS: 97219-09-5
• 化学式: C₁₈H₂₉N₅O₄Si
• 分子量: 407.545
• InChiKey: VNABNRDDAGIQHQ-XNIJJKJLSA-N

物化性质

• 沸点：
  602.6±65.0 °C(Predicted)
• 密度：
  1.39±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  2.12
• 重原子数：
  28
• 可旋转键数：
  3
• 环数：
  4.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.72
• 拓扑面积：
  118
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  8

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  3',5'-O-(Di-tert-butylsilanediyl)adenosine 在 吡啶 、 咪唑 、 氢氟酸 作用下， 以 二氯甲烷 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 生成 N-(1-((2r,3r,4r,5r)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-3-((叔丁基二甲基甲硅烷基)氧基)-4-羟基四氢呋喃-2-基)-2-氧代-1,2-二氢嘧啶-4-基)乙酰胺
  参考文献：
  名称：

  2'-O-取代核糖核苷的合成。

  摘要：

  提出了2'-O-取代的核糖核苷的有效合成方法，包括2'-O-TBDMS和受保护的2'-O-TOM以及2'-O-Me和2'-O-烯丙基衍生物。第一步，使用二叔丁基亚甲硅烷基同时保护核苷的3'-和5'-羟基官能团。随后将游离的2'-OH进行甲硅烷基化或烷基化，然后在碱基部分上引入合适的保护基，并除去环状甲硅烷基保护基，从而以高收率得到目标化合物。

  DOI：

  10.1081/ncn-120022724
• 作为产物：
  描述：

  二叔丁基氯硅烷 在 silver trifluoromethanesulfonate 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 生成 3',5'-O-(Di-tert-butylsilanediyl)adenosine
  参考文献：
  名称：

  Furusawa, Kiyotaka; Ueno, Katsuhiko; Katsura, Tatsuo, Chemistry Letters, 1990, p. 97 - 100

  摘要：

  DOI：

文献信息

• An efficient preparation of protected ribonucleosides for phosphoramidite RNA synthesis
  作者：Vladimir Serebryany、Leonid Beigelman

  DOI：10.1016/s0040-4039(02)00181-8

  日期：2002.3

  An efficient synthesis of protected ribonucleosides useful for phosphoramidite RNA synthesis is described. Di-t-butylsilylene group was employed for simultaneous protection of 3′- and 5′-hydroxyl functions of nucleoside. Subsequent silylation of free 2′-OH group followed by introduction of suitable protection on the base moiety, removal of cyclic silyl protection and tritylation of 5′-OH gave target

  描述了可用于亚磷酰胺RNA合成的受保护的核糖核苷的有效合成。二吨-butylsilylene组用于和的3'-保护同时核苷的5'位羟基的功能。随后将游离的2'-OH基团进行甲硅烷基化，然后在碱基部分上引入适当的保护，除去环甲硅烷基的保护基团并进行5'-OH的三苯甲基化反应，目标化合物的总收率为60-66％。
• Ring Opening of Nucleoside 1‘,2‘-Epoxides with Organoaluminum Reagents:  Stereoselective Entry to Ribonucleosides Branched at the Anomeric Position
  作者：Kazuhiro Haraguchi、Yutaka Kubota、Hiromichi Tanaka

  DOI：10.1021/jo030262u

  日期：2004.3.1

  uridine (11) with dimethyldioxirane proceeded from the α-face to give the 1‘,2‘-α-epoxide 12. Upon reacting with organoaluminum reagents, the 1‘,2‘-α-epoxide 12 underwent preferential syn-opening of the epoxide ring to yield the β-anomers of 1‘-methyl- (13β), 1‘-ethyl- (14β), 1‘-isobutyl- (15β), 1‘-ethynyl- (16β), 1‘-vinyl- (17β), and 1‘-phenyl- (18β) uridine derivatives, although the corresponding α-anomers

  从α面开始用二甲基二环氧乙烷将3'，5'- O-（二叔丁基亚甲硅烷基）-1'，2'-不饱和尿苷（11）环氧化，得到1'，2'-α-环氧化合物12。在与有机铝试剂反应，1' ，2'-α环氧化物12后行优先顺式开口环氧化物环中以得到1'-甲基- （的β端基异构体13 β），1'-乙基- （14 β），1'-异丁基- （15 β），1'-乙炔基（16 β），1,1'-乙烯基- （17 β）和1'-苯基- （18 β）尿苷衍生物，尽管除了与三苯基铝反应以外，还形成了相应的α-端基异构体。然而，发现用苄氧甲基或苯甲酰基保护11的N 3-位可导致所需β-端基异构体的排他性形成。提出了可能的解释所观察到的立体化学结果。发现类似的策略适用于1'-支链腺苷类似物的合成，其中包括受保护的阿古霉素C（37）。
• Changed reactivity of secondary hydroxy groups in C8-modified adenosine – lessons learned from silylation
  作者：Jennifer Frommer、Sabine Müller

  DOI：10.3762/bjoc.16.234

  日期：——

  function studies. Reporter groups or specific functional entities are required to be attached at a pre-defined site of the oligomer. An attractive strategy is the incorporation of suitably functionalized building blocks that allow post-synthetic conjugation of the desired moiety. A C8-alkynyl-modified adenosine derivative was synthesized, reviving an old synthetic pathway for iodination of purine nucleobases

  特定位点修饰的寡核苷酸的合成已成为RNA结构和功能研究的主要工具。报告者基团或特定的功能实体必须连接在低聚物的预定位点。一种有吸引力的策略是掺入适当功能化的结构单元，以允许所需部分的合成后缀合。合成了C8-炔基修饰的腺苷衍生物，从而恢复了嘌呤核碱基碘化的古老合成途径。C8-炔基修饰的腺苷的甲硅烷基化显示两个仲糖羟基具有3'- O的出乎意料的选择性-优先形成的异构体。保护方案的优化导致了一条新的经济途径，可通往所需的C8-炔基化构件并将其并入RNA。
• 6-Iodopurine as a Versatile Building Block for RNA Purine Architecture Modifications
  作者：Yalun Xie、Zhentian Fang、Wei Yang、Zhiyong He、Kun Chen、Panpan Heng、Baoshan Wang、Xiang Zhou

  DOI：10.1021/acs.bioconjchem.1c00595

  日期：2022.2.16

  found to be indispensable for basic biological processes. In addition, artificial RNA modifications have been a versatile toolbox for the study of RNA interference, structure, and dynamics. Here, we present a chemical method for the facile synthesis of RNA containing C6-modified purine. 6-Iodopurine, as a postsynthetic building block with high reactivity, was used for metal-free construction of C–N, C–O

  发现 RNA 中的天然修饰碱基对于基本的生物过程是必不可少的。此外，人工 RNA 修饰已成为研究 RNA 干扰、结构和动力学的多功能工具箱。在这里，我们提出了一种简便合成含有 C 6修饰嘌呤的 RNA 的化学方法。6-碘嘌呤作为具有高反应性的后合成结构单元，可用于在温和条件下无金属构建 C-N、C-O 和 C-S 键以及通过 Suzuki-Miyaura 交叉偶联形成 C-C 键. 我们的策略为合成各种 RNA 修饰提供了一种方便的方法，特别是对于含有特定结构的寡核苷酸。
• Site-Specific Synthesis of <i>N</i>⁴-Acetylcytidine in RNA Reveals Physiological Duplex Stabilization
  作者：David Bartee、Kellie D. Nance、Jordan L. Meier

  DOI：10.1021/jacs.1c11985

  日期：2022.3.2

  post-transcriptional modification of RNA that is conserved across all domains of life. All characterized sites of ac4C in eukaryotic RNA occur in the central nucleotide of a 5′-CCG-3′ consensus sequence. However, the thermodynamic consequences of cytidine acetylation in this context have never been assessed due to its challenging synthesis. Here, we report the synthesis and biophysical characterization

  N4-乙酰胞苷 （ac4C） 是 RNA 的转录后修饰，在生命的所有领域中都是保守的。真核 RNA 中 ac4C 的所有特征位点都发生在 5'-CCG-3' 共有序列的中心核苷酸中。然而，由于其具有挑战性的合成，在这种情况下胞苷乙酰化的热力学后果从未被评估过。在这里，我们报道了 ac4C 在其内源性真核序列背景下的合成和生物物理表征。首先，我们开发了一种合成路线，用于含有亲电乙酰基团的均相 RNA。接下来，我们使用热变性来研究 ac4C 对人类 rRNA 中发现的天然序列中双链体稳定性和错配鉴别的生化影响。最后，我们证明了这种化学方法能够将 ac4C 整合到人类 tRNA 的复杂修饰景观中，并使用双链体熔解来强调 ac4C 在这种独特序列背景下的强制作用。通过在生理序列背景下对核酸乙酰化进行离体生物物理分析，这些研究为理解普遍保守的核碱基在生物学和疾病中的功能奠定了化学基础。