3’,5’-O-bis(t-butylsilyl)-2’-O-(t-butyldimethylsilyl)adenosine | 212375-93-4

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘌呤核苷
• 英文名称: 3’,5’-O-bis(t-butylsilyl)-2’-O-(t-butyldimethylsilyl)adenosine
• 英文别名: 2'-O-(tert-butyldimethylsilyl)-3',5'-O-(di-tert-butylsilylene)adenosine；9-[(4aR,6R,7R,7aR)-2,2-ditert-butyl-7-[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxy-4a,6,7,7a-tetrahydro-4H-furo[3,2-d][1,3,2]dioxasilin-6-yl]purin-6-amine
• CAS: 212375-93-4
• 化学式: C₂₄H₄₃N₅O₄Si₂
• 分子量: 521.808
• InChiKey: NKVFXNVWNYNCJM-QTQZEZTPSA-N

物化性质

• 沸点：
  578.2±60.0 °C(Predicted)
• 密度：
  1.19±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  5.15
• 重原子数：
  35
• 可旋转键数：
  6
• 环数：
  4.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.79
• 拓扑面积：
  107
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  8

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  3’,5’-O-bis(t-butylsilyl)-2’-O-(t-butyldimethylsilyl)adenosine 在 吡啶 、 氢氟酸 作用下， 以 二氯甲烷 为溶剂， 生成 N-(1-((2r,3r,4r,5r)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-3-((叔丁基二甲基甲硅烷基)氧基)-4-羟基四氢呋喃-2-基)-2-氧代-1,2-二氢嘧啶-4-基)乙酰胺
  参考文献：
  名称：

  2'-O-取代核糖核苷的合成。

  摘要：

  提出了2'-O-取代的核糖核苷的有效合成方法，包括2'-O-TBDMS和受保护的2'-O-TOM以及2'-O-Me和2'-O-烯丙基衍生物。第一步，使用二叔丁基亚甲硅烷基同时保护核苷的3'-和5'-羟基官能团。随后将游离的2'-OH进行甲硅烷基化或烷基化，然后在碱基部分上引入合适的保护基，并除去环状甲硅烷基保护基，从而以高收率得到目标化合物。

  DOI：

  10.1081/ncn-120022724
• 作为产物：
  描述：

  腺苷 在 咪唑 作用下， 以 二氯甲烷 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 12.75h， 生成 3’,5’-O-bis(t-butylsilyl)-2’-O-(t-butyldimethylsilyl)adenosine
  参考文献：
  名称：

  C8修饰的腺苷中仲羟基反应性的变化–甲硅烷基化的经验教训

  摘要：

  特定位点修饰的寡核苷酸的合成已成为RNA结构和功能研究的主要工具。报告者基团或特定的功能实体必须连接在低聚物的预定位点。一种有吸引力的策略是掺入适当功能化的结构单元，以允许所需部分的合成后缀合。合成了C8-炔基修饰的腺苷衍生物，从而恢复了嘌呤核碱基碘化的古老合成途径。C8-炔基修饰的腺苷的甲硅烷基化显示两个仲糖羟基具有3'- O的出乎意料的选择性-优先形成的异构体。保护方案的优化导致了一条新的经济途径，可通往所需的C8-炔基化构件并将其并入RNA。

  DOI：

  10.3762/bjoc.16.234

文献信息

• An efficient preparation of protected ribonucleosides for phosphoramidite RNA synthesis
  作者：Vladimir Serebryany、Leonid Beigelman

  DOI：10.1016/s0040-4039(02)00181-8

  日期：2002.3

  An efficient synthesis of protected ribonucleosides useful for phosphoramidite RNA synthesis is described. Di-t-butylsilylene group was employed for simultaneous protection of 3′- and 5′-hydroxyl functions of nucleoside. Subsequent silylation of free 2′-OH group followed by introduction of suitable protection on the base moiety, removal of cyclic silyl protection and tritylation of 5′-OH gave target

  描述了可用于亚磷酰胺RNA合成的受保护的核糖核苷的有效合成。二吨-butylsilylene组用于和的3'-保护同时核苷的5'位羟基的功能。随后将游离的2'-OH基团进行甲硅烷基化，然后在碱基部分上引入适当的保护，除去环甲硅烷基的保护基团并进行5'-OH的三苯甲基化反应，目标化合物的总收率为60-66％。
• Amino Acid Modified RNA Bases as Building Blocks of an Early Earth RNA‐Peptide World
  作者：Milda Nainytė、Felix Müller、Giacomo Ganazzoli、Chun‐Yin Chan、Antony Crisp、Daniel Globisch、Thomas Carell

  DOI：10.1002/chem.202002929

  日期：2020.11.20

  by an era of molecular evolution, in which RNA molecules encoded information and catalysed their own replication. This RNA world concept stands against other hypotheses, that argue for example that life may have begun with catalytic peptides and primitive metabolic cycles. The question whether RNA or peptides were first is addressed by the RNA‐peptide world concept, which postulates a parallel existence

  灭绝物种的化石使我们能够重建达尔文进化的过程，从而导致我们今天在地球上看到的物种多样性。能够进行分子进化从而最终能够创造生命的第一个功能分子的起源在很大程度上是未知的。该领域最突出的想法是生物学是分子进化的时代，RNA分子编码信息并催化自身复制。这个RNA世界概念与其他假设背道而驰，例如，这些假设认为生命可能始于催化肽和原始代谢周期。RNA肽世界概念解决了首先要使用RNA还是肽的问题，该概念提出了两种分子都平行存在。但是，目前尚缺乏关于这种RNA肽世界的真实模型。在这里我们报告了含氨基酸的腺苷碱基的合成和理化评估，这些碱基与当今生活中所有三个王国的tRNA的反密码子茎环中发现的分子密切相关。我们表明，这些腺苷失去了它们的碱基配对特性，这使它们能够为RNA配备独立于序列上下文的氨基酸。因此，我们可能认为它们是灭绝的分子RNA肽世界的活分子化石。我们表明，这些腺苷失去了它们的碱基配对特性，这使
• NMR analyses on<i>N</i>-hydroxymethylated nucleobases – implications for formaldehyde toxicity and nucleic acid demethylases
  作者：S. Shishodia、D. Zhang、A. H. El-Sagheer、T. Brown、T. D. W. Claridge、C. J. Schofield、R. J. Hopkinson

  DOI：10.1039/c8ob00734a

  日期：——

  Formaldehyde is produced in cells by enzyme-catalysed demethylation reactions, including those occurring on N-methylated nucleic acids. Formaldehyde reacts with nucleobases to form N-hydroxymethylated adducts that may contribute to its toxicity/carcinogenicity when added exogenously, but the chemistry of these reactions has been incompletely defined. We report NMR studies on the reactions of formaldehyde

  甲醛是通过酶催化的脱甲基反应在细胞中产生的，包括那些在N-甲基化核酸上发生的反应。甲醛与核碱基反应形成N外源添加时可能导致其毒性/致癌性的-羟甲基化加合物，但这些反应的化学方法尚未完全定义。我们报告了甲醛与规范/修饰的核碱基反应的NMR研究。结果表明，用胸苷和尿苷一磷酸盐观察到，环内氮上的羟甲基大麻胺比环外氮上的同等大麻胺更快形成。然而，由腺嘌呤，鸟嘌呤和胞嘧啶形成的环外加合物在溶液中更稳定。核酸脱甲基酶（FTO）催化的（6-甲基）腺苷羟化反应导致（6-羟甲基）腺苷为主要观察产物。相反，没有证据表明FTO催化的（3-甲基）胸腺嘧啶核苷具有稳定的3-羟甲基加合物。总的来说，通过与甲醛反应或通过脱甲基酶催化而形成的核酸碱基的N-羟甲基化加合物具有基本不同的稳定性，其中一些足够稳定以在疾病或核酸/核碱基活性的调节中具有功能性作用。
• Efficient access to 3′-<i>O</i>-phosphoramidite derivatives of tRNA related <i>N</i>⁶-threonylcarbamoyladenosine (t6A) and 2-methylthio-<i>N</i>⁶-threonylcarbamoyladenosine (ms2t6A)
  作者：Katarzyna Debiec、Elzbieta Sochacka

  DOI：10.1039/d0ra09803e

  日期：——

  5′-tri-O-acetyl protected adenosine or 2-methylthioadenosine, the corresponding 3′-O-phosphoramidite monomers were obtained in 48% and 42% overall yield (5 step synthesis). In an analogous synthesis, using the 2′-O-(tert-butyldimethylsilyl)-3′,5′-O-(di-tert-butylsilylene) protection system at the adenosine ribose moiety, the t6A-phosphoramidite monomer was obtained in a less laborious manner and in a remarkably

  开发了一种在受保护的超修饰N 6 -苏氨酰氨基甲酰基腺苷 ( t 6 A ) 及其 2-SMe 类似物 ( ms 2 t 6 A ) 的无差向异构化一锅法合成过程中形成脲基键的有效方法。该方法基于 Tf 2 O 介导的N -Boc-苏氨酸的N -Boc 保护基团直接转化为异氰酸酯衍生物，然后与糖保护核苷的N 6外氨基官能团反应（产率86–94%）。从2',3',5'-三-O-乙酰基保护的腺苷或2-甲硫腺苷开始，得到相应的3'- O-亚磷酰胺单体，总产率为48%和42%（5步合成）。在类似的合成中，使用腺苷核糖部分的2'- O- (叔丁基二甲基甲硅烷基)-3',5'- O- (二叔丁基亚甲硅基)保护系统，获得了t 6 A-亚磷酰胺单体以更省力的方式实现 74% 的显着更高产率。
• 6-Iodopurine as a Versatile Building Block for RNA Purine Architecture Modifications
  作者：Yalun Xie、Zhentian Fang、Wei Yang、Zhiyong He、Kun Chen、Panpan Heng、Baoshan Wang、Xiang Zhou

  DOI：10.1021/acs.bioconjchem.1c00595

  日期：2022.2.16

  found to be indispensable for basic biological processes. In addition, artificial RNA modifications have been a versatile toolbox for the study of RNA interference, structure, and dynamics. Here, we present a chemical method for the facile synthesis of RNA containing C6-modified purine. 6-Iodopurine, as a postsynthetic building block with high reactivity, was used for metal-free construction of C–N, C–O

  发现 RNA 中的天然修饰碱基对于基本的生物过程是必不可少的。此外，人工 RNA 修饰已成为研究 RNA 干扰、结构和动力学的多功能工具箱。在这里，我们提出了一种简便合成含有 C 6修饰嘌呤的 RNA 的化学方法。6-碘嘌呤作为具有高反应性的后合成结构单元，可用于在温和条件下无金属构建 C-N、C-O 和 C-S 键以及通过 Suzuki-Miyaura 交叉偶联形成 C-C 键. 我们的策略为合成各种 RNA 修饰提供了一种方便的方法，特别是对于含有特定结构的寡核苷酸。