N-[3-(tert-butyldiphenylsilyloxy)-propyl]-N'-(3-hydroxypropyl)-2-methoxy-1,3-dioxane-5,5-dicarboxamide | 794525-38-5

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机氧化合物
• 英文名称: N-[3-(tert-butyldiphenylsilyloxy)-propyl]-N'-(3-hydroxypropyl)-2-methoxy-1,3-dioxane-5,5-dicarboxamide
• 英文别名: 5-N'-[3-[tert-butyl(diphenyl)silyl]oxypropyl]-5-N-(3-hydroxypropyl)-2-methoxy-1,3-dioxane-5,5-dicarboxamide
• CAS: 794525-38-5
• 化学式: C₂₉H₄₂N₂O₇Si
• 分子量: 558.747
• InChiKey: KGERYTAXPPAMQS-UHFFFAOYSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  1.53
• 重原子数：
  39
• 可旋转键数：
  14
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.52
• 拓扑面积：
  115
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  7

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  N-[3-(tert-butyldiphenylsilyloxy)-propyl]-N'-(3-hydroxypropyl)-2-methoxy-1,3-dioxane-5,5-dicarboxamide 在 吡啶 、 溶剂黄146 、 三乙胺 、 N,N'-二环己基碳二亚胺 作用下， 以 1,4-二氧六环 、 乙腈 为溶剂， 反应 8.75h， 生成 methyl 3-[(4,4'-dimethoxytrityl)oxy]-2-{[3-(tert-butyldiphenylsilyloxy)propyl]carbamoyl}-2-{[3-(levulinyloxy)propyl]carbamoyl}propyl N,N-diisopropylphosphoramidite
  参考文献：
  名称：

  寡核苷酸糖复合物轴承三种不同糖基固相合成：正交保护的双（羟甲基） - N，N- ' -双（3-羟基丙基）亚磷酰胺malondiamide作为关键构件

  摘要：

  二ø，Ö “ - （甲氧基亚甲基）双（羟甲基）丙二酸二乙酯（3）中观察到当与3-氨基丙醇处理经过逐步氨解。这允许方便地制备在两个N-羟丙基上带有正交乙酰丙酰基（Lev）和叔丁基二苯基甲硅烷基（TBDPS）保护的双（羟甲基）-N，N'-双（3-羟丙基）丙二酰胺（8）。然后将一个羟甲基官能团用4,4'-二甲氧基三苯甲基（DMTr）基团进行保护，然后将另一个进行磷酸化以获得甲基N，N-二异丙基亚氨基膦酸酯（1）。该结构单元用于合成带有三个不同糖单元的寡核苷酸糖缀合物（25和26）。在含有1的序列的常规亚磷酰胺链组装后，除去5'-末端DMTr基团，并偶联合适的糖基6- O-亚磷酰胺基。按Lev和TBDPS的顺序除去支链单元的其余保护基，并使暴露的羟基官能团与所需的糖基6- O-亚磷酰胺基依次反应。通过常规的氨解作用实现了共轭物从载体上的整体脱保护和裂解。

  DOI：

  10.1021/jo048984o
• 作为产物：
  描述：

  ethyl 2-methoxy-5-(3-hydroxypropylcarbamoyl)-1,3-dioxane-5-carboxylate 在 咪唑 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 64.0h， 生成 N-[3-(tert-butyldiphenylsilyloxy)-propyl]-N'-(3-hydroxypropyl)-2-methoxy-1,3-dioxane-5,5-dicarboxamide
  参考文献：
  名称：

  寡核苷酸糖复合物轴承三种不同糖基固相合成：正交保护的双（羟甲基） - N，N- ' -双（3-羟基丙基）亚磷酰胺malondiamide作为关键构件

  摘要：

  二ø，Ö “ - （甲氧基亚甲基）双（羟甲基）丙二酸二乙酯（3）中观察到当与3-氨基丙醇处理经过逐步氨解。这允许方便地制备在两个N-羟丙基上带有正交乙酰丙酰基（Lev）和叔丁基二苯基甲硅烷基（TBDPS）保护的双（羟甲基）-N，N'-双（3-羟丙基）丙二酰胺（8）。然后将一个羟甲基官能团用4,4'-二甲氧基三苯甲基（DMTr）基团进行保护，然后将另一个进行磷酸化以获得甲基N，N-二异丙基亚氨基膦酸酯（1）。该结构单元用于合成带有三个不同糖单元的寡核苷酸糖缀合物（25和26）。在含有1的序列的常规亚磷酰胺链组装后，除去5'-末端DMTr基团，并偶联合适的糖基6- O-亚磷酰胺基。按Lev和TBDPS的顺序除去支链单元的其余保护基，并使暴露的羟基官能团与所需的糖基6- O-亚磷酰胺基依次反应。通过常规的氨解作用实现了共轭物从载体上的整体脱保护和裂解。

  DOI：

  10.1021/jo048984o

文献信息

• Solid-Phase Synthesis of Oligonucleotide Glycoconjugates Bearing Three Different Glycosyl Groups:  Orthogonally Protected Bis(hydroxymethyl)-<i>N,N</i><i>‘</i>-bis(3-hydroxypropyl)malondiamide Phosphoramidite as Key Building Block
  作者：Johanna Katajisto、Petri Heinonen、Harri Lönnberg

  DOI：10.1021/jo048984o

  日期：2004.10.1

  O‘-(methoxymethylene)bis(hydroxymethyl)malonate (3) was observed to undergo a stepwise aminolysis when treated with 3-aminopropanol. This allowed convenient preparation of bis(hydroxymethyl)-N,N‘-bis(3-hydroxypropyl)malondiamide bearing orthogonal levulinyl (Lev) and tert-butyldiphenylsilyl (TBDPS) protections at the two N-hydroxypropyl groups (8). One of the hydroxylmethyl functions was then protected with a 4,4‘-dimethoxytrityl

  二ø，Ö “ - （甲氧基亚甲基）双（羟甲基）丙二酸二乙酯（3）中观察到当与3-氨基丙醇处理经过逐步氨解。这允许方便地制备在两个N-羟丙基上带有正交乙酰丙酰基（Lev）和叔丁基二苯基甲硅烷基（TBDPS）保护的双（羟甲基）-N，N'-双（3-羟丙基）丙二酰胺（8）。然后将一个羟甲基官能团用4,4'-二甲氧基三苯甲基（DMTr）基团进行保护，然后将另一个进行磷酸化以获得甲基N，N-二异丙基亚氨基膦酸酯（1）。该结构单元用于合成带有三个不同糖单元的寡核苷酸糖缀合物（25和26）。在含有1的序列的常规亚磷酰胺链组装后，除去5'-末端DMTr基团，并偶联合适的糖基6- O-亚磷酰胺基。按Lev和TBDPS的顺序除去支链单元的其余保护基，并使暴露的羟基官能团与所需的糖基6- O-亚磷酰胺基依次反应。通过常规的氨解作用实现了共轭物从载体上的整体脱保护和裂解。