2'-O-(tert-butyldimethylsilyl)-3',5'-O-(di-tert-butylsilylene)cytidine | 438582-96-8

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机氧化合物
• 英文名称: 2'-O-(tert-butyldimethylsilyl)-3',5'-O-(di-tert-butylsilylene)cytidine
• 英文别名: 1-[(4aR,6R,7R,7aR)-2,2-ditert-butyl-7-[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxy-4a,6,7,7a-tetrahydro-4H-furo[3,2-d][1,3,2]dioxasilin-6-yl]-4-aminopyrimidin-2-one
• CAS: 438582-96-8
• 化学式: C₂₃H₄₃N₃O₅Si₂
• 分子量: 497.783
• InChiKey: IAERLBNQNFRAMO-NXWXRZEISA-N

物化性质

• 沸点：
  519.6±60.0 °C(Predicted)
• 密度：
  1.13±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  4.57
• 重原子数：
  33
• 可旋转键数：
  6
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.83
• 拓扑面积：
  95.6
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  5

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  2'-O-(tert-butyldimethylsilyl)-3',5'-O-(di-tert-butylsilylene)cytidine 在 氟化氢吡啶 作用下， 以 吡啶 、 二氯甲烷 为溶剂， 反应 5.5h， 生成 N-(1-((2r,3r,4r,5r)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-3-((叔丁基二甲基甲硅烷基)氧基)-4-羟基四氢呋喃-2-基)-2-氧代-1,2-二氢嘧啶-4-基)乙酰胺
  参考文献：
  名称：

  一种有效的制备用于亚磷酰胺RNA合成的受保护核糖核苷的方法

  摘要：

  描述了可用于亚磷酰胺RNA合成的受保护的核糖核苷的有效合成。二吨-butylsilylene组用于和的3'-保护同时核苷的5'位羟基的功能。随后将游离的2'-OH基团进行甲硅烷基化，然后在碱基部分上引入适当的保护，除去环甲硅烷基的保护基团并进行5'-OH的三苯甲基化反应，目标化合物的总收率为60-66％。

  DOI：

  10.1016/s0040-4039(02)00181-8
• 作为产物：
  描述：

  胞苷 在 咪唑 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 生成 2'-O-(tert-butyldimethylsilyl)-3',5'-O-(di-tert-butylsilylene)cytidine
  参考文献：
  名称：

  2'-O-取代核糖核苷的合成。

  摘要：

  提出了2'-O-取代的核糖核苷的有效合成方法，包括2'-O-TBDMS和受保护的2'-O-TOM以及2'-O-Me和2'-O-烯丙基衍生物。第一步，使用二叔丁基亚甲硅烷基同时保护核苷的3'-和5'-羟基官能团。随后将游离的2'-OH进行甲硅烷基化或烷基化，然后在碱基部分上引入合适的保护基，并除去环状甲硅烷基保护基，从而以高收率得到目标化合物。

  DOI：

  10.1081/ncn-120022724

文献信息

• Synthesis of RNA Containing 5-Hydroxymethyl-, 5-Formyl-, and 5-Carboxycytidine
  作者：Iacovos N. Michaelides、Nobuhiro Tago、Bastien Viverge、Thomas Carell

  DOI：10.1002/chem.201704216

  日期：2017.11.13

  5‐Hydroxymethyl‐, 5‐formyl‐, and 5‐carboxy‐2′‐deoxycytidine are new epigenetic bases (hmdC, fdC, cadC) that were recently discovered in the DNA of higher eukaryotes. The same bases (5‐hydroxymethyl‐, 5‐formyl‐, and 5‐carboxycytidine; hmC, fC, and caC) have now also been detected in mammalian RNA with a high abundance in mRNA. While DNA phosphoramidites (PAs) that allow the synthesis of xdC‐containing

  5-羟甲基，5-甲酰基和5-羧基-2'-脱氧胞苷是最近在高级真核生物的DNA中发现的新的表观遗传碱基（hmdC，fdC，cadC）。现在，在具有高mRNA丰度的哺乳动物RNA中也检测到了相同的碱基（5-羟甲基，5-甲酰基和5-羧化胞苷； hmC，fC和caC）。尽管可以利用DNA亚磷酰胺（PA）合成含xdC的寡核苷酸以进行更深入的生物学研究，但尚未公开相应的fC和caC的甲硅烷基保护的RNA PA。在这里，我们报告了可用于常规RNA合成的hmC，fC和caC的新型RNA PA。新的结构单元与规范的PA以及它们自身都兼容，这甚至可以合成包含所有这三个碱基的RNA链。
• Synthesis, Thermodynamic Properties, and Crystal Structure of RNA Oligonucleotides Containing 5-Hydroxymethylcytosine
  作者：Christian Riml、Alexandra Lusser、Eric Ennifar、Ronald Micura

  DOI：10.1021/acs.joc.7b01171

  日期：2017.8.4

  mechanistic details of hm5C function to be obtained, the availability of RNAs containing this modification at defined positions that can be used for in vitro studies is highly desirable. In this work, we present an eight-step route to 5-hydroxymethylcytidine (hm5rC) phosphoramidite for solid-phase synthesis of modified RNA oligonucleotides. Furthermore, we examined the effects of hm5rC on RNA duplex stability

  5-羟甲基胞嘧啶（hm5C）是一种RNA修饰，由于发现RNA羟甲基化可以促进mRNA翻译而引起了广泛的关注。为了洞悉将获得的hm5C功能的机理细节，非常需要可用于体外研究的，在定义位置包含此修饰的RNA的可用性。在这项工作中，我们提出了一个5-羟基甲基胞苷（hm5rC）亚磷酰胺的八步路线，用于固相合成修饰的RNA寡核苷酸。此外，我们使用sarcin-ricin环（SRL）主题检查了hm5rC对RNA双链体稳定性的影响及其对结构形成的影响。热变性实验表明，hm5rC增加了RNA双链体的稳定性。相反，当UNCG四环基序中的胞嘧啶被hm5rC取代时，相应的发夹折叠的热力学稳定性减弱。重要的是，将hm5rC整合到SRL基序中可产生分辨率为0.85Å的RNA晶体结构。除了在修饰位点的水合模式发生变化外，与天然结构中未修饰的CG相比，hm5rC-G对有轻微的开放。
• Base pairing, structural and functional insights into N4-methylcytidine (m4C) and N4,N4-dimethylcytidine (m42C) modified RNA
  作者：Song Mao、Bartosz Sekula、Milosz Ruszkowski、Srivathsan V Ranganathan、Phensinee Haruehanroengra、Ying Wu、Fusheng Shen、Jia Sheng

  DOI：10.1093/nar/gkaa737

  日期：2020.10.9

  simulation studies, demonstrated that m4C retains a regular C:G base pairing pattern in RNA duplex and has a relatively small effect on its base pairing stability and specificity. By contrast, the m42C modification disrupts the C:G pair and significantly decreases the duplex stability through a conformational shift of native Watson-Crick pair to a wobble-like pattern with the formation of two hydrogen

  摘要RNA中胞苷的N 4-甲基化（m 4 C和m 4 2 C）在细菌和真核细胞中均起重要作用。在这项工作中，我们合成了一系列m 4 C和m 4 2 C修饰的RNA寡核苷酸，进行了碱基配对和生物活性研究，并解析了包含这两个修饰的RNA双链体的三个新晶体结构。我们的热稳定性和X射线晶体学研究以及分子动力学模拟研究表明，m 4 C在RNA双链体中保留了规则的C：G碱基配对模式，并且对其碱基配对的稳定性和特异性影响相对较小。相比之下，4 2 C修饰会破坏C：G对，并通过将天然Watson-Crick对构象转变为带有两个氢键的摆动状模式而显着降低双链体稳定性。该双甲基化的m 4 2C还导致C：G与其他错配对（例如C：A，C：T和C：C）之间碱基配对的区分性丧失。在逆转录模型中对这两个修饰残基的生化研究表明，单甲基化或二甲基化的胞嘧啶碱基均可指定C：T对，并使用HIV-1 RT诱导G至T突变。在其他具
• Site-Specific Synthesis of <i>N</i>⁴-Acetylcytidine in RNA Reveals Physiological Duplex Stabilization
  作者：David Bartee、Kellie D. Nance、Jordan L. Meier

  DOI：10.1021/jacs.1c11985

  日期：2022.3.2

  post-transcriptional modification of RNA that is conserved across all domains of life. All characterized sites of ac4C in eukaryotic RNA occur in the central nucleotide of a 5′-CCG-3′ consensus sequence. However, the thermodynamic consequences of cytidine acetylation in this context have never been assessed due to its challenging synthesis. Here, we report the synthesis and biophysical characterization

  N4-乙酰胞苷 （ac4C） 是 RNA 的转录后修饰，在生命的所有领域中都是保守的。真核 RNA 中 ac4C 的所有特征位点都发生在 5'-CCG-3' 共有序列的中心核苷酸中。然而，由于其具有挑战性的合成，在这种情况下胞苷乙酰化的热力学后果从未被评估过。在这里，我们报道了 ac4C 在其内源性真核序列背景下的合成和生物物理表征。首先，我们开发了一种合成路线，用于含有亲电乙酰基团的均相 RNA。接下来，我们使用热变性来研究 ac4C 对人类 rRNA 中发现的天然序列中双链体稳定性和错配鉴别的生化影响。最后，我们证明了这种化学方法能够将 ac4C 整合到人类 tRNA 的复杂修饰景观中，并使用双链体熔解来强调 ac4C 在这种独特序列背景下的强制作用。通过在生理序列背景下对核酸乙酰化进行离体生物物理分析，这些研究为理解普遍保守的核碱基在生物学和疾病中的功能奠定了化学基础。
• Synthesis and properties of the anticodon stem-loop of human mitochondrial tRNA^Met containing the disease-related G or m¹G nucleosides at position 37
  作者：Karolina Podskoczyj、Katarzyna Kulik、Joanna Wasko、Barbara Nawrot、Tsutomu Suzuki、Grazyna Leszczynska

  DOI：10.1039/d1cc05215b

  日期：——

  Disease-related G and m¹G from 37 position of human mitochondrial tRNA^Met induce changes in the stability and conformation of the anticodon arm domain.

  与疾病相关的人类线粒体tRNA Met的37位点的 G和m1G诱导了抗密码子臂结构的稳定性和构象的变化。