Design and Evaluation of a Cyclobutane Diazirine Alkyne Tag for Photoaffinity Labeling in Cells
作者:Alexander V. West、Yuka Amako、Christina M. Woo
DOI:10.1021/jacs.2c08257
日期:2022.11.23
diazirine photoaffinity tag with reduced pH-dependent reactivity, termed PALBOX. We show that PALBOX possesses differential reactivity profiles as compared to other diazirine tags in vitro and is readily incorporated into small molecules to profile their binding interactions in cells. Using a set of small molecule fragments and ligands, we show that photoaffinity probes equipped with PALBOX can label the
烷基二嗪嗪经常用于光亲和标记,以绘制靶标鉴定研究中小分子-蛋白质相互作用的图谱。然而,烷基二嗪可以以 pH 依赖性方式优先标记酸性氨基酸和酸性蛋白质表面,可能是通过反应性烷基重氮中间体。在这里,我们探索了使用环应变来改变这些反应性偏好,并报告了具有降低 pH 依赖性反应性的环丁烷二氮嗪光亲和标签的开发,称为 PALBOX。我们表明,与其他二嗪标签相比,PALBOX 在体外具有不同的反应性特征,并且很容易掺入小分子中以分析它们在细胞中的结合相互作用。使用一组小分子片段和配体,我们表明配备 PALBOX 的光亲和探针可以标记细胞中的已知蛋白质靶标,同时减少已知烷基二氮嗪脱靶的标记。最后,我们证明配备 PALBOX 的配体可以准确定位小分子-蛋白质结合位点。因此,PALBOX 是一种基于二氮嗪的多功能光亲和标签,用于开发用于光亲和标记实验的化学探针,包括小分子-蛋白质相互作用的研究。