Products Generated by Amine-Catalyzed Strand Cleavage at Apurinic/Apyrimidinic Sites in DNA: New Insights from a Biomimetic Nucleoside Model System
作者:Jay S. Jha、Christopher Nel、Tuhin Haldar、Daniel Peters、Kurt Housh、Kent S. Gates
DOI:10.1021/acs.chemrestox.1c00408
日期:2022.2.21
the sugar remnants generated by amine-catalyzed β-elimination in the 2-deoxyribose system. The results predict that amine-catalyzed strand cleavage at an AP site under physiological conditions has the potential to reversibly generate noncanonical cleavage products including cis-alkenal, 3-thio-2,3-dideoxyribose, and 2-deoxyribose groups alongside the canonical trans-alkenal residue on the 3′-terminus
脱碱基位点在细胞和合成 DNA 中很常见。因此,表征这些病变的化学命运非常重要。DNA 脱碱基位点的胺催化链裂解是一个重要过程,其中少量开环脱碱基醛残基转化为亚胺离子促进 3'-磷酰基的 β- 消除。该反应在链断裂的 3'-末端产生反式-α,β-不饱和亚胺离子作为专性中间体。AP 位点的胺催化裂解预期的典型产物是相应的反式-α,β-不饱和醛糖残余物,由该亚胺离子水解产生。有趣的是,一些研究报告了由胺催化的链裂解产生的非规范 3'-糖残余物,但这些产物的形成和性质尚不清楚。为了解决这一知识差距,开发了一种核苷系统,该系统能够对 2-脱氧核糖系统中胺催化的 β-消除产生的糖残余物进行化学表征。结果预测,在生理条件下 AP 位点的胺催化链裂解有可能可逆地产生非规范的裂解产物,包括顺式-烯醛、3-硫代-2,3-双脱氧核糖和 2-脱氧核糖基团以及规范的反式-链断裂 3'-末端的烯醛残基。因此,模型反应提供的证据表明,在细胞