N3-benzoyl-2'-O-[2-(2,2,2-trifluoroethoxycarbonyl)ethyl]-3',5'-O-(1,1,3,3-tetraisopropyldisiloxane-1,3-diyl)uridine | 949158-35-4

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机氧化合物
• 英文名称: N3-benzoyl-2'-O-[2-(2,2,2-trifluoroethoxycarbonyl)ethyl]-3',5'-O-(1,1,3,3-tetraisopropyldisiloxane-1,3-diyl)uridine
• 英文别名: N3-benzoyl-3',5'-O-(1,1,3,3-tetraisopropyldisiloxane-1,3-diyl)-2'-O-[2-(2,2,2-trifluoroethoxy)carbonylethyl]uridine；2,2,2-trifluoroethyl 3-[[(6aR,8R,9R,9aR)-8-(3-benzoyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)-2,2,4,4-tetra(propan-2-yl)-6a,8,9,9a-tetrahydro-6H-furo[3,2-f][1,3,5,2,4]trioxadisilocin-9-yl]oxy]propanoate
• CAS: 949158-35-4
• 化学式: C₃₃H₄₇F₃N₂O₁₀Si₂
• 分子量: 744.91
• InChiKey: ICZZUYWZCRQOGN-GSWOMDGUSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  5.43
• 重原子数：
  50
• 可旋转键数：
  12
• 环数：
  4.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.64
• 拓扑面积：
  130
• 氢给体数：
  0
• 氢受体数：
  13

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  N3-benzoyl-2'-O-[2-(2,2,2-trifluoroethoxycarbonyl)ethyl]-3',5'-O-(1,1,3,3-tetraisopropyldisiloxane-1,3-diyl)uridine 在 吡啶 、 triethylamine tris(hydrogen fluoride) 、 三乙胺 作用下， 以 四氢呋喃 为溶剂， 反应 28.0h， 生成 5′-O-(4,4′-dimethoxytrityl)-2′-O-[2-(N-phenylcarbamoyl)ethyl]uridine
  参考文献：
  名称：

  Synthesis and properties of oligonucleotides modified with 2′-O-(2-carboxyethyl)nucleotides and their carbamoyl derivatives

  摘要：

  合成了含有四种 2â²-O-修饰尿苷衍生物的 2â²-O-甲基寡核苷酸。通过光谱分析和分子动力学模拟研究了它们的双链稳定性、水合行为和抗外切酶能力。结果表明，用 2-氨基甲酰乙基或 2-（N-甲基氨基甲酰）乙基对尿苷残基进行 2â²-O修饰可显著提高抗外切酶能力，而不会降低双链的稳定性。

  DOI：

  10.1039/c4ob01260g
• 作为产物：
  描述：

  丙烯酸三氟乙酯 、 N³-benzoyl-3',5'-O-(1,1,3,3-tetraisopropyldisiloxane-1,3-diyl)uridine 在 caesium carbonate 作用下， 以 叔丁醇 为溶剂， 以73%的产率得到N3-benzoyl-2'-O-[2-(2,2,2-trifluoroethoxycarbonyl)ethyl]-3',5'-O-(1,1,3,3-tetraisopropyldisiloxane-1,3-diyl)uridine
  参考文献：
  名称：

  Synthesis and properties of oligonucleotides modified with 2′-O-(2-carboxyethyl)nucleotides and their carbamoyl derivatives

  摘要：

  合成了含有四种 2â²-O-修饰尿苷衍生物的 2â²-O-甲基寡核苷酸。通过光谱分析和分子动力学模拟研究了它们的双链稳定性、水合行为和抗外切酶能力。结果表明，用 2-氨基甲酰乙基或 2-（N-甲基氨基甲酰）乙基对尿苷残基进行 2â²-O修饰可显著提高抗外切酶能力，而不会降低双链的稳定性。

  DOI：

  10.1039/c4ob01260g

文献信息

• Synthesis of 2′-<i>O</i>-[2-(<i>N</i>-Methylcarbamoyl)ethyl]ribonucleosides Using Oxa-Michael Reaction and Chemical and Biological Properties of Oligonucleotide Derivatives Incorporating These Modified Ribonucleosides
  作者：Takeshi Yamada、Natsuki Okaniwa、Hisao Saneyoshi、Akihiro Ohkubo、Kohji Seio、Tetsuya Nagata、Yoshitsugu Aoki、Shin’ichi Takeda、Mitsuo Sekine

  DOI：10.1021/jo101963z

  日期：2011.5.6

  2′-O-modification on the nuclease resistance of oligonucleotides incorporating the 2′-O-modified ribonucleosides and their hybridization affinities for the complementary RNA and DNA strands, 2′-O-MCE-ribonucleoside phosphoramidite derivatives were successfully synthesized and subjected to the synthesis of 2′-O-MCE-oligonucleotides and 2′-O-methyl-oligonucleotides incorporating 2′-O-MCE-ribonucleosides. The 2′-O

  为了开发含有新的2'- O-修饰的核糖核苷作为核酸药物的寡核苷酸，我们合成了3种类型的在2'-羟基被2-（甲氧基羰基）乙基（MOCE），2-（N-甲基氨基甲酰基）修饰的核糖核苷衍生物。通过适当保护的核糖核苷（U，C，A和G）衍生物的oxa-Michael反应，将乙基（MCE）和2-（N，N-二甲基氨基甲酰基）乙基（DMCE）基团作为关键中间体。其中，发现2'- O- MCE核糖核苷在碱性条件下最稳定。研究2'- O-修饰对掺入2'- O的寡核苷酸的核酸酶抗性的影响修饰的核糖核苷及其对互补RNA和DNA链的杂交亲和力，成功合成了2' - O -MCE-核糖核苷亚磷酰胺衍生物，并进行了2' - O -MCE-寡核苷酸和2'- O-甲基-核苷酸的合成包含2' - O -MCE-核糖核苷的寡核苷酸。2'- Ô -MCE寡核苷酸和嵌合低聚物2'- ö -MCE和2'- ö甲基基团如此得到证实互补RNA链和高得多的核酸酶抗性比相应的2'-
• 2'-HYDROXYL-MODIFIED RIBONUCLEOSIDE DERIVATIVE
  申请人：TOKYO INSTITUTE OF TECHNOLOGY

  公开号：EP2006293B1

  公开（公告）日：2016-08-24
• Synthesis and properties of oligonucleotides modified with 2′-O-(2-carboxyethyl)nucleotides and their carbamoyl derivatives
  作者：Takeshi Yamada、Yoshiaki Masaki、Natsuki Okaniwa、Takashi Kanamori、Akihiro Ohkubo、Hirosuke Tsunoda、Kohji Seio、Mitsuo Sekine

  DOI：10.1039/c4ob01260g

  日期：——

  2′-O-Methyl oligoribonucleotides with four kinds of 2′-O-modified uridine derivatives were synthesised. Their duplex stability, hydration behavior and exonuclease resistance were studied by spectroscopic analyses and molecular dynamics simulations. Consequently, 2′-O-modification of the uridine residue with 2-carbamoylethyl or 2-(N-methylcarbamoyl)ethyl groups resulted in a significant improvement of the exonuclease resistance without the loss of duplex stability.

  合成了含有四种 2â²-O-修饰尿苷衍生物的 2â²-O-甲基寡核苷酸。通过光谱分析和分子动力学模拟研究了它们的双链稳定性、水合行为和抗外切酶能力。结果表明，用 2-氨基甲酰乙基或 2-（N-甲基氨基甲酰）乙基对尿苷残基进行 2â²-O修饰可显著提高抗外切酶能力，而不会降低双链的稳定性。