2-amino-9-((2R,4S,5R)-4-((tert-butyldimethylsilyl)oxy)-5-(((tert-butyldimethylsilyl)oxy)methyl)tetrahydrofuran-2-yl)-8-(phenylamino)-1,9-dihydro-6H-purin-6-one | 1124321-42-1

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘌呤核苷
• 英文名称: 2-amino-9-((2R,4S,5R)-4-((tert-butyldimethylsilyl)oxy)-5-(((tert-butyldimethylsilyl)oxy)methyl)tetrahydrofuran-2-yl)-8-(phenylamino)-1,9-dihydro-6H-purin-6-one
• 英文别名: 8N-(phenylamino)-3',5'-bis(tert-butyldimethylsilyl)-2'-deoxyguanosine
• CAS: 1124321-42-1
• 化学式: C₂₈H₄₆N₆O₄Si₂
• 分子量: 586.882
• InChiKey: QGIBTLFOMLMTIM-PWRODBHTSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  6.15
• 重原子数：
  40.0
• 可旋转键数：
  8.0
• 环数：
  4.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.61
• 拓扑面积：
  129.31
• 氢给体数：
  3.0
• 氢受体数：
  9.0

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  2-amino-9-((2R,4S,5R)-4-((tert-butyldimethylsilyl)oxy)-5-(((tert-butyldimethylsilyl)oxy)methyl)tetrahydrofuran-2-yl)-8-(phenylamino)-1,9-dihydro-6H-purin-6-one 在 triethylamine tris(hydrogen fluoride) 、 三乙胺 作用下， 以 四氢呋喃 、 二氯甲烷 为溶剂， 反应 5.0h， 生成 8-phenylamino-2′-deoxyguanosine
  参考文献：
  名称：

  c8-芳基胺嘌呤加合物对DNA链位点特异性损伤的合成及其对各种DNA聚合酶的影响。

  摘要：

  使用钯交叉偶联化学已经制备了C8-芳胺-dG和C8-芳基胺-dA加合物。随后将这些加合物转化为相应的5'-O-DMTr-C8-芳基胺-3'-O-亚磷酰胺，然后用于自动合成不同的位点特异性修饰的寡核苷酸。这些“损坏”的寡核苷酸已通过ESI-MS，UV热稳定性测定和圆二色性进行了表征，它们已用于EcoRI测定以及使用各种DNA聚合酶的引物延伸研究中。

  DOI：

  10.1002/chem.200800979
• 作为产物：
  描述：

  O6-benzyl-8N-(phenylamino)-3',5'-bis(tert-butyldimethylsilyl)-2'-deoxyguanosine 在 palladium on activated charcoal 、 氢气 作用下， 以 甲醇 为溶剂， 反应 24.0h， 以90%的产率得到2-amino-9-((2R,4S,5R)-4-((tert-butyldimethylsilyl)oxy)-5-(((tert-butyldimethylsilyl)oxy)methyl)tetrahydrofuran-2-yl)-8-(phenylamino)-1,9-dihydro-6H-purin-6-one
  参考文献：
  名称：

  c8-芳基胺嘌呤加合物对DNA链位点特异性损伤的合成及其对各种DNA聚合酶的影响。

  摘要：

  使用钯交叉偶联化学已经制备了C8-芳胺-dG和C8-芳基胺-dA加合物。随后将这些加合物转化为相应的5'-O-DMTr-C8-芳基胺-3'-O-亚磷酰胺，然后用于自动合成不同的位点特异性修饰的寡核苷酸。这些“损坏”的寡核苷酸已通过ESI-MS，UV热稳定性测定和圆二色性进行了表征，它们已用于EcoRI测定以及使用各种DNA聚合酶的引物延伸研究中。

  DOI：

  10.1002/chem.200800979

文献信息

• Synthesis of DNA-Oligonucleotides Damaged by Arylamine-Modified 2′-Deoxyguanosine
  作者：N. Böge、Z. Szombati、C. Meier

  DOI：10.1080/15257770701490738

  日期：2007.11.26

  C8-Arylamine-dG adducts bearing a labile N-formamidine group at the exocyclic amino function were converted into their corresponding 5'-O-DMTr-3'-0-phosphoramidite-C8-arylamine-dG derivatives. These compounds were used for the automated synthesis of site-specifically modified oligonucleotides. These oligonucleotides were characterized by ESI-MS and enzymatic digestion and studied for their CD properties and T-m values.