into ONs, and biophysical characterization of the modified ONs. The size of the macrocyclic tether and configuration at phosphorus had profound effects on hybridization kinetics. ONs containing 12- and 13-membered rings exhibited faster on-rates (up to 5-fold) and off-rates (up to 161-fold). In contrast, ONs using the larger ring size macrocycles generally exhibited smaller changes in binding kinetics
我们最近描述了一种
化学策略,以适合 Watson-Crick 碱基配对的构象预组织三核苷酸亚基,以使用
双膦酸酯桥接烃系链提供 11- 和 15 来调节单链寡核苷酸 (ON) 的结合动力学-元大环类似物。在这份手稿中,我们描述了大环 12、13、14 和 16 元烃桥核苷酸三聚体的所有八种 P 立体异构体的合成、它们在 ON 中的掺入以及修饰 ON 的
生物物理表征。大环链的大小和
磷的构型对杂交动力学有深远的影响。包含 12 元环和 13 元环的 ON 表现出更快的结合率(高达 5 倍)和解离率(高达 161 倍)。相比之下,相对于未修饰的 DNA,使用较大环尺寸大环化合物的 ON 通常表现出较小的结合动力学变化。有趣的是,尽管在热变性实验中适度不稳定,但基于解离常数,一些类似物保留了对 RNA 的显着结合亲和力,突出了在评估新型
核酸类似物时测量解离常数与双链体热稳定性的潜在效用。总的来说,我