[[(2R,3R,4R,5R)-4-[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxy-2-[[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxymethyl]-5-(2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-3-yl]oxy-oxidophosphaniumyl] 2,2-dimethylpropanoate | 565214-86-0

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机氧化合物
• 英文名称: [[(2R,3R,4R,5R)-4-[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxy-2-[[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxymethyl]-5-(2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-3-yl]oxy-oxidophosphaniumyl] 2,2-dimethylpropanoate
• CAS: 565214-86-0
• 化学式: C₂₆H₄₉N₂O₉PSi₂
• 分子量: 620.828
• InChiKey: LUMANHGVSWDKQC-CWJKEVGVSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  4.14
• 重原子数：
  40
• 可旋转键数：
  13
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.81
• 拓扑面积：
  136
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  9

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  三甲基乙酰氯 、 [[(2R,3R,4R,5R)-4-[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxy-2-[[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxymethyl]-5-(2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-3-yl]oxy-oxidophosphaniumyl] 2,2-dimethylpropanoate 在 吡啶 作用下， 以 乙腈 为溶剂， 生成
  参考文献：
  名称：

  H-膦酸酯方法中寡核苷酸合成的副反应：双酰基亚磷酸酯形成和5'-O-酰化反应的动力学研究。

  摘要：

  在存在不同取代的吡啶的条件下，进行了新戊酰氯与核苷H-膦酸酯（双酰基亚磷酸酯的形成）或受保护的核苷与游离5'-OH（5'-O-聚戊二酰化）反应的动力学研究。 。形成双酰基亚磷酸酯是混合的羧酸-膦酸酐被酰化得到相应的双新戊酰基亚磷酸酯衍生物的结果。该反应的速率取决于吡啶衍生物和新戊酰氯的浓度。5'-O-聚戊二酰化反应还取决于吡啶衍生物和新戊酰氯的浓度。两种反应的速率均取决于吡啶衍生物的碱性，在更多的碱性吡啶中显示出较高的速率。log k的依赖性与 吡啶的pKa呈线性，但两个反应的斜率相差很大（双酰化反应的斜率是0.84，5'-O-吡咯烷化反应的斜率是0.21）。对于这两个反应，在存在位阻吡啶的情况下，速率明显较低，这表明在与无阻碍的吡啶反应中，对新戊酰氯存在亲核催化作用。

  DOI：

  10.1081/ncn-120018619
• 作为产物：
  描述：

  三甲基乙酰氯 、 2',5'-di-O-tert-butyldimethylsilyluridine 3'-hydrogenphosphonate triethyammonium salt 在 吡啶 作用下， 以 乙腈 为溶剂， 生成 [[(2R,3R,4R,5R)-4-[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxy-2-[[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxymethyl]-5-(2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-3-yl]oxy-oxidophosphaniumyl] 2,2-dimethylpropanoate
  参考文献：
  名称：

  H-膦酸酯方法中寡核苷酸合成的副反应：双酰基亚磷酸酯形成和5'-O-酰化反应的动力学研究。

  摘要：

  在存在不同取代的吡啶的条件下，进行了新戊酰氯与核苷H-膦酸酯（双酰基亚磷酸酯的形成）或受保护的核苷与游离5'-OH（5'-O-聚戊二酰化）反应的动力学研究。 。形成双酰基亚磷酸酯是混合的羧酸-膦酸酐被酰化得到相应的双新戊酰基亚磷酸酯衍生物的结果。该反应的速率取决于吡啶衍生物和新戊酰氯的浓度。5'-O-聚戊二酰化反应还取决于吡啶衍生物和新戊酰氯的浓度。两种反应的速率均取决于吡啶衍生物的碱性，在更多的碱性吡啶中显示出较高的速率。log k的依赖性与 吡啶的pKa呈线性，但两个反应的斜率相差很大（双酰化反应的斜率是0.84，5'-O-吡咯烷化反应的斜率是0.21）。对于这两个反应，在存在位阻吡啶的情况下，速率明显较低，这表明在与无阻碍的吡啶反应中，对新戊酰氯存在亲核催化作用。

  DOI：

  10.1081/ncn-120018619

文献信息

• The H-phosphonate approach to oligonucleotide synthesis. An investigation on the mechanism of the coupling step
  作者：Susannah Sigurdsson、Roger Strömberg

  DOI：10.1039/b205142g

  日期：——

  A kinetic study on the pivaloyl chloride promoted H-phosphonate condensation step in the presence of differently substituted pyridines has been carried out. The kinetics of the system follow second order kinetics with a 1 ∶ 1 ratio of nucleoside 3′-H-phosphonate and nucleoside component (with free 5-OH). Irrespective of the pyridine derivative used, the reaction rate is dependent on the concentration of this as well as of the hydroxy component and H-phosphonate. A reactive intermediate is indirectly identified from the kinetic evidence. This intermediate is suggested to be a pyridinium adduct formed by attack of the pyridine derivative on the initially formed mixed phosphonic carboxylic anhydride. Considerably lower rates of condensation in the presence of sterically hindered pyridines further support the existence of nucleophilic catalysis in the reactions with non-hindered pyridines. In addition, the rate of reaction in the presence of pyridines with pKa values above ∼4.8 is enhanced by an increase in pivaloyl chloride concentration. The main reason for this enhancement is most likely the fact that pivaloyl chloride removes pivalate ion, which retards the reaction by influencing the equilibrium between the mixed anhydride and the pyridinium intermediate. Although the observed rate constants are composed of several constants, their temperature dependence gives some indication of the nature of the transition-state of the rate-limiting step. Entropies of activation are estimated to be slightly positive, suggesting a transition state arising from attack of the hydroxy component on the pyridinium intermediate but involving a fair degree of bond breakage to the leaving group, i.e. the pyridine.

  在不同取代的吡啶存在下，对新戊酰氯促进 H-膦酸缩合步骤进行了动力学研究。该体系的动力学遵循二阶动力学，核苷 3′-H-膦酸盐和核苷成分（游离 5-OH）的比例为 1 ∶ 1。无论使用哪种吡啶衍生物，反应速率都取决于吡啶衍生物以及羟基成分和 H-膦酸盐的浓度。从动力学证据中间接确定了一种反应中间体。据推测，这种中间体是吡啶衍生物对最初形成的混合膦酸羧酸酐的攻击所形成的吡啶鎓加合物。在存在立体受阻吡啶的情况下，缩合率要低得多，这进一步证明了在与非受阻吡啶的反应中存在亲核催化作用。此外，pKa 值高于 4.8 的吡啶存在时，反应速率会随着特戊酰氯浓度的增加而提高。这种增强的主要原因很可能是新戊酰氯去除了特戊酸根离子，而特戊酸根离子会影响混合酸酐和吡啶中间体之间的平衡，从而延缓反应的进行。尽管观察到的速率常数由多个常数组成，但它们对温度的依赖性在一定程度上表明了限速步骤过渡状态的性质。据估计，活化熵略呈正值，这表明过渡状态是由羟基成分对吡啶中间体的攻击引起的，但涉及到离去基团（即吡啶）相当程度的断键。