(1R,2R,5R,7R,8S)-8-benzyloxy-5-benzyloxymethyl-2-methyl-7-(thymin-1-yl)-6-oxa-bicyclo[3.2.1]octane | 945383-20-0

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 苯和取代衍生物
• 英文名称: (1R,2R,5R,7R,8S)-8-benzyloxy-5-benzyloxymethyl-2-methyl-7-(thymin-1-yl)-6-oxa-bicyclo[3.2.1]octane
• CAS: 945383-20-0
• 化学式: C₂₈H₃₂N₂O₅
• 分子量: 476.572
• InChiKey: SJEOWTZSRKUFCT-XZVUUTQGSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  3.96
• 重原子数：
  35.0
• 可旋转键数：
  8.0
• 环数：
  5.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.43
• 拓扑面积：
  82.55
• 氢给体数：
  1.0
• 氢受体数：
  6.0

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  (1R,2R,5R,7R,8S)-8-benzyloxy-5-benzyloxymethyl-2-methyl-7-(thymin-1-yl)-6-oxa-bicyclo[3.2.1]octane 在 palladium dihydroxide ammonium formate 、 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 四氢呋喃 、 吡啶 、 甲醇 为溶剂， 生成 (1R,2R,5R,7R,8S)-8-(2-cyanoethoxy-(diisopropylamino)-phosphinoxy)-5-(4,4'-dimethoxytrityloxymethyl)-2-methyl-7-(thymin-1-yl)-6-oxa-bicyclo[3.2.1]octane
  参考文献：
  名称：

  五元和六元构象锁定 2',4'-碳环核糖胸苷：合成、结构和生化研究

  摘要：

  两个不寻常的反应，包括 5-己烯基或 6-庚烯基自由基环化在 C4' 的远距离双键和 C2' 的胸苷核呋喃糖环的自由基中心已被用作合成 North 型构象限制顺式的关键步骤高产率的 LNA（碳环-LNA-T）和 ENA（碳环-ENA-T）的稠合双环五元和六元碳环类似物。它们的结构已通过长程 1H-13C NMR 相关 (HMBC)、TOCSY、COSY 和 NOE 实验得到明确证实。随后将碳环-LNA-T 和碳环-ENA-T 掺入反义寡核苷酸 (AON) 中，以表明它们将修饰的 AON/RNA 异源双链的 Tm 提高了 3.5-5 摄氏度和 1.5 摄氏度/碳环修饰-LNA-T 和碳环-ENA-T，分别。而发现碳环-LNA-T、碳环-ENA-T、氮杂-ENA-T和LNA-T修饰的AON/RNA双链体的相对RNase H切割率与天然对应物非常相似，无论AON 链中的类型和位点修饰，与天然的相比，将碳环-LNA

  DOI：

  10.1021/ja071106y
• 作为产物：
  描述：

  (3aR,5R,6S,6aR)-6-(benzyloxy)-5-((benzyloxy)methyl)-2,2-dimethyltetrahydrofuro[2,3-d][1,3]dioxole-5-carbaldehyde 在 吡啶 、 4-二甲氨基吡啶 、 正丁基锂 、 N,O-双三甲硅基乙酰胺 、 草酰氯 、 三氟甲磺酸 、 氨 、 三正丁基氢锡 、 溶剂黄146 、 二甲基亚砜 、 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 四氢呋喃 、 甲醇 、 正己烷 、 二氯甲烷 、 甲苯 、 乙腈 为溶剂， 反应 6.5h， 生成 (1R,2R,5R,7R,8S)-8-benzyloxy-5-benzyloxymethyl-2-methyl-7-(thymin-1-yl)-6-oxa-bicyclo[3.2.1]octane
  参考文献：
  名称：

  五元和六元构象锁定 2',4'-碳环核糖胸苷：合成、结构和生化研究

  摘要：

  两个不寻常的反应，包括 5-己烯基或 6-庚烯基自由基环化在 C4' 的远距离双键和 C2' 的胸苷核呋喃糖环的自由基中心已被用作合成 North 型构象限制顺式的关键步骤高产率的 LNA（碳环-LNA-T）和 ENA（碳环-ENA-T）的稠合双环五元和六元碳环类似物。它们的结构已通过长程 1H-13C NMR 相关 (HMBC)、TOCSY、COSY 和 NOE 实验得到明确证实。随后将碳环-LNA-T 和碳环-ENA-T 掺入反义寡核苷酸 (AON) 中，以表明它们将修饰的 AON/RNA 异源双链的 Tm 提高了 3.5-5 摄氏度和 1.5 摄氏度/碳环修饰-LNA-T 和碳环-ENA-T，分别。而发现碳环-LNA-T、碳环-ENA-T、氮杂-ENA-T和LNA-T修饰的AON/RNA双链体的相对RNase H切割率与天然对应物非常相似，无论AON 链中的类型和位点修饰，与天然的相比，将碳环-LNA

  DOI：

  10.1021/ja071106y

文献信息

• Synthesis of 2′,4′-Propylene-Bridged (Carba-ENA) Thymidine and Its Analogues: The Engineering of Electrostatic and Steric Effects at the Bottom of the Minor Groove for Nuclease and Thermodynamic Stabilities and Elicitation of RNase H
  作者：Yi Liu、Jianfeng Xu、Mansoureh Karimiahmadabadi、Chuanzheng Zhou、Jyoti Chattopadhyaya

  DOI：10.1021/jo101207d

  日期：2010.11.5

  any, effect on nuclease resistance but 8′S-OH resulted in significantly decreased nucleolytic stability; and (3) 8′-NH2 substituted carba-ENA leads to obvious loss in the nuclease resistance. The RNA strand in all of the carba-ENA derivatives modified AON:RNA hybrid duplexes can be digested by RNase H1 with high efficiency, even at twice the rate of those of the native and ENA modified counterpart.

  2'，4'-丙烯桥胸苷（carba-ENA-T）和5个8'-Me / NH 2通过将分子内自由基加成到束缚的肟-醚的C═N中，已经制备了/ OH修饰的氨基-ENA-T类似物。这些碳烯-ENA核苷随后被掺入15mer寡脱氧核苷酸（AON）中，并且与天然和ENA对应物相比，已研究了它们对cDNA和RNA的亲和力，核酸酶抗性和RNase H募集能力。这些碳烯-ENA修饰的AON具有高度的RNA选择性，因为它们都对AON：RNA双链体产生轻微的热稳定作用，但对AON：DNA双链体产生相当大的去稳定作用。发现在carba-ENA-T上不同的C8'取代基（在小凹槽的底部）仅导致AON：RNA双链体的热稳定性变化很小。但是，我们 观察到，亲代碳酸酯-ENA-T修饰的AONs表现出比ENA-T修饰的对应物更高的核酸分解稳定性。不仅取决于化学性质，而且取决于C8'取代基的立体化学取向，C8'取代基还可以进一
• WO2008/111908
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