甘氨酸,N-[(3,4-二氢-5-甲基-2,4-二羰基-1(2H)-嘧啶基)乙酰基]-N-[2-[[(1,1-二甲基乙氧基)羰基]氨基]乙基]-,甲基酯 | 152774-08-8

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机酸及其衍生物 - 羧酸及其衍生物
• 中文名称: 甘氨酸,N-[(3,4-二氢-5-甲基-2,4-二羰基-1(2H)-嘧啶基)乙酰基]-N-[2-[[(1,1-二甲基乙氧基)羰基]氨基]乙基]-,甲基酯
• 英文名称: methyl N-(2-Boc-aminoethyl)-N-(thymin-1-ylacethyl) glycinate
• 英文别名: Methyl 2-(N-(2-((tert-butoxycarbonyl)amino)ethyl)-2-(5-methyl-2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)acetamido)acetate；methyl 2-[[2-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)acetyl]-[2-[(2-methylpropan-2-yl)oxycarbonylamino]ethyl]amino]acetate
• CAS: 152774-08-8
• 化学式: C₁₇H₂₆N₄O₇
• 分子量: 398.416
• InChiKey: LAFYHKMKTRMHAE-UHFFFAOYSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -0.3
• 重原子数：
  28
• 可旋转键数：
  10
• 环数：
  1.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.59
• 拓扑面积：
  134
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  7

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  甘氨酸,N-[(3,4-二氢-5-甲基-2,4-二羰基-1(2H)-嘧啶基)乙酰基]-N-[2-[[(1,1-二甲基乙氧基)羰基]氨基]乙基]-,甲基酯 在 sodium hydroxide 、 三乙胺 、 N,N'-二环己基碳二亚胺 作用下， 以 二氯甲烷 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 36.25h， 生成
  参考文献：
  名称：

  含有 4-Thiothymine 的肽核酸二聚体和类似物的合成和光化学行为：前所未有的 (5−4) 光加合物逆转

  摘要：

  制备了含有 4-硫胸腺嘧啶或 N3-甲基-4-硫胸腺嘧啶的 PNA 二聚体 1-5，并确定了化合物 3 的晶体结构。关于它们的光化学，这些 PNA 类似物都不能完全模拟在二核苷酸系列中观察到的光化学行为。虽然 1 和 2 显示出序列依赖的光化学，主要产生 4-(α-胸腺嘧啶) 加合物，但它们的重排异构体 3 和 4 主要产生 (5-4) 光加合物。来自 3 和 4 的光产物显示出在酸性条件下会发生自发逆转为其二胸腺嘧啶母体衍生物。此外，作为该光化学研究的结果，可以表明在溶液中，即使在二聚体阶段，PNA 采用的构象让人联想到 A 型 DNA。

  DOI：

  10.1021/ja971983b
• 作为产物：
  描述：

  N-(叔丁氧基羰基)甘氨酸-N′-甲氧基-N′-甲酰胺 在 lithium aluminium tetrahydride 、 溶剂黄146 、 盐酸-N-乙基-Nˊ-(3-二甲氨基丙基)碳二亚胺 、 N,N-二异丙基乙胺 、 3-羟基-1,2,3-苯并三嗪-4(3H)-酮 作用下， 以 甲醇 为溶剂， 反应 0.25h， 生成 甘氨酸,N-[(3,4-二氢-5-甲基-2,4-二羰基-1(2H)-嘧啶基)乙酰基]-N-[2-[[(1,1-二甲基乙氧基)羰基]氨基]乙基]-,甲基酯
  参考文献：
  名称：

  新的手性肽核酸（PNA）单体的合成。

  摘要：

  我们已经采用方便的方法合成了一系列新的手性I型肽核酸单体，总收率为36-53％，这些单体衍生自Val，Ile，Ser（Bzl），Pro和Trp。

  DOI：

  10.1081/ncn-100002563

文献信息

• APPLICATION OF MITSUNOBU REACTION TO SOLID-PHASE PEPTIDE NUCLEIC ACID (PNA) MONOMER SYNTHESIS
  作者：Bogdan Falkiewicz

  DOI：10.1081/ncn-120016612

  日期：2002.12.31

  PNA type I monomer backbone with a reduced peptide bond was synthesized on a Merrifield resin in Mitsunobu reaction of Boc-aminoethanol with resin-bound o-nitrobenzenesulfonylglycine. The pseudodipeptide secondary amine group was deprotected by thiolysis and acylated with thymin-1-ylacetic acid. The monomer was released as a methyl ester. The procedure seems to be of general applicability and allows

  在Boc-氨基乙醇与树脂结合的邻硝基苯磺酰基甘氨酸的Mitsunobu反应中，在Merrifield树脂上合成了具有还原肽键的PNA I型单体骨架。假二肽仲胺基团通过硫解脱保护并用胸腺嘧啶-1-基乙酸酰化。单体以甲酯形式释放。该方法似乎具有通用性，并且可以通过使用各种醇和氨基酸酯对PNA结构进行各种修饰。
• Synthesis of Hybrid Cyclic Peptoids and Identification of Autophagy Enhancer
  作者：Kolla Rajasekhar、Nagarjun Narayanaswamy、Piyush Mishra、S. N. Suresh、Ravi Manjithaya、T. Govindaraju

  DOI：10.1002/cplu.201300343

  日期：2014.1

  by the synthetic difficulties, conformational flexibility of large cyclic peptoids, and lack of secondary amide in the backbone. Herein, an elegant methodology for the synthesis of small and medium-size cyclic hybrid peptoids is developed. α N-Alkyl and α N-acyl substituents in N-(2-aminoethyl)glycine monomers enforce intra- and intermolecular cyclization to form stable six- and 12-membered cyclic

  环状类肽是多种生物活性的潜在候选者。然而，环状拟肽的应用受到合成困难，大环状拟肽的构象柔韧性以及主链中缺乏仲酰胺的限制。本文中，开发了用于合成中小型环状杂合类肽的优美方法。N-（2-氨基乙基）甘氨酸单体中的αN-烷基和αN-酰基取代基分别强制分子内和分子间环化形成稳定的六元和十二元环状产物。NMR研究表明，六元和十二元环状类肽中的分子间和分子内氢键分别存在。环状类肽库的筛选导致鉴定潜在的候选物，该候选物增强了活细胞模型中货物的自噬降解。
• PEPTIDE NUCLEIC ACID MONOMER AND A PREPARATION METHOD
  申请人：AMRITA VISHWA VIDYAPEETHAM

  公开号：US20180354911A1

  公开（公告）日：2018-12-13

  The disclosure in various embodiments is related to a peptide nucleic acid monomer (VI) and an improved process for preparation of PNA (VI) using nosyl-group containing starting material. The process includes reacting amino acid with a nosyl group. The nosyl protected amino acid is alkylated with 2-(Boc-amino)ethyl bromide to obtain an intermediate. The nosyl group of the obtained intermediate is removed to form a PNA backbone. The PNA backbone upon addition of a modified nucleobase results in the formation of a PNA monomer (VI). The obtained PNA monomer exhibits either chiral or achiral geometric properties.

  各种实施例中的披荷核酸单体（VI）及利用含有诺磺基起始物制备PNA（VI）的改进工艺相关的披荷核酸单体（VI）及其改进工艺。该工艺包括将氨基酸与诺磺基反应。诺磺保护氨基酸与2-（Boc-氨基）乙基溴烷烷基化以获得中间体。所得中间体的诺磺基被移除以形成PNA骨架。在添加修饰的核碱基后，PNA骨架形成PNA单体（VI）。所得PNA单体表现出手性或无手性几何特性。
• A novel synthetic method of peptide nucleic acid ( <scp>PNA</scp> ) oligomers using Boc/ <scp>Cbz‐protected PNA</scp> trimer blocks in the solution phase
  作者：Alagarsamy Periyalagan、In Seok Hong

  DOI：10.1002/bkcs.12513

  日期：2022.5

  production should be easy. However, in the traditional solid-phase synthesis method, the generation of n − 1 or n − 2 deleted oligomers cannot be completely excluded, and purification of crude oligomers is difficult because the target and impurities overlap. Also, for these reasons, scale-up is also limited. Here, we report the efficient synthesis of PNA oligomers in the solid phase using fully protected PNA

  为了将肽核酸 (PNA) 寡聚体用于治疗目的，高纯度水平是必不可少的，特别是大规模生产应该很容易。然而，在传统的固相合成方法中，生成n  - 1 或n − 2 个缺失的寡聚体不能完全排除，粗寡聚体的纯化很困难，因为目标和杂质重叠。此外，由于这些原因，放大也受到限制。在这里，我们报告了使用完全保护的 PNA 三聚体而不是单体在固相中有效合成 PNA 寡聚体。在溶液阶段通过两种不同的途径成功合成了完全受保护的 PNA 三聚体块。当使用三聚体嵌段作为单体在固相中合成 PNA 低聚物时，与使用单体合成低聚物时相比，可以合成更高纯度水平的 PNA。使用此方法时，n  - 1 或n − 不能系统地生产 2 个截断的产品。此外，即使对于含有富含嘌呤和/或 γ PNA 的序列，三聚体块偶联方法也是成功的，这些序列很难通过传统的固相肽合成方法合成。最后，在溶液相中完全合成了两种六聚体和一种十二聚体的PNA寡
• Solid support synthesis of a PNA-DNA hybrid
  作者：A. C. van der Laan、N. J. Meeuwenoord、E. Kuyl-Yeheskiely、R. S. Oosting、R. Brands、J. H. van Boom

  DOI：10.1002/recl.19951140607

  日期：——

  The solid support synthesis of a homothymine PNA-DNA octamer (i.e. hybrid 13) could be realized using tetrabutylammonium N-(2-(4-methoxytrityl)-aminoethyl)-N-((thymin-1-yl)acetyl)glycinate as PNA building block and the respective 2-cyanoethyl-N,N-diisopropylphosphoramidite derivatives of both 5′-O-(4,4′-dimethoxytrityl)thymidine and 5′-N-(4-methoxytrityl)amino-5′-deoxythymidine.

  高硫胸腺嘧啶PNA-DNA八聚体（即杂化物13）的固相支持体合成可以使用N-（2-（4-甲氧基三苯甲基）-氨基乙基）-N -（（胸苷-1-基）乙酰基）甘氨酸盐作为PNA的四丁基铵实现5'- O-（4,4'-二甲氧基三苯甲基）胸苷和5'- N-（4-甲氧基三苯甲基）氨基-5'-脱氧胸苷的结构单元和各自的2-氰基乙基-N，N-二异丙基亚磷酰胺衍生物。