{(2-tert-Butoxycarbonylamino-ethyl)-[2-(5-methyl-2,4-dioxo-3,4-dihydro-2H-pyrimidin-1-yl)-acetyl]-amino}-acetic acid pentafluorophenyl ester | 139166-81-7

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机酸及其衍生物 - 羧酸及其衍生物
• 英文名称: {(2-tert-Butoxycarbonylamino-ethyl)-[2-(5-methyl-2,4-dioxo-3,4-dihydro-2H-pyrimidin-1-yl)-acetyl]-amino}-acetic acid pentafluorophenyl ester
• 英文别名: N-(N-Boc--aminoethyl)-N-[(1 thyminyl)acetyl]glycine pentafluorophenyl ester；(2,3,4,5,6-pentafluorophenyl) 2-[[2-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)acetyl]-[2-[(2-methylpropan-2-yl)oxycarbonylamino]ethyl]amino]acetate
• CAS: 139166-81-7
• 化学式: C₂₂H₂₃F₅N₄O₇
• 分子量: 550.439
• InChiKey: DWYSVPDTBWQWEX-UHFFFAOYSA-N

物化性质

• 密度：
  1.421±0.06 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  1.8
• 重原子数：
  38
• 可旋转键数：
  11
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.41
• 拓扑面积：
  134
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  12

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  {(2-tert-Butoxycarbonylamino-ethyl)-[2-(5-methyl-2,4-dioxo-3,4-dihydro-2H-pyrimidin-1-yl)-acetyl]-amino}-acetic acid pentafluorophenyl ester 在 三乙胺 作用下， 以 二氯甲烷 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 23.0h， 生成
  参考文献：
  名称：

  含有 4-Thiothymine 的肽核酸二聚体和类似物的合成和光化学行为：前所未有的 (5−4) 光加合物逆转

  摘要：

  制备了含有 4-硫胸腺嘧啶或 N3-甲基-4-硫胸腺嘧啶的 PNA 二聚体 1-5，并确定了化合物 3 的晶体结构。关于它们的光化学，这些 PNA 类似物都不能完全模拟在二核苷酸系列中观察到的光化学行为。虽然 1 和 2 显示出序列依赖的光化学，主要产生 4-(α-胸腺嘧啶) 加合物，但它们的重排异构体 3 和 4 主要产生 (5-4) 光加合物。来自 3 和 4 的光产物显示出在酸性条件下会发生自发逆转为其二胸腺嘧啶母体衍生物。此外，作为该光化学研究的结果，可以表明在溶液中，即使在二聚体阶段，PNA 采用的构象让人联想到 A 型 DNA。

  DOI：

  10.1021/ja971983b
• 作为产物：
  描述：

  胸腺嘧啶 在 水 、 potassium carbonate 、 三乙胺 、 N,N'-二环己基碳二亚胺 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 生成 {(2-tert-Butoxycarbonylamino-ethyl)-[2-(5-methyl-2,4-dioxo-3,4-dihydro-2H-pyrimidin-1-yl)-acetyl]-amino}-acetic acid pentafluorophenyl ester
  参考文献：
  名称：

  Meier, Chris; Engels, Joachim W., Angewandte Chemie, 1992, vol. 104, # 8, p. 1039 - 1041

  摘要：

  DOI：

文献信息

• A novel synthetic method of peptide nucleic acid ( <scp>PNA</scp> ) oligomers using Boc/ <scp>Cbz‐protected PNA</scp> trimer blocks in the solution phase
  作者：Alagarsamy Periyalagan、In Seok Hong

  DOI：10.1002/bkcs.12513

  日期：2022.5

  production should be easy. However, in the traditional solid-phase synthesis method, the generation of n − 1 or n − 2 deleted oligomers cannot be completely excluded, and purification of crude oligomers is difficult because the target and impurities overlap. Also, for these reasons, scale-up is also limited. Here, we report the efficient synthesis of PNA oligomers in the solid phase using fully protected PNA

  为了将肽核酸 (PNA) 寡聚体用于治疗目的，高纯度水平是必不可少的，特别是大规模生产应该很容易。然而，在传统的固相合成方法中，生成n  - 1 或n − 2 个缺失的寡聚体不能完全排除，粗寡聚体的纯化很困难，因为目标和杂质重叠。此外，由于这些原因，放大也受到限制。在这里，我们报告了使用完全保护的 PNA 三聚体而不是单体在固相中有效合成 PNA 寡聚体。在溶液阶段通过两种不同的途径成功合成了完全受保护的 PNA 三聚体块。当使用三聚体嵌段作为单体在固相中合成 PNA 低聚物时，与使用单体合成低聚物时相比，可以合成更高纯度水平的 PNA。使用此方法时，n  - 1 或n − 不能系统地生产 2 个截断的产品。此外，即使对于含有富含嘌呤和/或 γ PNA 的序列，三聚体块偶联方法也是成功的，这些序列很难通过传统的固相肽合成方法合成。最后，在溶液相中完全合成了两种六聚体和一种十二聚体的PNA寡
• Peptide nucleic acid conjugates
  申请人：Isis Pharmaceuticals, Inc.

  公开号：US07223833B1

  公开（公告）日：2007-05-29

  A novel class of peptide nucleic acids are described which include a conjugate attached thereto. The peptide nucleic acids generally comprise ligands such as naturally occurring DNA bases attached to a peptide backbone through a suitable linker.

  描述了一种新型的肽核酸，其中包括与之结合的共轭物。这些肽核酸通常由配体组成，例如天然存在的DNA碱基，通过合适的连接剂连接到肽骨架上。
• Peptide nucleic acids (PNA). Oligonucleotide analogs with an achiral peptide backbone
  作者：Michael Egholm、Ole Buchardt、Peter E. Nielsen、Rolf H. Berg

  DOI：10.1021/ja00031a062

  日期：1992.2
• PEPTIDE NUCLEIC ACID CONJUGATES
  申请人：ISIS PHARMACEUTICALS, INC.

  公开号：EP0804456B1

  公开（公告）日：2002-08-21
• An expeditious liquid-phase synthesis of cyclic peptide nucleic acids
  作者：Jeroen C Verheijen、Gijsbert M Grotenbreg、Ludo Hart de Ruyter、Pieter A.M van der Klein、Gijsbert A van der Marel、Jacques H van Boom

  DOI：10.1016/s0040-4039(00)00536-0

  日期：2000.5

  Suitably protected linear precursors of cyclic PNAs can be readily obtained by BOP/DiPEA coupling of the corresponding sub-monomers. Conversion of the linear PNA dimers into the pentafluorophenyl esters allows cyclization by intramolecular attack of the deprotected primary amino function under diluted conditions. After removal of the secondary amino protecting group(s), installation of the required nucleobase-acetyl function(s) affords cyclic PNAs. In addition, the latter compounds can be prepared following a direct coupling strategy. (C) 2000 Elsevier Science Ltd. All rights reserved.