cyclo-(glycyl-γ-aminobutyryl) | 4345-52-2

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机酸及其衍生物 - 羧酸及其衍生物
• 英文名称: cyclo-(glycyl-γ-aminobutyryl)
• 英文别名: 1,4-diazocane-2,5-dione；Hexahydro-1,4-diazocine-2,5-dione
• CAS: 4345-52-2
• 化学式: C₆H₁₀N₂O₂
• mdl: MFCD19220577
• 分子量: 142.158
• InChiKey: REYFUBFBDNTSBI-UHFFFAOYSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -1
• 重原子数：
  10
• 可旋转键数：
  0
• 环数：
  1.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.666
• 拓扑面积：
  58.2
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  2

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  cyclo-(glycyl-γ-aminobutyryl) 以 重水 为溶剂， 生成 3-Oxo-tetrahydro-pyrrolo[1,2-a]imidazol-7a-ol anion
  参考文献：
  名称：

  Ring size configuration effect and the transannular intrinsic rates in bislactam macrocycles

  摘要：

  我们合成了化合物：N-(2-氨基乙酰基)-2-吡咯烷酮(1)和N-(2-氨基乙酰基)-2-哌啶酮(2)。当这些化合物溶解在非质子或质子溶剂中时，会快速达到平衡。环醇形式（四面体中间体）和双内酰胺大环之间的比例为1:1。之前对于 N-(2-氨基乙酰基)-2-己内酰胺 (3) 也报告了相同的结果。对于化合物 2 和 3，通过光谱模拟动态 1H-NMR（使用羰基和氨基的亚甲基信号 α）已用于评估不同 pH 下两种上述形式之间的交换。然而，对于化合物 1，交换是使用磁化转移技术进行评估的。化合物 2 和 3 中大环形式的更稳定的双内酰胺构型是反式-顺式 （一种内酰胺的环状烷基链为反式取向，另一种为顺式取向）。然而，化合物 1 的相同形式具有更稳定的顺式-顺式双内酰胺构型。这种构型差异导致亚甲基 1H-NMR 信号出现显着变化，从而无法使用线形分析来评估速率。所提出的环醇形式和大环之间的交换机制的速率定律为： K = [大环]/[环醇] = kobs.f/kobs.r = Kak2[H2O]/[H+]/k−2Kw/[H+] = Kak2[H2O]/k−2Kw；其中 Ka 是 cyclol 形式的酸度平衡常数，Kw = 10−14 M2 和 k2 和 k−2 是特定交换催化的二阶速率常数。因此，大环形成（kobs.f）和环醇形成（kobs.r）都是特定碱催化的；然而，平衡常数与 pH 值无关。由于 K 约为。如图 1 所示，与测量的速率常数相关的 ΔG≠ 代表了这种不同的热中性转变的内在势垒，其中涉及四面体中间体的裂解。与反向速率常数相关的活化能则对应于跨环环化的内在势垒。

  DOI：

  10.1039/b207233e
• 作为产物：
  描述：

  2-(4-氯丁酰氨基)乙酸 在 N-甲基吗啉 、 sodium azide 、 三丁基膦 、 氯甲酸异丁酯 作用下， 以 四氢呋喃 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 72.08h， 生成 cyclo-(glycyl-γ-aminobutyryl)
  参考文献：
  名称：

  通过施陶丁格介导的闭环方便地合成困难的中等大小的环肽†

  摘要：

  Staudinger介导的闭环可以有效，温和地制备含有α-，β-或γ-氨基酸残基的7元和8元环状二元和10元环状三肽。中型环状二肽和三肽（被认为是困难的靶标）是根据简单的顺序以中等到良好的产率获得的。进行了经验力场计算，以确定它们的构象行为，并显示出与X射线结果高度相似的水平。在B3LYP / 6-31 + G **理论水平的计算研究提供了有关叠氮基肽硫酯环化的序列，环大小和取代对活化障碍的影响的信息。

  DOI：

  10.1039/c2ob25996f

文献信息

• PROCESSES AND HOST CELLS FOR GENOME, PATHWAY, AND BIOMOLECULAR ENGINEERING
  申请人：enEvolv, Inc.

  公开号：EP3027754A1

  公开（公告）日：2016-06-08
• US9944925B2
  申请人：——

  公开号：US9944925B2

  公开（公告）日：2018-04-17
• [EN] PROCESSES AND HOST CELLS FOR GENOME, PATHWAY, AND BIOMOLECULAR ENGINEERING<br/>[FR] PROCÉDÉS ET CELLULES HÔTES POUR INGÉNIERIE BIOMOLÉCULAIRE, GÉNOMIQUE ET DE LA VOIE
  申请人：ENEVOLV INC

  公开号：WO2015017866A1

  公开（公告）日：2015-02-05

  The present disclosure provides compositions and methods for genomic engineering.
• A convenient synthesis of difficult medium-sized cyclic peptides by Staudinger mediated ring-closure
  作者：Khanh Ha、Jean-Christophe M. Monbaliu、Byron C. Williams、Girinath G. Pillai、Charles E. Ocampo、Matthias Zeller、Christian V. Stevens、Alan R. Katritzky

  DOI：10.1039/c2ob25996f

  日期：——

  Novel, efficient and mild preparation of 7- and 8-membered cyclic di- and 10-membered cyclic tripeptides containing α-, β- or γ-amino acid residues is effected by a Staudinger-mediated ring closure. Medium-sized cyclic di- and tripeptides – recognized as difficult targets – were obtained in moderate to good yields according to a straightforward sequence. Empirical force-field calculations were undertaken

  Staudinger介导的闭环可以有效，温和地制备含有α-，β-或γ-氨基酸残基的7元和8元环状二元和10元环状三肽。中型环状二肽和三肽（被认为是困难的靶标）是根据简单的顺序以中等到良好的产率获得的。进行了经验力场计算，以确定它们的构象行为，并显示出与X射线结果高度相似的水平。在B3LYP / 6-31 + G **理论水平的计算研究提供了有关叠氮基肽硫酯环化的序列，环大小和取代对活化障碍的影响的信息。
• Ring size configuration effect and the transannular intrinsic rates in bislactam macrocycles
  作者：Thanee Guedez、Andrés Núñez、Evis Tineo、Oswaldo Núñez

  DOI：10.1039/b207233e

  日期：——

  We have synthesized compounds: N-(2-aminoacetyl)-2-pyrrolidone (1) and N-(2-aminoacetyl)-2-piperidone (2). When these compounds are dissolved in aprotic or protic solvents a fast equilibrium ca. 1:1 between the cyclol form (tetrahedral intermediate) and the bislactam macrocycle is established. The same result has been reported previously for N-(2-aminoacetyl)-2-caprolactam (3). For compounds 2 and 3, dynamic 1H-NMR (using the methylene signals α to the carbonyl and to the amino group) through spectrum simulation has been used to evaluate the exchange between the two mentioned forms at different pH. However, for compound 1 the exchange was evaluated using magnetization transfer technique. The more stable bislactam configuration of the macrocycle form in compounds 2 and 3, is the trans–cis (one lactam with the cyclic alkyl chains trans oriented and the other cis oriented). However, the same form for compound 1 has a more stable cis–cis bislactam configuration. This difference in configuration induces substantial changes in the appearance of the methylene 1H-NMR signals that precludes the use of line-shape analysis to evaluate the rates. The rate law for the proposed mechanism of exchange between the cyclol form and the macrocycle is: K = [macrocycle]/[cyclol] = kobs.f/kobs.r = Kak2[H2O]/[H+]/k−2Kw/[H+] = Kak2[H2O]/k−2Kw; where Ka is the acidity equilibrium constant of the cyclol form, Kw = 10−14 M2 and k2 and k−2 are the second order rate constants for the specific exchange catalysis. Therefore, both, the macrocycle formation (kobs.f) and the cyclol formation (kobs.r) are specific base catalyzed; however the equilibrium constant is independent of pH. Since K is ca. 1, the ΔG≠ associated with the measured rate constants represent the intrinsic barrier for this non-identical thermoneutral transformation where a cleavage of a tetrahedral intermediate is involved. The activation energies associated with the reverse rate constants then correspond to the intrinsic barrier for transannular cyclolization.

  我们合成了化合物：N-(2-氨基乙酰基)-2-吡咯烷酮(1)和N-(2-氨基乙酰基)-2-哌啶酮(2)。当这些化合物溶解在非质子或质子溶剂中时，会快速达到平衡。环醇形式（四面体中间体）和双内酰胺大环之间的比例为1:1。之前对于 N-(2-氨基乙酰基)-2-己内酰胺 (3) 也报告了相同的结果。对于化合物 2 和 3，通过光谱模拟动态 1H-NMR（使用羰基和氨基的亚甲基信号 α）已用于评估不同 pH 下两种上述形式之间的交换。然而，对于化合物 1，交换是使用磁化转移技术进行评估的。化合物 2 和 3 中大环形式的更稳定的双内酰胺构型是反式-顺式 （一种内酰胺的环状烷基链为反式取向，另一种为顺式取向）。然而，化合物 1 的相同形式具有更稳定的顺式-顺式双内酰胺构型。这种构型差异导致亚甲基 1H-NMR 信号出现显着变化，从而无法使用线形分析来评估速率。所提出的环醇形式和大环之间的交换机制的速率定律为： K = [大环]/[环醇] = kobs.f/kobs.r = Kak2[H2O]/[H+]/k−2Kw/[H+] = Kak2[H2O]/k−2Kw；其中 Ka 是 cyclol 形式的酸度平衡常数，Kw = 10−14 M2 和 k2 和 k−2 是特定交换催化的二阶速率常数。因此，大环形成（kobs.f）和环醇形成（kobs.r）都是特定碱催化的；然而，平衡常数与 pH 值无关。由于 K 约为。如图 1 所示，与测量的速率常数相关的 ΔG≠ 代表了这种不同的热中性转变的内在势垒，其中涉及四面体中间体的裂解。与反向速率常数相关的活化能则对应于跨环环化的内在势垒。