{3-[6-amino-9-((2R,3R,4S,5R)-3,4-dihydroxy-5-hydroxymethyltetrahydrofuran-2-yl)-9H-purin-8-ylamino]propyl}phosphonic acid | 1002111-62-7

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘌呤核苷
• 英文名称: {3-[6-amino-9-((2R,3R,4S,5R)-3,4-dihydroxy-5-hydroxymethyltetrahydrofuran-2-yl)-9H-purin-8-ylamino]propyl}phosphonic acid
• 英文别名: 3-(6-amino-9-((2R,3R,4S,5R)-3,4-dihydroxy-5-(hydroxymethyl)tetrahydrofuran-2-yl)-9H-purin-8-ylamino)propylphosphonic acid；3-[[6-amino-9-[(2R,3R,4S,5R)-3,4-dihydroxy-5-(hydroxymethyl)oxolan-2-yl]purin-8-yl]amino]propylphosphonic acid
• CAS: 1002111-62-7
• 化学式: C₁₃H₂₁N₆O₇P
• 分子量: 404.319
• InChiKey: AGZDWDUZVPVAMI-WOUKDFQISA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -2.2
• 重原子数：
  27
• 可旋转键数：
  7
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.62
• 拓扑面积：
  209
• 氢给体数：
  7
• 氢受体数：
  12

反应信息

• 作为产物：
  描述：

  3-氨基丙烷-1-磷酸 、 8-溴膘苷 在 potassium carbonate 作用下， 以 水 为溶剂， 生成 {3-[6-amino-9-((2R,3R,4S,5R)-3,4-dihydroxy-5-hydroxymethyltetrahydrofuran-2-yl)-9H-purin-8-ylamino]propyl}phosphonic acid
  参考文献：
  名称：

  以高亲和力和特异性抑制果糖-1,6-双磷酸酶的 AMP 模拟物的结构引导设计

  摘要：

  AMP 结合位点在自然界中通常用于对控制碳水化合物和脂质的产生和代谢的酶进行变构调节。由于许多这些酶代表代谢疾病的潜在药物靶点，因此开始努力发现以高亲和力和高酶特异性结合 AMP 结合位点的 AMP 模拟物。在此我们报告了有效果糖 1,6-双磷酸酶 (FBPase) 抑制剂的结构引导设计，尽管它们与 AMP 的结构不同，但它们与 FBPase 上的 AMP 结合位点相互作用。分子建模、自由能扰动计算、X 射线晶体学和酶动力学数据指导我们重新设计 AMP，首先用通过 3 原子间隔连接到腺嘌呤碱基 C8 的膦酸替换 5'-磷酸. 通过用与 AMP 结合位点内的疏水区域形成范德华相互作用的烷基取代核糖，并通过用碳取代嘌呤氮 N1 和 N3 以最小化去溶剂化能量消耗，获得了额外的结合亲和力。所得苯并咪唑膦酸 16 对人 FBPase (IC50 = 90 nM) 的抑制作用比 AMP 强 11 倍，并且对

  DOI：

  10.1021/ja074869u

文献信息

• Structure-Guided Design of AMP Mimics That Inhibit Fructose-1,6-bisphosphatase with High Affinity and Specificity
  作者：Mark D. Erion、Qun Dang、M. Rami Reddy、Srinivas Rao Kasibhatla、Jingwei Huang、William N. Lipscomb、Paul D. van Poelje

  DOI：10.1021/ja074869u

  日期：2007.12.1

  structure-guided design of potent fructose 1,6-bisphosphatase (FBPase) inhibitors that interact with the AMP binding site on FBPase despite their structural dissimilarity to AMP. Molecular modeling, free-energy perturbation calculations, X-ray crystallography, and enzyme kinetic data guided our redesign of AMP, which began by replacing the 5'-phosphate with a phosphonic acid attached to C8 of the adenine base via

  AMP 结合位点在自然界中通常用于对控制碳水化合物和脂质的产生和代谢的酶进行变构调节。由于许多这些酶代表代谢疾病的潜在药物靶点，因此开始努力发现以高亲和力和高酶特异性结合 AMP 结合位点的 AMP 模拟物。在此我们报告了有效果糖 1,6-双磷酸酶 (FBPase) 抑制剂的结构引导设计，尽管它们与 AMP 的结构不同，但它们与 FBPase 上的 AMP 结合位点相互作用。分子建模、自由能扰动计算、X 射线晶体学和酶动力学数据指导我们重新设计 AMP，首先用通过 3 原子间隔连接到腺嘌呤碱基 C8 的膦酸替换 5'-磷酸. 通过用与 AMP 结合位点内的疏水区域形成范德华相互作用的烷基取代核糖，并通过用碳取代嘌呤氮 N1 和 N3 以最小化去溶剂化能量消耗，获得了额外的结合亲和力。所得苯并咪唑膦酸 16 对人 FBPase (IC50 = 90 nM) 的抑制作用比 AMP 强 11 倍，并且对