(+/-)-1-<(1α,2β,3β,4α)-2,3-dihydroxy-4-(hydroxymethyl)cyclopentyl>-2,4-(1H,3H)pyrimidinedione | 59967-83-8

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 核苷和核苷酸类似物
• 英文名称: (+/-)-1-<(1α,2β,3β,4α)-2,3-dihydroxy-4-(hydroxymethyl)cyclopentyl>-2,4-(1H,3H)pyrimidinedione
• 英文别名: (+/-)-(1α,2β,3β,4α)-1-<2,3-dihydroxy-4-(hydroxymethyl)cyclopentyl>-2,4(1H,3H)-pyrimidinedione；(+/-)-1-<(1β,2α,3α,4β)-2,3-dihydroxy-4-(hydroxymethyl)cyclopentyl>-2,4-(1H,3H)-pyrimidinedione；Cyclopentyluracil；1-[(1R,2S,3R,4R)-2,3-dihydroxy-4-(hydroxymethyl)cyclopentyl]pyrimidine-2,4-dione
• CAS: 59967-83-8
• 化学式: C₁₀H₁₄N₂O₅
• 分子量: 242.232
• InChiKey: XCUVKEVNSATDTD-GCXDCGAKSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -2.1
• 重原子数：
  17
• 可旋转键数：
  2
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.6
• 拓扑面积：
  110
• 氢给体数：
  4
• 氢受体数：
  5

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  (+/-)-1-<(1α,2β,3β,4α)-2,3-dihydroxy-4-(hydroxymethyl)cyclopentyl>-2,4-(1H,3H)pyrimidinedione 在 氢氧化钾 、 高氯酸 作用下， 以 丙酮 为溶剂， 反应 24.33h， 生成 5-Hydroxymethyl-1-((3aS,4R,6R,6aR)-6-hydroxymethyl-2,2-dimethyl-tetrahydro-cyclopenta[1,3]dioxol-4-yl)-1H-pyrimidine-2,4-dione
  参考文献：
  名称：

  5-取代的尿嘧啶核苷的碳环类似物：合成和抗病毒活性。

  摘要：

  3'-脱氧尿苷，3'-脱氧尿苷和尿嘧啶在尿嘧啶部分第5位具有取代基的碳环类似物是通过直接卤化（5-溴和5-碘基）并通过氨基置换5-溴基制备的和取代的氨基。5-（羟甲基）尿苷的类似物是通过尿苷类似物的亚丙基衍生物与多聚甲醛反应制备的。胸苷和5-溴-，5-碘-和5-（甲基氨基）-2'-脱氧尿苷的碳环类似物在体外对1型和2型单纯疱疹病毒具有很高的活性。5-取代的相应类似物3'-脱氧尿苷和5-取代的尿苷在该测定中没有活性。

  DOI：

  10.1021/jm00356a008
• 作为产物：
  描述：

  (3aR,6R,6aR)-6-(tert-butoxymethyl)-2,2-dimethyltetrahydro-4H-cyclopenta[d][1,3]dioxol-4-one 在 palladium 10% on activated carbon sodium azide 、 cerium(III) chloride 、 氨 、 水 、 氢气 、 三乙胺 、 三氟乙酸 作用下， 以 1,4-二氧六环 、 甲醇 、 乙醇 、 二氯甲烷 、 水 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， -78.0~140.0 ℃ 、241.32 kPa 条件下， 反应 48.5h， 生成 (+/-)-1-<(1α,2β,3β,4α)-2,3-dihydroxy-4-(hydroxymethyl)cyclopentyl>-2,4-(1H,3H)pyrimidinedione
  参考文献：
  名称：

  WO2008/124157

  摘要：

  公开号：

文献信息

• Molecular recognition in the P2Y14 receptor: Probing the structurally permissive terminal sugar moiety of uridine-5′-diphosphoglucose
  作者：Hyojin Ko、Arijit Das、Rhonda L. Carter、Ingrid P. Fricks、Yixing Zhou、Andrei A. Ivanov、Artem Melman、Bhalchandra V. Joshi、Pavol Kováč、Jan Hajduch、Kenneth L. Kirk、T. Kendall Harden、Kenneth A. Jacobson

  DOI：10.1016/j.bmc.2009.05.024

  日期：2009.7

  substitution by chain extension through an amide linkage. Functionalized congeners containing terminal 2-acylaminoethylamides prepared by this strategy retained P2Y14 activity, and molecular modeling predicted close proximity of this chain to the second extracellular loop of the receptor. In addition, replacement of glucose with other sugars did not diminish P2Y14 potency. For example, the [5′′]ribose derivative

  P2Y 14受体是一种核苷酸信号蛋白，由尿苷-5'-二磷酸葡萄糖1和其他尿嘧啶核苷酸激活。我们已经确定1的葡萄糖部分是设计该 P2Y 14激动剂类似物的最结构允许区域。例如，尿苷-5'-二磷酸葡萄糖醛酸的羧酸酯基团被证明适用于通过酰胺键进行链延伸的灵活取代。通过该策略制备的含有末端 2-酰基氨基乙基酰胺的功能化同源物保留了 P2Y 14活性，分子模型预测该链与受体的第二个细胞外环非常接近。此外，用其他糖替代葡萄糖不会降低 P2Y 14效力。例如，[5'']核糖衍生物的EC 50为0.24 μM。的葡萄糖部分的选择性monofluorination指示用于2'角色' -和6'' -的羟基1受体识别。β-葡萄糖苷的效力比天然 α-异构体低两倍，但 1''-氧的亚甲基替代消除了活性。用环戊基或刚性双环 [3.1.0] 己烷基团取代核糖环系统消除了活性。Uridine-5'-diphosphoglucose
• Contrasting Behavior of Conformationally Locked Carbocyclic Nucleosides of Adenosine and Cytidine as Substrates for Deaminases
  作者：Victor E. Marquez、Gottfried K. Schroeder、Olaf R. Ludek、Maqbool A. Siddiqui、Abdallah Ezzitouni、Richard Wolfenden

  DOI：10.1080/15257770903091904

  日期：2009.8.11

  In addition to the already known differences between adenosine deaminase (ADA) and cytidine deaminase (CDA) in terms of their tertiary structure, the sphere of Zn+2 coordination, and their reverse stereochemical preference, we present evidence that the enzymes also differ significantly in terms of the North/South conformational preferences for their substrates and the extent to which the lack of the

  除了已知的腺苷脱氨酶 (ADA) 和胞苷脱氨酶 (CDA) 在三级结构、Zn+2 配位范围和反向立体化学偏好方面存在差异之外，我们还提供了证据表明这些酶在其底物的北/南构象偏好以及缺乏 O(4') 氧对碳环底物酶促脱氨动力学的影响程度。本研究中使用的碳环核苷底物具有柔性环戊烷环或刚性双环 [3.1.0] 己烷支架。
• Catalyst-Free and Redox-Neutral Innate Trifluoromethylation and Alkylation of Aromatics Enabled by Light
  作者：Peng Liu、Wenbo Liu、Chao-Jun Li

  DOI：10.1021/jacs.7b08685

  日期：2017.10.11

  functionalize aromatics via alkyl radical addition. Current approaches to prepare alkyl radicals follow either oxidative or reductive pathways from various functional groups. Developing new strategy beyond these traditional methods remains elusive yet highly significant. In this article, we present a redox-neutral and catalyst-free protocol to engender alkyl radicals in the context of trifluoromethylation and

  Minisci 烷基化可用于通过烷基自由基加成对芳烃进行官能化。当前制备烷基自由基的方法遵循来自各种官能团的氧化或还原途径。开发超越这些传统方法的新战略仍然难以捉摸，但意义重大。在本文中，我们提出了一种氧化还原中性和无催化剂的方案，以在芳烃的三氟甲基化和一般烷基化的背景下产生烷基自由基。该协议通过 Norrish I 型概念产生烷基自由基，适应各种官能团并以良好的产率提供产品。该方法在光的辅助下鉴定了一系列化合物作为三氟甲基化和烷基化试剂。预计这些化合物可以在其他涉及自由基的反应中找到潜在的应用。
• RNAs Containing Carbocyclic Ribonucleotides
  作者：Masaaki Akabane-Nakata、Tyler Chickering、Joel M. Harp、Mark K. Schlegel、Shigeo Matsuda、Martin Egli、Muthiah Manoharan

  DOI：10.1021/acs.orglett.1c03936

  日期：2022.1.21

  of evaluation of carbocyclic ribonucleoside-containing oligonucleotide therapeutics, we developed convenient, scalable syntheses of all four carbocyclic ribonucleotide phosphoramidites and the uridine solid-support building block. Crystallographic analysis confirmed configuration and stereochemistry of these building blocks. Duplexes with carbocyclic RNA (car-RNA) modifications in one strand were less

  为了评估含碳环核糖核苷的寡核苷酸疗法的目标，我们开发了所有四种碳环核糖核苷酸亚磷酰胺和尿苷固体支持构件的方便、可扩展的合成方法。晶体学分析证实了这些结构单元的构型和立体化学。一条链中具有碳环 RNA (car-RNA) 修饰的双链体的热力学稳定性低于具有未修饰 RNA 的双链体。然而，圆二色光谱表明，含有 car-RNA 的双链体的整体构象与未修饰的双链体相似。
• Synthesis and antiviral evaluation of carbocyclic analogs of 2'-azido- and 2'-amino-2'-deoxycytidine
  作者：Tai Shun Lin、Xiao Hui Zhang、Zi Hou Wang、W. H. Prusoff

  DOI：10.1021/jm00397a038

  日期：1988.2

  2'-amino-2'-deoxycytidine, compounds 8 and 9, were synthesized by an eight-step synthesis from (+/-)-(1 alpha,2 alpha,3 beta,5 beta)-3-amino-5-(hydroxymethyl)-1,2- cyclopentanediol (1), which was prepared from cyclopentadiene via an eight-step route. These compounds were tested in vitro against herpes simplex virus type 1 (HSV-1). The 2'-amino analogue was found to show moderate antiviral activity, with

  2'-叠氮基和2'-氨基-2'-脱氧胞苷的碳环类似物化合物8和9是通过（+/-）-（1 alpha，2 alpha，3 beta，5）的八步合成法合成的β）-3-氨基-5-（羟甲基）-1，2-环戊二醇（1），其通过八步路线由环戊二烯制备。这些化合物在体外针对1型单纯疱疹病毒（HSV-1）进行了测试。发现2'-氨基类似物显示中等的抗病毒活性，ED50为50 microM。但是，2'-叠氮基类似物在高达400 microM的浓度下没有活性。