((3R)-2,5-bis(pent-4-en-1-yloxy)tetrahydrofuran-3-yl)methyl (((2R,3S,5R)-3-((1,3-dioxoisoindolin-2-yl)oxy)-5-(5-methyl-2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)tetrahydrofuran-2-yl)methyl) methyl phosphate | 1564287-35-9

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷酸
• 英文名称: ((3R)-2,5-bis(pent-4-en-1-yloxy)tetrahydrofuran-3-yl)methyl (((2R,3S,5R)-3-((1,3-dioxoisoindolin-2-yl)oxy)-5-(5-methyl-2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)tetrahydrofuran-2-yl)methyl) methyl phosphate
• CAS: 1564287-35-9
• 化学式: C₃₄H₄₄N₃O₁₃P
• 分子量: 733.709
• InChiKey: SFMMAMPDNYDRBY-DBEYHKJWSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  4.17
• 重原子数：
  51.0
• 可旋转键数：
  20.0
• 环数：
  5.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.53
• 拓扑面积：
  183.15
• 氢给体数：
  1.0
• 氢受体数：
  14.0

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  ((3R)-2,5-bis(pent-4-en-1-yloxy)tetrahydrofuran-3-yl)methyl (((2R,3S,5R)-3-((1,3-dioxoisoindolin-2-yl)oxy)-5-(5-methyl-2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)tetrahydrofuran-2-yl)methyl) methyl phosphate 在 溶剂黄146 、 肼 作用下， 以 四氢呋喃 、 水 、 二甲基亚砜 为溶剂， 反应 0.08h， 生成 ((3R)-2,5-bis(pent-4-en-1-yloxy)tetrahydrofuran-3-yl)methyl (((2R,3S,5R)-3-(((2,6-dichloro-3-hydroxy-4-methoxybenzylidene)amino)oxy)-5-(5-methyl-2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)tetrahydrofuran-2-yl)methyl) methyl phosphate
  参考文献：
  名称：

  DNA 损伤的小分子模拟物对 DNA 聚合酶 β 的不可逆抑制

  摘要：

  无碱基位点是无处不在的 DNA 损伤，具有致突变性和细胞毒性，但可通过碱基切除修复途径去除。DNA 聚合酶 β 在碱基切除修复过程中执行四个步骤中的两个，包括裂解酶反应，该反应在切割其 5'-磷酸后从 DNA 中去除脱碱基位点。DNA聚合酶β在癌细胞中过度表达，是潜在的抗癌靶点。最近，由强效抗肿瘤剂产生的 DNA 氧化脱碱基位点被证明可以使 DNA 聚合酶 β 失活。合成了结构受氧化脱碱基位点启发的小分子文库，并筛选了不可逆抑制 DNA 聚合酶 β 的能力。一名候选人 (3a) 接受了更彻底的审查，磷酸骨架的修饰和修饰导致分子在溶液中不可逆地灭活 DNA 聚合酶 β (IC50 ≈ 21 μM)，并抑制细胞裂解物中酶的裂解酶活性。双乙酸酯类似物在细胞裂解物中转化为 3a。双乙酸盐在细胞裂解物中更有效，在前列腺癌细胞中比 3a 具有更强的细胞毒性，并将甲磺酸甲酯的细胞毒性增强 2 到 5 倍。这是

  DOI：

  10.1021/ja411733s
• 作为产物：
  描述：

  3'-O-phthalimido-2'-deoxythymidine 在 N,N-二异丙基乙胺 、 5-(乙硫基)-1H-四唑 作用下， 以 二氯甲烷 、 乙腈 为溶剂， 反应 2.33h， 生成 ((3R)-2,5-bis(pent-4-en-1-yloxy)tetrahydrofuran-3-yl)methyl (((2R,3S,5R)-3-((1,3-dioxoisoindolin-2-yl)oxy)-5-(5-methyl-2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)tetrahydrofuran-2-yl)methyl) methyl phosphate
  参考文献：
  名称：

  DNA 损伤的小分子模拟物对 DNA 聚合酶 β 的不可逆抑制

  摘要：

  无碱基位点是无处不在的 DNA 损伤，具有致突变性和细胞毒性，但可通过碱基切除修复途径去除。DNA 聚合酶 β 在碱基切除修复过程中执行四个步骤中的两个，包括裂解酶反应，该反应在切割其 5'-磷酸后从 DNA 中去除脱碱基位点。DNA聚合酶β在癌细胞中过度表达，是潜在的抗癌靶点。最近，由强效抗肿瘤剂产生的 DNA 氧化脱碱基位点被证明可以使 DNA 聚合酶 β 失活。合成了结构受氧化脱碱基位点启发的小分子文库，并筛选了不可逆抑制 DNA 聚合酶 β 的能力。一名候选人 (3a) 接受了更彻底的审查，磷酸骨架的修饰和修饰导致分子在溶液中不可逆地灭活 DNA 聚合酶 β (IC50 ≈ 21 μM)，并抑制细胞裂解物中酶的裂解酶活性。双乙酸酯类似物在细胞裂解物中转化为 3a。双乙酸盐在细胞裂解物中更有效，在前列腺癌细胞中比 3a 具有更强的细胞毒性，并将甲磺酸甲酯的细胞毒性增强 2 到 5 倍。这是

  DOI：

  10.1021/ja411733s

文献信息

• Irreversible inhibitors of DNA polymerase beta
  申请人：The Johns Hopkins University

  公开号：US09029346B1

  公开（公告）日：2015-05-12

  Methods and compounds are disclosed for irreversibly inhibiting a DNA repair enzyme that possesses lyase activity.

  本发明揭示了一种用于不可逆抑制具有裂解酶活性的DNA修复酶的方法和化合物。