3'-O-phthalimido-2'-deoxythymidine | 161322-80-1

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 英文名称: 3'-O-phthalimido-2'-deoxythymidine
• 英文别名: 3'-O-phthalimido-thymidine；2-[(2R,3S,5R)-2-(hydroxymethyl)-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-3-yl]oxyisoindole-1,3-dione
• CAS: 161322-80-1
• 化学式: C₁₈H₁₇N₃O₇
• 分子量: 387.349
• InChiKey: YJFHXGIPDMWAJW-BFHYXJOUSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  0.1
• 重原子数：
  28
• 可旋转键数：
  4
• 环数：
  4.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.33
• 拓扑面积：
  126
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  7

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  3'-O-phthalimido-2'-deoxythymidine 在 四氮唑 、 4-二甲氨基吡啶 、 N,N'-二环己基碳二亚胺 、 甲胺 作用下， 以 乙醇 、 二氯甲烷 、 水 、 N,N-二甲基甲酰胺 、 乙腈 为溶剂， 反应 38.5h， 生成 methyl N5-(((2R,3S,5R)-2-(((bis(benzyloxy)phosphoryl)oxy)methyl)-5-(5-methyl-2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)tetrahydrofuran-3-yl)oxy)-N2-(formyl-L-methionyl)-L-glutaminate
  参考文献：
  名称：

  为细菌细胞中的核苷酸递送定制肽-核苷酸偶联物 (PNC)

  摘要：

  介绍了肽-2'-脱氧胸苷-5'-O-单磷酸结合物的设计和合成，作为核苷酸进入营养缺陷型大肠杆菌菌株的潜在活性传递系统。通过形成生物不稳定的化学连接，允许一系列寡肽与 5'-O-（二苄基磷酸酯）-2'-脱氧胸苷或其适当的 3'-衍生类似物反应，得到相关的肽-核苷酸加合物。使用基于正交保护和激活原理的策略，对接头和肽部分进行了合理的变化，以调整缀合物的代谢稳定性。

  DOI：

  10.1002/ejoc.201301781
• 作为产物：
  描述：

  5'-O-(4-monomethoxytrityl)-2'-deoxythymidine 在 偶氮二甲酸二异丙酯 、 溶剂黄146 、 甲基磺酰氯 、 三乙胺 、 三苯基膦 作用下， 以 甲苯 为溶剂， 反应 8.5h， 生成 3'-O-phthalimido-2'-deoxythymidine
  参考文献：
  名称：

  为细菌细胞中的核苷酸递送定制肽-核苷酸偶联物 (PNC)

  摘要：

  介绍了肽-2'-脱氧胸苷-5'-O-单磷酸结合物的设计和合成，作为核苷酸进入营养缺陷型大肠杆菌菌株的潜在活性传递系统。通过形成生物不稳定的化学连接，允许一系列寡肽与 5'-O-（二苄基磷酸酯）-2'-脱氧胸苷或其适当的 3'-衍生类似物反应，得到相关的肽-核苷酸加合物。使用基于正交保护和激活原理的策略，对接头和肽部分进行了合理的变化，以调整缀合物的代谢稳定性。

  DOI：

  10.1002/ejoc.201301781

文献信息

• Irreversible Inhibition of DNA Polymerase β by Small-Molecule Mimics of a DNA Lesion
  作者：Dumitru Arian、Mohammad Hedayati、Haoming Zhou、Zoe Bilis、Karen Chen、Theodore L. DeWeese、Marc M. Greenberg

  DOI：10.1021/ja411733s

  日期：2014.2.26

  inactivate DNA polymerase β. A library of small molecules whose structures were inspired by the oxidized abasic sites was synthesized and screened for the ability to irreversibly inhibit DNA polymerase β. One candidate (3a) was examined more thoroughly, and modification of its phosphate backbone led to a molecule that irreversibly inactivates DNA polymerase β in solution (IC50 ≈ 21 μM), and inhibits the enzyme's

  无碱基位点是无处不在的 DNA 损伤，具有致突变性和细胞毒性，但可通过碱基切除修复途径去除。DNA 聚合酶 β 在碱基切除修复过程中执行四个步骤中的两个，包括裂解酶反应，该反应在切割其 5'-磷酸后从 DNA 中去除脱碱基位点。DNA聚合酶β在癌细胞中过度表达，是潜在的抗癌靶点。最近，由强效抗肿瘤剂产生的 DNA 氧化脱碱基位点被证明可以使 DNA 聚合酶 β 失活。合成了结构受氧化脱碱基位点启发的小分子文库，并筛选了不可逆抑制 DNA 聚合酶 β 的能力。一名候选人 (3a) 接受了更彻底的审查，磷酸骨架的修饰和修饰导致分子在溶液中不可逆地灭活 DNA 聚合酶 β (IC50 ≈ 21 μM)，并抑制细胞裂解物中酶的裂解酶活性。双乙酸酯类似物在细胞裂解物中转化为 3a。双乙酸盐在细胞裂解物中更有效，在前列腺癌细胞中比 3a 具有更强的细胞毒性，并将甲磺酸甲酯的细胞毒性增强 2 到 5 倍。这是
• [EN] REAGENTS FOR REVERSIBLY TERMINATING PRIMER EXTENSION<br/>[FR] RÉACTIFS UTILISÉS POUR L'INTERRUPTION RÉVERSIBLE D'EXTENSION D'AMORCE
  申请人：BENNER STEVEN ALBERT

  公开号：WO2010110775A1

  公开（公告）日：2010-09-30

  This invention relates to the field of nucleic acid chemistry, more specifically to the field of compositions of matter that comprise triphosphates of modified 2'-deoxynucleosides and oligonucleotides that are formed when these are appended to the 3'-end of a primer, wherein said modifications comprise NH2 moiety attached to their 3'-hydroxyl group and a fluorescent species in a form of a tag affixed to the nucleobase via a linker that can be cleaved. Such compositions and their associated processes enable and improve the sequencing of oligonucleotides using a strategy of cyclic reversible termination, as outlined in US Patent 6,664,079. Most specifically, the invention concerns compositions of matter that are 5'-triphosphates of ribo- and 2'- deoxyribonucleosides carrying detectable tags and oligonucleotides that might be derived from them. The invention also concerns processes wherein a DNA polymerase, RNA polymerase, or reverse transcriptase synthesizes said oligonucleotides via addition of said triphosphates to a primer.

  这项发明涉及核酸化学领域，更具体地涉及包括改性2'-脱氧核苷酸三磷酸和寡核苷酸的物质组合的领域，当这些物质附加到引物的3'-末端时形成，其中这些改性包括连接到它们的3'-羟基的NH2基团和以可切割的方式通过连接器固定到核碱基上的荧光物种的标签。这种组合物及其相关的过程使得并改善了使用循环可逆终止策略进行寡核苷酸测序，正如美国专利6,664,079中所概述的那样。具体而言，该发明涉及的是包含可检测标签的核糖和2'-脱氧核糖核苷酸的5'-三磷酸和可能由它们衍生的寡核苷酸的物质组合。该发明还涉及DNA聚合酶、RNA聚合酶或逆转录酶通过将这些三磷酸添加到引物而合成所述寡核苷酸的过程。
• Synthesis of an oxyamide linked nucleotide dimer and incorporation into antisense oligonucleotide sequences
  作者：Kevin Burgess、Richard A. Gibbs、Michael L. Metzker、Ramesh Raghavachari

  DOI：10.1039/c39940000915

  日期：——

  Two derivatives of thymidine, a 5′-protected 3-hydroxylamine and 5′-carboxy-3′-protected compound, were prepared and coupled to form an oxyamide-linked dinucleotide analogue; this dimer was incorporated into an oligodeoxynucleotide then shown to anneal to complementary DNA with nearly the same affinity as the natural sequence.

  两种胸苷的衍生物，5′-保护的3-羟胺和5′-羧基-3′-保护化合物，被制备并连接形成一个含有氧酰胺键的二核苷酸类似物；该二聚体被纳入一个寡脱氧核糖核酸中，随后显示出与自然序列具有几乎相同的结合亲和力，能够与互补DNA退火。
• Irreversible inhibitors of DNA polymerase beta
  申请人：The Johns Hopkins University

  公开号：US09029346B1

  公开（公告）日：2015-05-12

  Methods and compounds are disclosed for irreversibly inhibiting a DNA repair enzyme that possesses lyase activity.

  本发明揭示了一种用于不可逆抑制具有裂解酶活性的DNA修复酶的方法和化合物。
• Backbone modified oligonucleotide analogues
  申请人：ISIS Pharmaceuticals, Inc.

  公开号：US20030045705A1

  公开（公告）日：2003-03-06

  Therapeutic oligonucleotide analogues which have improved nuclease resistance and improved cellular uptake are provided. Replacement of the normal phosphorodiester inter-sugar linkages found in natural oligomers with four atom linking groups forms unique di- and poly-nucleosides and nucleotides useful in regulating RNA expression and in therapeutics. Methods of synthesis and use are also disclosed.

  提供了具有改进核酸酶抗性和改进细胞摄取能力的治疗性寡核苷酸类似物。通过用四原子连接基取代自然寡聚体中发现的正常磷酸二酯间糖链，形成独特的二核苷酸和多核苷酸，可用于调节RNA表达和治疗。还公开了合成和使用的方法。