Natural Product Neopeltolide as a Cytochrome <i>bc</i><sub>1</sub> Complex Inhibitor: Mechanism of Action and Structural Modification
作者:Xiao-Lei Zhu、Rui Zhang、Qiong-You Wu、Yong-Jun Song、Yu-Xia Wang、Jing-Fang Yang、Guang-Fu Yang
DOI:10.1021/acs.jafc.8b06195
日期:2019.3.13
chemical structure of neopeltolide, leading to the synthesis of a series of new neopeltolide derivatives with much simpler chemical structures. The calculated binding energies (ΔGcal) of the newly synthesized analogues correlated very well (R2 = 0.90) with their experimental binding free energies (ΔGexp), which confirmed that the computational protocol was reliable. Compound 45, bearing a diphenyl ether
从天然新科科动物的深水海绵标本中分离出海洋天然产物新科植物内酯。新pelolide已被证明是线粒体呼吸链中细胞色素bc 1复合物的新型抑制剂。然而,其详细的抑制机制仍是未知的。另外,由于新鸟苷内酯的化学结构非常复杂,因此很难合成。在当前的工作中,通过结合分子对接,分子动力学模拟和分子力学泊松-玻尔兹曼表面积计算,首次确定了新去内酯的结合模式,这表明新去内酯是bc 1的Q o抑制剂。复杂的。然后,根据抑制剂-蛋白质相互作用分析的指导,进行了结构修饰,目的在于简化新pelolide的化学结构,从而合成了一系列具有更简单化学结构的新neopeltolide衍生物。计算出的新合成类似物的结合能(ΔG cal)与它们的实验结合自由能(ΔG exp)具有很好的相关性(R 2 = 0.90 ),这证实了该计算方案是可靠的。具有二苯醚片段的化合物45已成功设计并合成为最有效的候选物(IC 50(= 12n