2R-[(benzyloxyamino)methyl]-6-heptenoic acid | 596111-58-9

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机酸及其衍生物 - 羧酸及其衍生物
• 英文名称: 2R-[(benzyloxyamino)methyl]-6-heptenoic acid
• 英文别名: (2R)-2-[(phenylmethoxyamino)methyl]hept-6-enoic acid
• CAS: 596111-58-9
• 化学式: C₁₅H₂₁NO₃
• 分子量: 263.337
• InChiKey: BDPAYYIRSHOAQF-CQSZACIVSA-N

物化性质

• 沸点：
  422.2±55.0 °C(Predicted)
• 密度：
  1.083±0.06 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  0.6
• 重原子数：
  19
• 可旋转键数：
  10
• 环数：
  1.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.4
• 拓扑面积：
  58.6
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  4

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  2R-[(benzyloxyamino)methyl]-6-heptenoic acid 在 palladium on activated charcoal Grubbs catalyst first generation 、 氢气 、 乙酸酐 、 1-(3-二甲基氨基丙基)-3-乙基碳二亚胺 作用下， 以 甲醇 、 二氯甲烷 、 乙酸乙酯 为溶剂， 20.0~40.0 ℃ 、101.33 kPa 条件下， 反应 20.0h， 生成 N-((3S,6R)-3-tert-Butyl-2,5-dioxo-1,4-diaza-cyclopentadec-6-ylmethyl)-N-hydroxy-formamide
  参考文献：
  名称：

  基于结构的肽去甲酰基酶大环抑制剂的设计。

  摘要：

  通过共价交联P1'和P3'侧链设计了肽甲酰基化酶的大环拟肽抑制剂。含有N-甲酰基羟胺侧链作为金属螯合基团的大环是使用格鲁布斯的催化剂通过二烯烃的复分解反应从二烯前体合成的。该环状抑制剂显示出对大肠杆菌去甲酰基酶的有效抑制活性（K（I）= 0.67 nM）和对革兰氏阳性和革兰氏阴性细菌的抗菌活性（MIC = 0.7-12 microg / mL）。

  DOI：

  10.1021/jm034113f
• 作为产物：
  描述：

  6-庚烯酸 在 lithium hydroxide 、 偶氮二甲酸二异丙酯 、 双氧水 、 三甲基乙酰氯 、 四氯化钛 、 O-(1H-benzotriazol-1-yl)-N,N,N',N'-tetramethyluronium hexafluorophosphate 、 三乙胺 、 N,N-二异丙基乙胺 、 三苯基膦 、 lithium chloride 作用下， 以 四氢呋喃 、 二氯甲烷 、 异丙醇 、 乙腈 为溶剂， 反应 14.0h， 生成 2R-[(benzyloxyamino)methyl]-6-heptenoic acid
  参考文献：
  名称：

  基于结构的肽去甲酰基酶大环抑制剂的设计。

  摘要：

  通过共价交联P1'和P3'侧链设计了肽甲酰基化酶的大环拟肽抑制剂。含有N-甲酰基羟胺侧链作为金属螯合基团的大环是使用格鲁布斯的催化剂通过二烯烃的复分解反应从二烯前体合成的。该环状抑制剂显示出对大肠杆菌去甲酰基酶的有效抑制活性（K（I）= 0.67 nM）和对革兰氏阳性和革兰氏阴性细菌的抗菌活性（MIC = 0.7-12 microg / mL）。

  DOI：

  10.1021/jm034113f

文献信息

• Peptide deformylase inhibitors as novel antibiotics
  申请人：Pei Dehua

  公开号：US20050026821A1

  公开（公告）日：2005-02-03

  A macrocyclic peptide deformylase (PDF) inhibitor comprising a peptide or peptide mimetic having three residues, P1′, P2′, and P3′, wherein P2′ connects P1′ and P3′,wherein P1′ and P3′ each have a side chain, and wherein the side chains on P1′ and P3′ are crosslinked to form the macrocyclic PDF inhibitor. The side chains of P1′ and P3′ interact with the PDF active site, and preferably, P2′ has a side chain that interacts with a solvent. Also provided are methods of inhibiting the growth of a bacterium, the methods comprising contacting the bacterium with an anti-bacterial effective amount of the inventive macrocyclic PDF inhibitor. Additionally, a method of treating a bacterial infection in a subject comprising administering an effective amount of a macrocyclic PDF inhibitor to a subject in need of treatment. Additionally, methods of preparing macrocyclic PDF inhibitors comprising a) choosing an acyclic base molecule, having at least some PDF inhibitory activity, the acyclic base molecule having a first residue having a first side chain that interacts with the PDF active site and a second residue having a second that interacts with the PDF active site; and b) crosslinking the first side chain and the second side chain to form a macrocyclic PDF inhibitor.

  一种大环肽脱甲基酶（PDF）抑制剂，包括一个具有三个残基P1'、P2'和P3'的肽或肽类似物，其中P2'连接P1'和P3'，P1'和P3'各具有一个侧链，且P1'和P3'的侧链交叉连接以形成大环PDF抑制剂。P1'和P3'的侧链与PDF活性位点相互作用，最好的情况是，P2'具有与溶剂相互作用的侧链。还提供了抑制细菌生长的方法，该方法包括使用创新的大环PDF抑制剂与细菌接触，以有效抑制细菌的生长。此外，还提供了一种治疗受感染主体细菌感染的方法，包括向需要治疗的主体施用有效量的大环PDF抑制剂。此外，还提供了制备大环PDF抑制剂的方法，包括a）选择一个具有至少一定PDF抑制活性的非环基分子，该非环基分子具有第一残基，其具有与PDF活性位点相互作用的第一侧链和第二残基，其具有与PDF活性位点相互作用的第二侧链；和b）交叉连接第一侧链和第二侧链以形成大环PDF抑制剂。
• PEPTIDE DEFORMYLASE INHIBITORS AS NOVEL ANTIBIOTICS
  申请人：Pei Dehua

  公开号：US20090203631A1

  公开（公告）日：2009-08-13

  A macrocyclic peptide deformylase (PDF) inhibitor comprising a peptide or peptide mimetic having three residues, P 1′, P 2′, and P 3′, wherein P 2′ connects P 1′ and P 3′, wherein P 1′ and P 3′ each have a side chain, and wherein the side chains on P 1′ and P 3′ are crosslinked to form the macrocyclic PDF inhibitor. The side chains of P 1′ and P 3′ interact with the PDF active site, and preferably, P 2′ has a side chain that interacts with a solvent. Also provided are methods of inhibiting the growth of a bacterium, the methods comprising contacting the bacterium with an anti-bacterial effective amount of the inventive macrocyclic PDF inhibitor. Additionally, a method of treating a bacterial infection in a subject comprising administering an effective amount of a macrocyclic PDF inhibitor to a subject in need of treatment. Additionally, methods of preparing macrocyclic PDF inhibitors comprising a) choosing an acyclic base molecule, having at least some PDF inhibitory activity, the acyclic base molecule having a first residue having a first side chain that interacts with the PDF active site and a second residue having a second that interacts with the PDF active site; and b) crosslinking the first side chain and the second side chain to form a macrocyclic PDF inhibitor.

  一种宏环肽脱甲基酶（PDF）抑制剂，包括一个具有三个残基P1'、P2'和P3'的肽或肽类似物，其中P2'连接P1'和P3'，P1'和P3'各自具有一个侧链，并且P1'和P3'的侧链交叉连接以形成宏环PDF抑制剂。P1'和P3'的侧链与PDF活性位点相互作用，最好的情况是，P2'具有与溶剂相互作用的侧链。还提供了一种抑制细菌生长的方法，该方法包括将具有抗菌有效量的创新宏环PDF抑制剂与细菌接触。此外，还提供了一种治疗受感染者的细菌感染的方法，包括向需要治疗的受试者施用有效量的宏环PDF抑制剂。此外，还提供了制备宏环PDF抑制剂的方法，包括a）选择一个具有至少一定程度的PDF抑制活性的非环状基分子，该非环状基分子具有一个具有与PDF活性位点相互作用的第一侧链的第一残基和一个具有与PDF活性位点相互作用的第二侧链的第二残基；并且b）交叉连接第一侧链和第二侧链以形成宏环PDF抑制剂。
• US7208595B2
  申请人：——

  公开号：US7208595B2

  公开（公告）日：2007-04-24
• US7538085B2
  申请人：——

  公开号：US7538085B2

  公开（公告）日：2009-05-26
• Structure-Based Design of a Macrocyclic Inhibitor for Peptide Deformylase
  作者：Xubo Hu、Kiet T. Nguyen、Christophe L. M. J. Verlinde、Wim G. J. Hol、Dehua Pei

  DOI：10.1021/jm034113f

  日期：2003.8.1

  A macrocyclic, peptidomimetic inhibitor of peptide deformylase was designed by covalently cross-linking the P1' and P3' side chains. The macrocycle, which contains an N-formylhydroxylamine side chain as the metal-chelating group, was synthesized from a diene precursor via olefin metathesis using Grubbs's catalyst. The cyclic inhibitor showed potent inhibitory activity toward Escherichia coli deformylase

  通过共价交联P1'和P3'侧链设计了肽甲酰基化酶的大环拟肽抑制剂。含有N-甲酰基羟胺侧链作为金属螯合基团的大环是使用格鲁布斯的催化剂通过二烯烃的复分解反应从二烯前体合成的。该环状抑制剂显示出对大肠杆菌去甲酰基酶的有效抑制活性（K（I）= 0.67 nM）和对革兰氏阳性和革兰氏阴性细菌的抗菌活性（MIC = 0.7-12 microg / mL）。