2R-[(N-benzyloxy-N-formylamino)methyl]-6-heptenoic acid | 596111-53-4

• 分子结构分类: 有机化合物 - 脂质和类脂质分子 - 脂肪酰基
• 英文名称: 2R-[(N-benzyloxy-N-formylamino)methyl]-6-heptenoic acid
• 英文别名: (2R)-2-[[formyl(phenylmethoxy)amino]methyl]hept-6-enoic acid
• CAS: 596111-53-4
• 化学式: C₁₆H₂₁NO₄
• 分子量: 291.347
• InChiKey: ZTDCJQXHGUUUPX-OAHLLOKOSA-N

物化性质

• 沸点：
  455.2±55.0 °C(Predicted)
• 密度：
  1.141±0.06 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  2.8
• 重原子数：
  21
• 可旋转键数：
  10
• 环数：
  1.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.38
• 拓扑面积：
  66.8
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  4

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  2R-[(N-benzyloxy-N-formylamino)methyl]-6-heptenoic acid 在 palladium on activated charcoal Grubbs catalyst first generation 、 氢气 、 1-(3-二甲基氨基丙基)-3-乙基碳二亚胺 作用下， 以 甲醇 、 二氯甲烷 、 乙酸乙酯 为溶剂， 40.0 ℃ 、101.33 kPa 条件下， 反应 20.0h， 生成 N-((3S,6R)-3-tert-Butyl-2,5-dioxo-1,4-diaza-cyclopentadec-6-ylmethyl)-N-hydroxy-formamide
  参考文献：
  名称：

  基于结构的肽去甲酰基酶大环抑制剂的设计。

  摘要：

  通过共价交联P1'和P3'侧链设计了肽甲酰基化酶的大环拟肽抑制剂。含有N-甲酰基羟胺侧链作为金属螯合基团的大环是使用格鲁布斯的催化剂通过二烯烃的复分解反应从二烯前体合成的。该环状抑制剂显示出对大肠杆菌去甲酰基酶的有效抑制活性（K（I）= 0.67 nM）和对革兰氏阳性和革兰氏阴性细菌的抗菌活性（MIC = 0.7-12 microg / mL）。

  DOI：

  10.1021/jm034113f
• 作为产物：
  描述：

  6-庚烯酸 在 lithium hydroxide 、 偶氮二甲酸二异丙酯 、 双氧水 、 三甲基乙酰氯 、 乙酸酐 、 四氯化钛 、 O-(1H-benzotriazol-1-yl)-N,N,N',N'-tetramethyluronium hexafluorophosphate 、 三乙胺 、 N,N-二异丙基乙胺 、 三苯基膦 、 lithium chloride 作用下， 以 四氢呋喃 、 二氯甲烷 、 异丙醇 、 乙腈 为溶剂， 反应 14.0h， 生成 2R-[(N-benzyloxy-N-formylamino)methyl]-6-heptenoic acid
  参考文献：
  名称：

  基于结构的肽去甲酰基酶大环抑制剂的设计。

  摘要：

  通过共价交联P1'和P3'侧链设计了肽甲酰基化酶的大环拟肽抑制剂。含有N-甲酰基羟胺侧链作为金属螯合基团的大环是使用格鲁布斯的催化剂通过二烯烃的复分解反应从二烯前体合成的。该环状抑制剂显示出对大肠杆菌去甲酰基酶的有效抑制活性（K（I）= 0.67 nM）和对革兰氏阳性和革兰氏阴性细菌的抗菌活性（MIC = 0.7-12 microg / mL）。

  DOI：

  10.1021/jm034113f

文献信息

• Macrocyclic Inhibitors for Peptide Deformylase:  A Structure−Activity Relationship Study of the Ring Size
  作者：Xubo Hu、Kiet T. Nguyen、Vernon C. Jiang、Denene Lofland、Heinz E. Moser、Dehua Pei

  DOI：10.1021/jm049592c

  日期：2004.9.1

  target for antibacterial drug design. We have previously reported an N-formylhydroxylamine-based, metal-chelating macrocyclic PDF inhibitor, in which the P(1)' and P(3)' side chains are covalently joined. In this work, we have carried out a structure-activity relationship study on the size of the macrocycle and found that 15-17-membered macrocycles are optimal for binding to the PDF active site. Unlike

  肽去甲酰基化酶（PDF）催化从真细菌中新合成的多肽中去除N末端甲酰基。它在细菌细胞中的重要作用，而不是在哺乳动物细胞中的作用，使其成为抗菌药物设计的有吸引力的靶标。我们以前曾报道过一种基于N-甲酰基羟胺的金属螯合大环PDF抑制剂，其中P（1）'和P（3）'侧链共价连接。在这项工作中，我们对大环的大小进行了结构-活性关系研究，发现15-17元大环最适合与PDF活性位点结合。与作为简单竞争性抑制剂的无环化合物不同，这些环状化合物均起缓慢结合抑制剂的作用。与非周期性的同类相比，环状抑制剂对PDF的活性位点（K（I）低至70 pM）显示出20-50倍的更高效力，对PDF的选择性提高，并且在大鼠血浆中改善了代谢稳定性。一些大环抑制剂对临床上重要的革兰氏阳性和革兰氏阴性病原体具有有效的广谱抗菌活性。这些结果表明，大环支架为新型抗生素的开发提供了极好的线索。
• Peptide deformylase inhibitors as novel antibiotics
  申请人：Pei Dehua

  公开号：US20050026821A1

  公开（公告）日：2005-02-03

  A macrocyclic peptide deformylase (PDF) inhibitor comprising a peptide or peptide mimetic having three residues, P1′, P2′, and P3′, wherein P2′ connects P1′ and P3′,wherein P1′ and P3′ each have a side chain, and wherein the side chains on P1′ and P3′ are crosslinked to form the macrocyclic PDF inhibitor. The side chains of P1′ and P3′ interact with the PDF active site, and preferably, P2′ has a side chain that interacts with a solvent. Also provided are methods of inhibiting the growth of a bacterium, the methods comprising contacting the bacterium with an anti-bacterial effective amount of the inventive macrocyclic PDF inhibitor. Additionally, a method of treating a bacterial infection in a subject comprising administering an effective amount of a macrocyclic PDF inhibitor to a subject in need of treatment. Additionally, methods of preparing macrocyclic PDF inhibitors comprising a) choosing an acyclic base molecule, having at least some PDF inhibitory activity, the acyclic base molecule having a first residue having a first side chain that interacts with the PDF active site and a second residue having a second that interacts with the PDF active site; and b) crosslinking the first side chain and the second side chain to form a macrocyclic PDF inhibitor.

  一种大环肽脱甲基酶（PDF）抑制剂，包括一个具有三个残基P1'、P2'和P3'的肽或肽类似物，其中P2'连接P1'和P3'，P1'和P3'各具有一个侧链，且P1'和P3'的侧链交叉连接以形成大环PDF抑制剂。P1'和P3'的侧链与PDF活性位点相互作用，最好的情况是，P2'具有与溶剂相互作用的侧链。还提供了抑制细菌生长的方法，该方法包括使用创新的大环PDF抑制剂与细菌接触，以有效抑制细菌的生长。此外，还提供了一种治疗受感染主体细菌感染的方法，包括向需要治疗的主体施用有效量的大环PDF抑制剂。此外，还提供了制备大环PDF抑制剂的方法，包括a）选择一个具有至少一定PDF抑制活性的非环基分子，该非环基分子具有第一残基，其具有与PDF活性位点相互作用的第一侧链和第二残基，其具有与PDF活性位点相互作用的第二侧链；和b）交叉连接第一侧链和第二侧链以形成大环PDF抑制剂。
• PEPTIDE DEFORMYLASE INHIBITORS AS NOVEL ANTIBIOTICS
  申请人：Pei Dehua

  公开号：US20090203631A1

  公开（公告）日：2009-08-13

  A macrocyclic peptide deformylase (PDF) inhibitor comprising a peptide or peptide mimetic having three residues, P 1′, P 2′, and P 3′, wherein P 2′ connects P 1′ and P 3′, wherein P 1′ and P 3′ each have a side chain, and wherein the side chains on P 1′ and P 3′ are crosslinked to form the macrocyclic PDF inhibitor. The side chains of P 1′ and P 3′ interact with the PDF active site, and preferably, P 2′ has a side chain that interacts with a solvent. Also provided are methods of inhibiting the growth of a bacterium, the methods comprising contacting the bacterium with an anti-bacterial effective amount of the inventive macrocyclic PDF inhibitor. Additionally, a method of treating a bacterial infection in a subject comprising administering an effective amount of a macrocyclic PDF inhibitor to a subject in need of treatment. Additionally, methods of preparing macrocyclic PDF inhibitors comprising a) choosing an acyclic base molecule, having at least some PDF inhibitory activity, the acyclic base molecule having a first residue having a first side chain that interacts with the PDF active site and a second residue having a second that interacts with the PDF active site; and b) crosslinking the first side chain and the second side chain to form a macrocyclic PDF inhibitor.

  一种宏环肽脱甲基酶（PDF）抑制剂，包括一个具有三个残基P1'、P2'和P3'的肽或肽类似物，其中P2'连接P1'和P3'，P1'和P3'各自具有一个侧链，并且P1'和P3'的侧链交叉连接以形成宏环PDF抑制剂。P1'和P3'的侧链与PDF活性位点相互作用，最好的情况是，P2'具有与溶剂相互作用的侧链。还提供了一种抑制细菌生长的方法，该方法包括将具有抗菌有效量的创新宏环PDF抑制剂与细菌接触。此外，还提供了一种治疗受感染者的细菌感染的方法，包括向需要治疗的受试者施用有效量的宏环PDF抑制剂。此外，还提供了制备宏环PDF抑制剂的方法，包括a）选择一个具有至少一定程度的PDF抑制活性的非环状基分子，该非环状基分子具有一个具有与PDF活性位点相互作用的第一侧链的第一残基和一个具有与PDF活性位点相互作用的第二侧链的第二残基；并且b）交叉连接第一侧链和第二侧链以形成宏环PDF抑制剂。
• US7208595B2
  申请人：——

  公开号：US7208595B2

  公开（公告）日：2007-04-24
• US7538085B2
  申请人：——

  公开号：US7538085B2

  公开（公告）日：2009-05-26