5'-O-(tert-butyldiphenylsilyl)-3'-O-[(5R)-3-methyl-5-phenyl-1,3,2-oxazaphospholidin-2-yl]thymidine | 434937-15-2

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 核苷和核苷酸类似物
• 英文名称: 5'-O-(tert-butyldiphenylsilyl)-3'-O-[(5R)-3-methyl-5-phenyl-1,3,2-oxazaphospholidin-2-yl]thymidine
• 英文别名: (2R,5R)-2-(5'-O-tert-butyldiphenylsilyl thymidine-3'-yl)-3-methyl-5-phenyl-1,3,2-oxazaphospholidine；1-[(2R,4S,5R)-5-[[tert-butyl(diphenyl)silyl]oxymethyl]-4-[[(5R)-3-methyl-5-phenyl-1,3,2-oxazaphospholidin-2-yl]oxy]oxolan-2-yl]-5-methylpyrimidine-2,4-dione
• CAS: 434937-15-2；573987-75-4
• 化学式: C₃₅H₄₂N₃O₆PSi
• 分子量: 659.794
• InChiKey: SZIITLCFBCDMHB-TVIWVVEMSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  5.02
• 重原子数：
  46
• 可旋转键数：
  10
• 环数：
  6.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.37
• 拓扑面积：
  89.6
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  7

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  3’-O-(4,4’-二甲氧基三苯甲基)胸苷 、 5'-O-(tert-butyldiphenylsilyl)-3'-O-[(5R)-3-methyl-5-phenyl-1,3,2-oxazaphospholidin-2-yl]thymidine 在 N-氰甲基吡咯烷鎓三氟甲烷磺酸盐 作用下， 以 乙腈 为溶剂， 反应 0.08h， 生成
  参考文献：
  名称：

  Diastereocontrolled Synthesis of Phosphorothioate DNA via an Oxazaphospholidine Approach Using a Novel Class of Activators, Dialkyl(cyanomethyl)ammonium Salts

  摘要：

  Dialkyl(cyanomethyl)ammonium salts 1 were synthesized and used as a novel class of activators for the stereospecific condensations of diastereopure nucleoside 3'-O-oxazaphospholidines with a nucleoside. This new oxazaphospholidine method could efficiently produce both (Rp)- and (Sp)-dinucleoside phosphorothioates.

  DOI：

  10.1081/ncn-120022998
• 作为产物：
  描述：

  5'-O-tert-butyldiphenylsilylthymidine 、 (5R)-2-chloro-3-methyl-5-phenyl-1,3,2-oxazaphospholidine 在 三乙胺 、 碳酸氢钠 作用下， 以 四氢呋喃 、 吡啶 、 甲苯 、 氯仿 、 水 为溶剂， 反应 0.5h， 以32%的产率得到5'-O-(tert-butyldiphenylsilyl)-3'-O-[(5R)-3-methyl-5-phenyl-1,3,2-oxazaphospholidin-2-yl]thymidine
  参考文献：
  名称：

  [EN] METHOD OF PRODUCING A HIGHLY STEREOREGULAR PHOSPHORUS ATOM-MODIFIED NUCLEOTIDE ANALOGUE
  [FR] PROCEDE DE PRODUCTION D'UN ANALOGUE DE NUCLEOTIDE HAUTEMENT STEREOREGULIER DONT L'ATOME DE PHOSPHORE EST MODIFIE

  摘要：

  公开号：

  WO2005014609A3

文献信息

• An Oxazaphospholidine Approach for the Stereocontrolled Synthesis of Oligonucleoside Phosphorothioates
  作者：Natsuhisa Oka、Takeshi Wada、Kazuhiko Saigo

  DOI：10.1021/ja034502z

  日期：2003.7.1

  diastereoselectivity. After sulfurization and deprotection, diastereopure (R(p))- and (S(p))-dinucleoside phosphorothioates were obtained in excellent yields. The present methodology was also applied to the solid-phase synthesis of stereoregulated PS-ODNs. all-(R(p))-[T(PS)](3)T, all-(S(p))-[T(PS)](3)T, all-(R(p))-d[G(PS)A(PS)C(PS)]T, and all-(R(p))-[T(PS)](9)T were synthesized on a highly cross-linked polystyrene resin

  描述了使用核苷 3'-O-oxazaphospholidine 衍生物作为单体单元的低聚脱氧核糖核苷硫代磷酸酯 (PS-ODNs) 的立体控制合成。2-Chloro-1,3,2-oxazaphospholidine 衍生物由六种对映纯的 1,2-氨基醇制备而成，用于 5'-O-保护核苷的磷酸化反应。对这些反应的详细研究表明，该反应的非对映选择性取决于对映体纯 1,2-氨基醇的结构、反应温度和用作 HCl 清除剂的胺。此外，还对 2-氯氧氮杂磷脂衍生物进行了从头算分子轨道计算，以阐明这些非对映选择性磷酸化反应的机理。发现磷原子上的 2-氯-5-苯基氧氮杂磷脂衍生物的 LUMO 几乎与 P-Cl 键正交。该 LUMO 可能参与主要保留 P 构型的磷酸化反应。开发了一系列二烷基（氰甲基）铵盐，并将其用作非对映纯核苷 3'-O-oxazaphospholidines 与 3'-O-保护的核苷的缩合