3'-acetyl-4-(1,2,4-triazol-1-yl)-thymidine | 121804-03-3

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物
• 英文名称: 3'-acetyl-4-(1,2,4-triazol-1-yl)-thymidine
• 英文别名: 3'-Acetyl-4-(1,2,4-triazol-1-yl)thymidine
• CAS: 121804-03-3
• 化学式: C₁₄H₁₇N₅O₅
• 分子量: 335.319
• InChiKey: UZXFLGHMILGGLX-QJPTWQEYSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -0.66
• 重原子数：
  24.0
• 可旋转键数：
  4.0
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.5
• 拓扑面积：
  121.36
• 氢给体数：
  1.0
• 氢受体数：
  10.0

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  3'-acetyl-4-(1,2,4-triazol-1-yl)-thymidine 在 吡啶 、 1H-1,2,3-三氮唑 、 四氮唑 、 三苯基氯硅烷 、 四丁基氟化铵 作用下， 反应 2.27h， 生成 d(Tpe4T)
  参考文献：
  名称：

  An NMR study of dinucleoside monophosphates with an O4-ethylated thymine. d(e⁴TpT) and d(Tpe⁴T)

  摘要：

  提供了d(e^4pT)（1）和d(Tpe^4)（2）的合成描述，它们是d(TpT)（3）的O4-乙基化类似物，为这三种分子提供了质谱（FAB）、^1H核磁共振（300 MHz）和圆二色数据。 [M - H]^- 离子以及聚集体 [2M - H]^- 和在1的情况下，[3M - H]^- 可以通过在负离子模式下运行的FAB质谱轻松检测到。 与修饰的核苷酸e^4dT相比，1和2的O4-乙基基团的两个亚甲基质子在NMR光谱中是不等价的，并且它们的化学位移差随着温度的升高而减小。 这种化学位移差可以与分子内碱基堆叠相关联。 糖环的邻J偶合常数显示在低温下向1的e^4p单元的3'-endo构象出现异常偏移，但对于2的pe^4单元则没有注意到这种偏移。 3的任一单元的O4烷基化会显著减小252 nm处负CD峰的振幅。 1和2的CD光谱在定性上类似于d(CpT)和d(TpC)，并且暗示在某些方面，O4-烷基化的胸腺嘧啶碱基类似于"胞嘧啶"。 将温度从10°C增加到65°C时，1和3的正CD峰的振幅减小了40％，表明在低温下存在一些碱基堆叠。 然而，2的CD光谱显示了一个更小的减小（<10％）。 关键词：O-烷基化，寡核苷酸，立体化学，NMR，质谱。

  DOI：

  10.1139/v89-019
• 作为产物：
  描述：

  5'-O-tert-butyldimethylsilyl-3'-acetylthymidine 在 TEA 、 四丁基氟化铵 、 三氯氧磷 作用下， 以 四氢呋喃 、 乙腈 为溶剂， 反应 0.17h， 生成 3'-acetyl-4-(1,2,4-triazol-1-yl)-thymidine
  参考文献：
  名称：

  An NMR study of dinucleoside monophosphates with an O4-ethylated thymine. d(e⁴TpT) and d(Tpe⁴T)

  摘要：

  提供了d(e^4pT)（1）和d(Tpe^4)（2）的合成描述，它们是d(TpT)（3）的O4-乙基化类似物，为这三种分子提供了质谱（FAB）、^1H核磁共振（300 MHz）和圆二色数据。 [M - H]^- 离子以及聚集体 [2M - H]^- 和在1的情况下，[3M - H]^- 可以通过在负离子模式下运行的FAB质谱轻松检测到。 与修饰的核苷酸e^4dT相比，1和2的O4-乙基基团的两个亚甲基质子在NMR光谱中是不等价的，并且它们的化学位移差随着温度的升高而减小。 这种化学位移差可以与分子内碱基堆叠相关联。 糖环的邻J偶合常数显示在低温下向1的e^4p单元的3'-endo构象出现异常偏移，但对于2的pe^4单元则没有注意到这种偏移。 3的任一单元的O4烷基化会显著减小252 nm处负CD峰的振幅。 1和2的CD光谱在定性上类似于d(CpT)和d(TpC)，并且暗示在某些方面，O4-烷基化的胸腺嘧啶碱基类似于"胞嘧啶"。 将温度从10°C增加到65°C时，1和3的正CD峰的振幅减小了40％，表明在低温下存在一些碱基堆叠。 然而，2的CD光谱显示了一个更小的减小（<10％）。 关键词：O-烷基化，寡核苷酸，立体化学，NMR，质谱。

  DOI：

  10.1139/v89-019

文献信息

• Synthesis and properties of DNA oligomers containing an O4-ethylated thymine. d(e⁴TpA), d(Ape⁴T), d(Ape⁴TpA), and d(Tpe⁴TpT)
  作者：Garry W. Buchko、Frank E. Hruska、Krishan L. Sadana

  DOI：10.1139/v90-308

  日期：1990.11.1

  Syntheses via the phosphotriester method are described for DNA oligonucleotides containing O4-ethylated thymine (e⁴Thy) and adenine (Ade) bases, d(e⁴TpA), d(Ape⁴T), and d(Ape⁴TpA), for their unmodified analogs, d(TpA), d(ApT), and d(ApTpA), and for d(Tpe⁴TpT). ¹H NMR chemical shift data obtained from 10 to 70 °C at 300 and 500 MHz show that these molecules form right-handed minihelices at low temperature in aqueous solution; the presence of the O4-ethyl group does not seem to have a drastic effect on the stacking geometry of the thymine base. The presence of right-handed stacking is confirmed by circular dichroic data obtained over a similar temperature range. Coupling constants for the sugar ring indicate that the e⁴Tp unit of d(e⁴TpA) does not show the shift towards the 3′-endo (N) pucker noted for the corresponding unit of d(e⁴TpT). A prominent quasimolecular ion peak [M – H]⁻ is observed for the modified and unmodified molecules in the spectra obtained by Fast Atom Bombardment mass spectrometry (FAB-MS) operating in the negative ion mode, indicating that the labile O4-ethyl group is sufficiently stable to withstand the ionization process used in this method. In addition, a number of fragment ion peaks such as [O4-ethylthymine – H]⁻ are observed that reveal the potential of FAB-MS for characterizing DNA oligomers modified by alkylating agents. Keywords: oligonucleotides, O-alkylation, stereochemistry, NMR, mass spectrometry.

  通过磷酸三酯法合成了含有O4-乙基化胸腺嘧啶（e⁴Thy）和腺嘌呤（Ade）碱基的DNA寡核苷酸，即d(e⁴TpA)、d(Ape⁴T)和d(Ape⁴TpA)，以及它们未修饰的类似物，即d(TpA)、d(ApT)和d(ApTpA)，以及d(Tpe⁴TpT)。在300和500 MHz下从10到70°C获得的¹H NMR化学位移数据显示，这些分子在水溶液中在低温下形成右旋微螺旋；O4-乙基基团的存在似乎对胸腺嘧啶碱基的堆叠几何没有显著影响。通过在类似温度范围内获得的圆二色数据确认了右旋堆叠的存在。糖环的耦合常数表明d(e⁴TpA)的e⁴Tp单元不像d(e⁴TpT)的相应单元那样向3'-内褶叠（N）发生移位。在负离子模式下通过快速原子轰击质谱（FAB-MS）获得的光谱中观察到修改和未修改分子的显著准分子离子峰[M – H]⁻，表明易失性的O4-乙基基团足够稳定，可以承受该方法中使用的电离过程。此外，观察到了一些片段离子峰，如[O4-乙基胸腺嘧啶 – H]⁻，揭示了FAB-MS用于表征被烷化剂修改的DNA寡聚物的潜力。关键词：寡核苷酸，O-烷基化，立体化学，NMR，质谱。