5'-O-tert-butyldimethylsilyl-3'-acetylthymidine | 56070-42-9

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 英文名称: 5'-O-tert-butyldimethylsilyl-3'-acetylthymidine
• 英文别名: 3'-O-acetyl-5'-O-t-butyldimethylsilylthymidine；(2R,3S,5R)-2-(((tert-butyldimethylsilyl)oxy)methyl)-5-(5-methyl-2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)tetrahydrofuran-3-yl acetate；5'-tert-butyl-dimethylsilyl-3'-O-acetylthymidine；3'-O-acetyl-5'-O-[(tert-butyl)dimethylsilyl]-2'-deoxy-3,4-dihydrothymidine；[(2R,3S,5R)-2-[[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxymethyl]-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-3-yl] acetate
• CAS: 56070-42-9
• 化学式: C₁₈H₃₀N₂O₆Si
• 分子量: 398.531
• InChiKey: MAVGGYGNBUMLLC-RRFJBIMHSA-N

物化性质

• 熔点：
  145 °C
• 密度：
  1.16±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  2.09
• 重原子数：
  27
• 可旋转键数：
  7
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.72
• 拓扑面积：
  94.2
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  6

安全信息

• 储存条件：
  2-8°C

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  5'-O-tert-butyldimethylsilyl-3'-acetylthymidine 在 四丁基氟化铵 、 溶剂黄146 作用下， 以 四氢呋喃 为溶剂， 以78%的产率得到3'-O-acetylthymidine
  参考文献：
  名称：

  二聚体金络合物催化的饱和杂环的可见光诱导α-C（sp3）-H乙酰化。

  摘要：

  饱和杂环缩醛是有机合成和其他领域的有用片段。本文中，使用碘代苯和原位形成的金络合物在可见光照射下实现了醚，四氢噻吩和吡咯烷的C（sp 3）–H脱氢交叉偶联。广泛的官能团相容性和底物范围表明，我们的策略是合成缩醛类似物的一种有前途的方法。该方法已成功应用于生物活性分子的后期修饰。还介绍了革兰氏鳞片的合成和机理研究。

  DOI：

  10.1021/acs.orglett.0c01924
• 作为产物：
  描述：

  叔丁基二甲基氯硅烷 在 吡啶 、 咪唑 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 2.5h， 生成 5'-O-tert-butyldimethylsilyl-3'-acetylthymidine
  参考文献：
  名称：

  An NMR study of dinucleoside monophosphates with an O4-ethylated thymine. d(e⁴TpT) and d(Tpe⁴T)

  摘要：

  提供了d(e^4pT)（1）和d(Tpe^4)（2）的合成描述，它们是d(TpT)（3）的O4-乙基化类似物，为这三种分子提供了质谱（FAB）、^1H核磁共振（300 MHz）和圆二色数据。 [M - H]^- 离子以及聚集体 [2M - H]^- 和在1的情况下，[3M - H]^- 可以通过在负离子模式下运行的FAB质谱轻松检测到。 与修饰的核苷酸e^4dT相比，1和2的O4-乙基基团的两个亚甲基质子在NMR光谱中是不等价的，并且它们的化学位移差随着温度的升高而减小。 这种化学位移差可以与分子内碱基堆叠相关联。 糖环的邻J偶合常数显示在低温下向1的e^4p单元的3'-endo构象出现异常偏移，但对于2的pe^4单元则没有注意到这种偏移。 3的任一单元的O4烷基化会显著减小252 nm处负CD峰的振幅。 1和2的CD光谱在定性上类似于d(CpT)和d(TpC)，并且暗示在某些方面，O4-烷基化的胸腺嘧啶碱基类似于"胞嘧啶"。 将温度从10°C增加到65°C时，1和3的正CD峰的振幅减小了40％，表明在低温下存在一些碱基堆叠。 然而，2的CD光谱显示了一个更小的减小（<10％）。 关键词：O-烷基化，寡核苷酸，立体化学，NMR，质谱。

  DOI：

  10.1139/v89-019

文献信息

• Reliable Synthesis of Various Nucleoside Diphosphate Glycopyranoses
  作者：Saskia Wolf、Tanja Zismann、Nathalie Lunau、Chris Meier

  DOI：10.1002/chem.200900572

  日期：2009.8.3

  A reliable and high yielding synthetic pathway for the synthesis of the biologically highly important class of nucleoside diphosphate sugars (NDP‐sugars) was developed by using various cycloSal‐nucleotides 1 and 9 as active ester building blocks. The reaction with anomerically pure pyranosyl‐1‐phosphates 2 led to the target NDP‐sugars 20–45 in a nucleophilic displacement reaction, which cleaves the

  通过使用各种环Sal-核苷酸1和9作为活性酯结构单元，开发了一种可靠且高产的合成途径，用于合成生物学上非常重要的一类核苷二磷酸糖（NDP-糖）。与端基异构体纯的吡喃糖基-1-磷酸的反应2导致目标NDP-糖20 - 45在亲核取代反应，其切割的环在端基异构体纯的形式萨尔部分。作为核苷，可使用胞苷，尿苷，胸苷，腺苷，2'-脱氧鸟苷和2'，3'-二脱氧-2'，3'-二脱氢胸苷，而D-葡萄糖，D的磷酸盐引入了半乳糖，D-甘露糖，D - N-氨基葡萄糖，D - N-半乳糖胺，D-岩藻糖，L-岩藻糖以及6-脱氧-D-果糖。
• A Simple and Useful Synthetic Protocol for Selective Deprotection oftert-Butyldimethylsilyl (TBS) Ethers
  作者：Abu T. Khan、Subrata Ghosh、Lokman H. Choudhury

  DOI：10.1002/ejoc.200400031

  日期：2004.5

  A wide variety of tert-butyldimethylsilyl ethers 1 can be easily cleaved to the corresponding parent hydroxyl compound 2 in the presence of 5 mol % of acetonyltriphenylphosphonium bromide (ATPB) at room temperature. In addition, tert-butyldiphenylsilyl ethers can also be cleaved by using 20 mol % of the same catalyst. Alkyl tert-butyldimethylsilyl ethers can be deprotected to the hydroxyl compounds

  在室温下，在 5 mol% 的丙酮基三苯基溴化鏻 (ATPB) 存在下，多种叔丁基二甲基甲硅烷基醚 1 可以很容易地裂解为相应的母体羟基化合物 2。此外，叔丁基二苯基甲硅烷基醚也可以通过使用 20 mol% 的相同催化剂进行裂解。在芳基叔丁基二甲基甲硅烷基醚存在下，烷基叔丁基二甲基甲硅烷基醚可以化学选择性地脱保护为羟基化合物。一些主要优点是反应条件温和、无需水处理、高效和化学选择性以及与其他保护基团的相容性；在这些实验条件下，芳环中没有发生溴化。(© Wiley-VCH Verlag GmbH & Co. KGaA, 69451 Weinheim, Germany, 2004)
• A Highly Efficient and UsefulSynthetic Protocol for the Cleavage of<i>tert</i>-Butyldimethylsilyl(TBS) Ethers Using a Catalytic Amount of Acetyl Chloridein Dry Methanol
  作者：Abu T. Khan、Ejabul Mondal

  DOI：10.1055/s-2003-38360

  日期：——

  A wide variety of tert-butyldimethylsilyl (TBS) ethers as well as tert-butyldiphenylsilyl (TBDPS) ethers 1 can be easily deprotected to the corresponding parent hydroxyl compounds 2 by employing catalytic amounts of acetyl chloride in dry MeOH at 0 °C to room temperature in good yields. Some of the major advantages are mild conditions, high efficiency, high selectivity, high yields, easy operation, and also compatibility with other protecting groups. Furthermore, no acetylation nor chlorination takes place under the experimental conditions.

  各种叔丁基二甲基硅醚和叔丁基二苯基硅醚（简称TBS和TBDPS醚）可以利用催化量的乙酰氯在干燥甲醇中，从0°C至室温条件下，以良好的产率轻松脱保护为相应的母体羟基化合物。这种方法的主要优点包括条件温和、高效、高选择性、高产率、操作简便，并且与其他保护基团兼容。此外，在实验条件下不会发生乙酸化或氯化反应。
• The formation of thymidine-based T-tetramers with remarkable structural and metal ion size effects
  作者：Qun Luo、Dayong Wu、Shixiong Liu、Daihua Tang、Yong Huang、Xinhou Liu、Fuyi Wang、Ruiyao Wang、Gang Wu

  DOI：10.1039/c0ob00520g

  日期：——

  on the ribose and deoxyribose may disfavor the formation of T-tetramers, and in the series of alkali metal ions, lithium did not induce T-tetramer due to its small ion size. Sodium, potassium, rubidium and caesium could produce thymidine-based T-tetramers. Furthermore, rubidium and caesium could induce T-pentamers and dimeric T-pentamers probably due to their larger ion sizes.

  我们提出了直接的ESI Q-TOF MS和X射线证据，证明它们对基于胸苷的T-四聚体的形成具有显着的结构和金属离子尺寸影响。核糖和脱氧核糖可能不利于T-四聚体的形成，并且在一系列碱金属离子中，锂由于离子尺寸小而没有诱导T-四聚体。钠，钾，rub和铯可产生基于胸苷的T-四聚体。此外，probably和铯可能会诱导T-戊烷和二聚T-戊烷，因为它们的离子尺寸更大。
• Protecting Groups Transfer: Unusual Method of Removal of Tr and Tbdms Groups by Transetherification
  作者：Nadia L. D. Cabral、Luciano J. Hoeltgebaum Thiessen、Bogdan Doboszewski

  DOI：10.1080/15257770802257846

  日期：2008.8.11

  The triphenylmethyl (Tr) group undergoes a transfer (transetherification or disproportionation) between the molecules of 5′-O-Tr-2′-deoxynucleosides in a process mediated by anhydrous sulfates of Cu+2, Fe+2, or Ni+2 to yield mixtures of 3′,5′-bis-O-Tr and 3′-O-Tr products. If phenylmethanol is present in a reaction medium, detritylation results with concomitant formation of phenylmethyl triphenylmethyl

  在由Cu + 2，Fe + 2或Ni + 2的无水硫酸盐介导的过程中，三苯甲基（Tr）基团在5'-O-Tr-2'-脱氧核苷分子之间进行转移（转移醚化或歧化）得到3′，5′-双-O-Tr和3′-O-Tr产物的混合物。如果反应介质中存在苯甲醇，则会导致脱三苯甲基化并同时形成苯甲基三苯甲基醚。5'-O-TBDMS-2'-脱氧核苷中叔丁基二甲基甲硅烷基（TBDMS）的行为完全相同。以前没有在O-Tr和O-TBDMS组中观察到这种类型的转醚化作用。