2'-deoxyadenosylyl-(3',5')-thymidine phosphate | 23339-47-1

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - （3'->5'）-二核苷酸和类似物
• 英文名称: 2'-deoxyadenosylyl-(3',5')-thymidine phosphate
• 英文别名: 2'-deoxyadenylyl-(3'-5')-thymidine；2'-deoxyadenylyl(3'-5')thymidine；d(ApT)；d[ApT]；ApT；thymidylyl-(5'->3')-2'-deoxy-adenosine；[(2R,3S,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] [(2R,3S,5R)-3-hydroxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl hydrogen phosphate
• CAS: 23339-47-1
• 化学式: C₂₀H₂₆N₇O₁₀P
• 分子量: 555.441
• InChiKey: VQJGLSOSZGPYDG-BBZRCZKMSA-N

物化性质

• 密度：
  1.99±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -3.1
• 重原子数：
  38
• 可旋转键数：
  8
• 环数：
  5.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.55
• 拓扑面积：
  234
• 氢给体数：
  5
• 氢受体数：
  14

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  2-(5-氯羰基-2-唑基)-5,6-亚甲基二羟基苯并呋喃 、 2'-deoxyadenosylyl-(3',5')-thymidine phosphate 在 吡啶 、 sodium azide 作用下， 以 苯 为溶剂， 反应 1.5h， 生成 [(2R,3S,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3-[hydroxy-[[(2R,3S,5R)-3-hydroxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy]phosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methyl N-(2-furo[2,3-f][1,3]benzodioxol-6-yl-1,3-oxazol-5-yl)carbamate
  参考文献：
  名称：

  Precolumn Derivatization of Nucleotides Based on Fluorescent Carbamate Formation on the Sugar Moieties in High-Performance Liquid Chromatography.

  摘要：

  描述了核苷酸与2-(5-氯碳酰基-2-噁唑基)5,6-亚甲基二氧苯并呋喃在存在叠氮化钠的条件下进行荧光衍生化，并通过高效液相色谱分离衍生物。该试剂与核苷酸的5'末端羟基反应，生成相应的荧光氨基甲酸酯。单核苷酸和寡核苷酸的衍生物通过反相色谱柱（TSKgel ODS-80TM）分离，而八核苷酸和十核苷酸的衍生物则在尺寸排阻柱（TSKgel G3000SWXL）上分离。检测限（信噪比3）为0.8-6.0 pmol。在碱性磷酸酶介导的脱磷酸化后，5'-磷酸化核苷酸也会生成荧光衍生物。

  DOI：

  10.1248/cpb.40.2559
• 作为产物：
  描述：

  N-苯甲酰基-5’-O-叔丁基二甲基硅烷基-2’-脱氧腺苷 在 1H-1,2,4-三唑 、 四氮唑 、 sodium hydroxide 、 2,4,6-三异丙基苯磺酰氯 、 四丁基氟化铵 作用下， 反应 12.02h， 生成 2'-deoxyadenosylyl-(3',5')-thymidine phosphate
  参考文献：
  名称：

  Synthesis and properties of DNA oligomers containing an O4-ethylated thymine. d(e⁴TpA), d(Ape⁴T), d(Ape⁴TpA), and d(Tpe⁴TpT)

  摘要：

  通过磷酸三酯法合成了含有O4-乙基化胸腺嘧啶（e⁴Thy）和腺嘌呤（Ade）碱基的DNA寡核苷酸，即d(e⁴TpA)、d(Ape⁴T)和d(Ape⁴TpA)，以及它们未修饰的类似物，即d(TpA)、d(ApT)和d(ApTpA)，以及d(Tpe⁴TpT)。在300和500 MHz下从10到70°C获得的¹H NMR化学位移数据显示，这些分子在水溶液中在低温下形成右旋微螺旋；O4-乙基基团的存在似乎对胸腺嘧啶碱基的堆叠几何没有显著影响。通过在类似温度范围内获得的圆二色数据确认了右旋堆叠的存在。糖环的耦合常数表明d(e⁴TpA)的e⁴Tp单元不像d(e⁴TpT)的相应单元那样向3'-内褶叠（N）发生移位。在负离子模式下通过快速原子轰击质谱（FAB-MS）获得的光谱中观察到修改和未修改分子的显著准分子离子峰[M – H]⁻，表明易失性的O4-乙基基团足够稳定，可以承受该方法中使用的电离过程。此外，观察到了一些片段离子峰，如[O4-乙基胸腺嘧啶 – H]⁻，揭示了FAB-MS用于表征被烷化剂修改的DNA寡聚物的潜力。关键词：寡核苷酸，O-烷基化，立体化学，NMR，质谱。

  DOI：

  10.1139/v90-308

文献信息

• O-Selectivity and Utility of Phosphorylation Mediated by Phosphite Triester Intermediates in the N-Unprotected Phosphoramidite Method
  作者：Akihiro Ohkubo、Yusuke Ezawa、Kohji Seio、Mitsuo Sekine

  DOI：10.1021/ja048125h

  日期：2004.9.1

  molecular orbital interactions between the reactive intermediates and the nucleophiles such as the amino or hydroxyl groups of nucleosides. Furthermore, longer oligonucleotides were synthesized not only by a manual operation but also by a DNA synthesizer. The utility of our new method was demonstrated by the successful synthesis of a base-labile modified oligodeoxyribonucleotide having 4-N-acetyldeoxycytidine

  以前，由于 dA 和 dC 的氨基对三价磷 (III) 型亚磷酸化试剂具有高反应性，因此无法在 N-未保护的亚磷酰胺方法中进行聚合物载体上的 O 选择性磷酸化。在本文中，我们开发了一种名为“活化亚磷酸酯方法”的新偶联策略，其中亚磷酸三酯中间体 1 介导了亚磷酸化。将 1-羟基苯并三唑作为促进剂应用于固相合成导致了优异的 O-选择性超过 99.7%。这种 O 选择性可以通过反应中间体和亲核试剂（如核苷的氨基或羟基）之间的前沿分子轨道相互作用来解释。此外，更长的寡核苷酸不仅可以通过手动操作合成，也可以通过 DNA 合成仪合成。通过成功合成具有 4-N-乙酰脱氧胞苷残基的碱不稳定修饰寡脱氧核糖核苷酸，证明了我们新方法的实用性。最后，通过使用 6-三氟甲基-1-羟基苯并三唑和苯并咪唑鎓三氟甲磺酸盐的组合试剂，可以以良好的产率合成含有 dA 或 dC 的 DNA 20 聚体。
• A new approach to the synthesis of phosphotriester intermediates of nucleosides and nucleic acids
  作者：G. van der Marel、C.A.A. van Boeckel、G. Wille、J.H. van Boom

  DOI：10.1016/s0040-4039(01)91336-x

  日期：1981.1

  Aryl phosphorodichloridates can be converted by means of 1-hydroxybenzotriazole into an effective phosphorylating agent, which can be applied to the synthesis of phosphotriester intermediates of nucleic acids.

  可以通过1-羟基苯并三唑将芳基二氯磷酸酯转化为有效的磷酸化剂，该试剂可以用于合成核酸的磷酸三酯中间体。
• Synthesis of 1′#,2′,3′,4′#,5′,5″-2H6-β-D-ribonucleosides and 1′#, 2′,2″,3′,4′#,5′,5″-2H7-β-D-2′-deoxyribonucleosides for selective suppression of proton resonances in partially-deuterated oligo-DNA, oligo-RNA and in 2,5A core (1H-NMR window)
  作者：András Földesi、Frans Peder R. Nilson、Corine Glemarec、Carlo Gioeli、Jyoti Chattopadhyaya

  DOI：10.1016/s0040-4020(01)82001-9

  日期：1992.1

  1′#,2′,3′,4′#,5′,5″-2H6-ribonucleosides 13 – 16 were converted in high yields to the corresponding 1′#,2′,2″,3′,4′#,5′,5″-2H7-2′-deoxynucleosides 41 – 44 in the following manner: 3′,5′-O-(1,1,3,3-tetraisopropyldisiloxane-1,3-diyl (TPDS))-1′#,2′,3′,4#′,5′,5″-2H6-nucleosides 29 – 32 were converted to the corresponding 2′-O-phenoxythiocarbonyl derivatives 33 – 36, which were deoxygenated by tri-n-butyltin

  阮内镍-2 H 2 O在甲基α/β-D-呋喃核糖苷[α/β= 〜3：10] 1的差向异构体混合物上的交换反应产生了甲基1 ＃，2,3,4 ＃，5,5'- 2 H 6 -α/β-呋喃核糖苷2 [在C2，C3，C5 / 5'处为97原子％2 H；C 4（C4 ＃）〜85原子％2 H ；在C1（C1 ＃）]处约20个原子％2 H，以60 – 80％的产率获得，同时还得到了差向异构的木糖和阿拉伯糖副产物。在干燥的吡啶中将粗产物2甲苯磺酸化，并在硅胶柱上小心分离，得到纯的1-O-甲基-2,3,5-三-O-（4-甲苯甲酰基）-α/β-D-1＃，2,3,4 ＃，5,5'- 2 H 6-核呋喃糖苷4（48％）。4转化为1-O-乙酰基-2,3,5-三-O-甲苯甲酰基-α/β-D-1 ＃，2,3,4 ＃，5,5'- 2 H 6-核呋喃糖苷6（ 82％的人提供了合成氘核糖核苷用于RNA或DNA合成的关键组成部分。然后将化合物6与甲硅烷基尿嘧啶，N
• N-pent-4-enoyl nucleosides: Application in the synthesis of support-bound and free oligonucleotide analogs by the H-phosphonate approach
  作者：Radhakrishnan P. Iyer、Theresa Devlin、Ivan Habus、Nan-Hui Ho、Dong Yu、Sudhir Agrawal

  DOI：10.1016/0040-4039(96)00066-4

  日期：1996.3

  N-pent-4-enoyl nucleoside H-phosphonates are versatile building blocks for the synthesis of support-bound and free oligonucleotide analogs.

  N-戊-4-烯酰基核苷H-膦酸酯是用于合成支持物结合的和游离的寡核苷酸类似物的通用结构单元。
• Specific Interactions of Antitumor Metallocenes with Deoxydinucleoside Monophosphates
  作者：Rahel P. Eberle、Yvonne Hari、Stefan Schürch

  DOI：10.1007/s13361-017-1697-9

  日期：2017.9.1

  with the hard and soft (Lewis) acids and bases (HSAB) concept. However, the binding specificities were found to be unique for each metallocene. The hard Lewis acids titanium and vanadium predominantly bind to the deprotonated phosphate oxygen, whereas molybdenum, an intermediate Lewis acid, preferentially interacts with the nucleobases. Nucleobases comprise alternative binding sites for titanium and

  已知弯曲的茂金属Cp2MCl2（M = Ti，V，Nb，Mo）对多种癌症表现出细胞毒活性。尽管尚未完全了解其作用机理，但核中金属离子的积累指向DNA作为主要靶标之一。使用一组八种脱氧二核苷单磷酸酯来研究茂金属和顺铂的加合物收率。结合亲和力由加合物的相对强度反映，并发现其遵循的顺序为Pt> V> Ti> Mo（Nb未检测到加合物）。应用高分辨率串联质谱法确定脱氧二核苷单磷酸中的结合模式。顺铂与嘌呤核碱基中的软氮原子结合，而茂金属还与硬磷酸盐氧相互作用，这与硬（软）（路易斯）酸和碱（HSAB）的概念非常吻合。然而，发现每种金属茂的结合特异性都是独特的。硬路易斯酸钛和钒主要与去质子化的磷酸氧结合，而钼（一种中间路易斯酸）则优先与核碱基相互作用。核碱基包含钛和钒的替代结合位点，大概是第一个是氧原子，而第二个是氮原子。总之，加合物的气相离解反映了不同金属药物的固有结合行为。因此，MS / MS可以洞