dimethyl 4-benzyl-2-oxoglutarate dimethyl acetal | 112428-09-8

• 分子结构分类: 有机化合物 - 脂质和类脂质分子 - 脂肪酰基
• 英文名称: dimethyl 4-benzyl-2-oxoglutarate dimethyl acetal
• 英文别名: 4-benzyl-2-oxoglutaric acid dimethylester dimethylketal；Dimethyl 4-benzyl-2,2-dimethoxypentanedioate
• CAS: 112428-09-8
• 化学式: C₁₆H₂₂O₆
• 分子量: 310.347
• InChiKey: VKUHHFIHSPKJSU-UHFFFAOYSA-N

物化性质

• 沸点：
  420.8±34.0 °C(Predicted)
• 密度：
  1.130±0.06 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  2
• 重原子数：
  22
• 可旋转键数：
  10
• 环数：
  1.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.5
• 拓扑面积：
  71.1
• 氢给体数：
  0
• 氢受体数：
  6

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  dimethyl 4-benzyl-2-oxoglutarate dimethyl acetal 在 三氟乙酸 作用下， 以 二氯甲烷 、 水 为溶剂， 反应 2.0h， 生成 dimethyl 4-benzyl-2-oxoglutarate
  参考文献：
  名称：

  使用非生物辅因子对组蛋白去甲基化酶进行等位基因特异性化学拯救

  摘要：

  由于它们在折叠和功能上的相似性，从共同祖先基因进化而来的密切相关的蛋白质家族在开发成员特异性和亚型特异性化学探针方面存在重大障碍。在这项工作中，我们探索了一种等位基因特异性化学拯救策略，以使用合成辅助因子激活野生型蛋白质的“死”变体，并证明其成功应用于依赖 α-酮戊二酸 (αKG) 的组蛋白去甲基化酶 4 的成员(KDM4) 家族。我们表明，催化位点中特定残基的突变使变体对天然共底物无活性。相比之下，具有适当立体电子特征的 αKG 衍生物赋予突变体类似天然的去甲基化酶活性，同时对一组野生型双加氧酶保持耐火性。正交酶辅因子对证明了细胞环境中全长染色体组蛋白的位点和程度特异性赖氨酸去甲基化。我们的工作提供了一种策略，通过识别和改造保守的苯丙氨酸残基来调节特定的组蛋白去甲基化酶，该残基充当 KDM4 亚家族中的看门人，使酶对一组新的 αKG 衍生物敏感。本文开发的正交对将用作研究哺乳动物基因表达

  DOI：

  10.1021/acschembio.1c00335
• 作为产物：
  描述：

  dimethyl 2,2-dimethoxyglutarate 、 溴甲苯 在 lithium hexamethyldisilazane 作用下， 以 四氢呋喃 为溶剂， 反应 1.0h， 生成 dimethyl 4-benzyl-2-oxoglutarate dimethyl acetal
  参考文献：
  名称：

  使用非生物辅因子对组蛋白去甲基化酶进行等位基因特异性化学拯救

  摘要：

  由于它们在折叠和功能上的相似性，从共同祖先基因进化而来的密切相关的蛋白质家族在开发成员特异性和亚型特异性化学探针方面存在重大障碍。在这项工作中，我们探索了一种等位基因特异性化学拯救策略，以使用合成辅助因子激活野生型蛋白质的“死”变体，并证明其成功应用于依赖 α-酮戊二酸 (αKG) 的组蛋白去甲基化酶 4 的成员(KDM4) 家族。我们表明，催化位点中特定残基的突变使变体对天然共底物无活性。相比之下，具有适当立体电子特征的 αKG 衍生物赋予突变体类似天然的去甲基化酶活性，同时对一组野生型双加氧酶保持耐火性。正交酶辅因子对证明了细胞环境中全长染色体组蛋白的位点和程度特异性赖氨酸去甲基化。我们的工作提供了一种策略，通过识别和改造保守的苯丙氨酸残基来调节特定的组蛋白去甲基化酶，该残基充当 KDM4 亚家族中的看门人，使酶对一组新的 αKG 衍生物敏感。本文开发的正交对将用作研究哺乳动物基因表达

  DOI：

  10.1021/acschembio.1c00335

文献信息

• Antibiotic
  申请人：Takeda Chemical Industries, Ltd.

  公开号：US04851422A1

  公开（公告）日：1989-07-25

  The compound represented by the formula: ##STR1## where R.sup.1 stands for amino or an organic residue bonded through nitrogen; R.sup.2 stands for carboxyl or a group derivable therefrom; R.sup.3, R.sup.4, R.sup.5, R.sup.6, R.sup.7 and R.sup.8 independently stand for hydrogen or an organic residue, including the case where R.sup.5 or R.sup.6 forms a chemical bond or a ring with R.sup.7 or R.sup.8 ; X stands for hydrogen, methoxy or formylamino; or a salt thereof, produceable by the present method, exhibits excellent antimicrobial activity, and is utilized as antimicrobial agents.

  该化合物由以下结构式表示：##STR1## 其中，R1代表氨基或通过氮原子连接的有机残基；R2代表羧基或由此衍生的基团；R3、R4、R5、R6、R7和R8各自独立地代表氢或有机残基，包括R5或R6与R7或R8形成化学键或环的情况；X代表氢、甲氧基或甲酰氨基；或其盐，可通过本方法制备，表现出优异的抗菌活性，并被用作抗菌剂。
• Antibiotic derivatives, their production and use
  申请人：Takeda Chemical Industries, Ltd.

  公开号：EP0219923A1

  公开（公告）日：1987-04-29

  The compound represented by the formula: where R' stands for amino or an organic residue bonded through nitrogen; R2 stands for carooxyl ora group derivable therefrom; R3, R4, R5, R6, R7 and R8 independently stand for hydrogen or an organic residue, including the case where R5 or R6 forms a chemical bond or a ring with R7 or R8: X stands for hvdrogen, methoxy or formylamino; or a salt thereof, pro- duceaole by the present method. exnibits excellent antimicrobial activity, and is utilized as antimicrobial agents.

  式所代表的化合物： 其中，R'代表氨基或通过氮键结合的有机残基；R2代表甲氧羰基或可由其衍生的基团；R3、R4、R5、R6、R7 和 R8 分别代表氢或有机残基，包括 R5 或 R6 与 R7 或 R8 形成化学键或环状的情况：X 代表氢、甲氧基或甲酰氨基；或其盐，通过本方法制得。它们具有优异的抗菌活性，可用作抗菌剂。
• US4851422A
  申请人：——

  公开号：US4851422A

  公开（公告）日：1989-07-25
• Allele-Specific Chemical Rescue of Histone Demethylases Using Abiotic Cofactors
  作者：Valerie Scott、Debasis Dey、Jordan Kuwik、Kathryn Hinkelman、Megan Waldman、Kabirul Islam

  DOI：10.1021/acschembio.1c00335

  日期：2022.12.16

  dioxygenases. The orthogonal enzyme-cofactor pairs demonstrated site- and degree-specific lysine demethylation on a full-length chromosomal histone in the cellular milieu. Our work offers a strategy to modulate a specific histone demethylase by identifying and engineering a conserved phenylalanine residue, which acts as a gatekeeper in the KDM4 subfamily, to sensitize the enzyme toward a novel set

  由于它们在折叠和功能上的相似性，从共同祖先基因进化而来的密切相关的蛋白质家族在开发成员特异性和亚型特异性化学探针方面存在重大障碍。在这项工作中，我们探索了一种等位基因特异性化学拯救策略，以使用合成辅助因子激活野生型蛋白质的“死”变体，并证明其成功应用于依赖 α-酮戊二酸 (αKG) 的组蛋白去甲基化酶 4 的成员(KDM4) 家族。我们表明，催化位点中特定残基的突变使变体对天然共底物无活性。相比之下，具有适当立体电子特征的 αKG 衍生物赋予突变体类似天然的去甲基化酶活性，同时对一组野生型双加氧酶保持耐火性。正交酶辅因子对证明了细胞环境中全长染色体组蛋白的位点和程度特异性赖氨酸去甲基化。我们的工作提供了一种策略，通过识别和改造保守的苯丙氨酸残基来调节特定的组蛋白去甲基化酶，该残基充当 KDM4 亚家族中的看门人，使酶对一组新的 αKG 衍生物敏感。本文开发的正交对将用作研究哺乳动物基因表达