基于片段的方法与亲电反应性化合物相结合是一种强大的策略,可以发现针对蛋白质靶标的新型共价
配体。然而,混杂反应性经常干扰具有对靶蛋白的特异性结合亲和力的片段的鉴定。在我们的研究中,我们报告了使用
化学调谐的
氯氟乙酰胺(CFA)的弱反应性发现基于片段的共价药物。我们构建了一个由30个CFA附加化合物组成的小片段文库,并将其应用于半胱
氨酸
蛋白酶木瓜蛋白酶作为模型蛋白靶标的共价
配体筛选。使用荧光酶促测定,我们鉴定出CFA-
苯并噻唑30为木瓜蛋白酶抑制剂,经酶动力学分析发现它可逆地使
木瓜蛋白酶失活。使用电喷雾电离质谱分析法确认了共价
木瓜蛋白酶30加合物的形成。基于活性的蛋白质谱分析(A
BPP)实验使用了30(即30炔)的炔基化类似物,表明30炔共价标记的
木瓜蛋白酶具有很高的选择性。这些数据证明了CFA片段文库在从头发现靶标选择性共价
抑制剂的潜在效用。