N-(N-tert-butyloxycarbonylaminomethyl)-N-(N¹-thyminylacetyl)-β-alanine ethyl ester | 161713-33-3

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机酸及其衍生物 - 肽模拟物
• 英文名称: N-(N-tert-butyloxycarbonylaminomethyl)-N-(N¹-thyminylacetyl)-β-alanine ethyl ester
• 英文别名: N-(N-tert-Butyloxycarbonyl-aminomethyl)-N-(N1-thyminylacetyl)-beta-alanine ethylester；ethyl 3-[[2-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)acetyl]-[[(2-methylpropan-2-yl)oxycarbonylamino]methyl]amino]propanoate
• CAS: 161713-33-3
• 化学式: C₁₈H₂₈N₄O₇
• 分子量: 412.443
• InChiKey: DIZQVNYGQSCZQK-UHFFFAOYSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  0.1
• 重原子数：
  29
• 可旋转键数：
  11
• 环数：
  1.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.61
• 拓扑面积：
  134
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  7

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  N-(N-tert-butyloxycarbonylaminomethyl)-N-(N¹-thyminylacetyl)-β-alanine ethyl ester 在 三氟乙酸 作用下， 以 二氯甲烷 为溶剂， 反应 0.33h， 生成
  参考文献：
  名称：

  “逆转”肽核酸的合成：2.寡聚化和稳定性

  摘要：

  通过嵌段合成或通过溶液和固相化学的结合来制备含有N-（氨基甲基）β-丙氨酸骨架的新型PNA低聚物（“逆向” PNA）。在pH 7.0（20°C）下，未保护的N末端的半衰期为38 h，并且与pH有关。

  DOI：

  10.1016/0040-4039(95)01375-r
• 作为产物：
  描述：

  N-(carbamoylmethyl)-β-alanine ethylester 在 potassium carbonate 、 N,N'-二环己基碳二亚胺 、 [双(三氟乙酰氧基)碘]苯 作用下， 以 二氯甲烷 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 22.0h， 生成 N-(N-tert-butyloxycarbonylaminomethyl)-N-(N¹-thyminylacetyl)-β-alanine ethyl ester
  参考文献：
  名称：

  A ‘Retro–Inverso’ PNA: structural implications for DNA and RNA binding

  摘要：

  '逆向-转位'胸腺嘧啶（T*: N-(酰胺甲基)-N-(1-胸腺嘧啶-乙酰基)-β-丙氨酰）和腺嘌呤肽核酸（PNA）单体已被制备并引入到PNA寡聚体中。发现一种同源的逆向-转位T-8* PNA并不与互补的DNA或RNA寡聚体杂交，而将一个逆向-转位胸腺嘧啶单位引入到正常PNA 15聚中的中间位置，导致其与互补的DNA或RNA寡聚体形成的复合物稳定性降低了约8°C。为了补偿由T*单体引起的结构碱基的"相位变化"，同时引入了一个β-丙氨酸单体，结果表明，当与DNA杂交时，T*骨架的效果为-7°C，而当与RNA杂交时为-4.5°C。尽管如此，T*单位显示出与正常PNA相当的良好序列鉴别能力。分子动力学模拟表明，骨架酰胺羰基的构象不利，导致与水介质的相互作用减少，并与碱基连接物的羰基发生"静电碰撞"。这些结果表明，简单地反转PNA主链中的一个酰胺键，对寡聚体的DNA模拟性质产生了巨大且难以预测的影响。©1998 Elsevier Science Ltd.版权所有。

  DOI：

  10.1016/s0968-0896(98)00152-7

文献信息

• Synthesis of ‘retro-inverso’ peptide nucleic acids: 1. Characterization of the monomers
  作者：Achim H. Krotz、Ole Buchardt、Peter E. Nielsen

  DOI：10.1016/0040-4039(95)01374-q

  日期：1995.9

  Novel monomeric building blocks 4a and 4b of peptide nucleic acids with an N-(aminomethyl) β-alanine backbone (‘retro-inverso’ PNA) are conveniently synthesized via Hofmann rearrangement. In the major rotamer the side chain carbonyl points toward the C terminus.

  新颖单体结构单元4A和4B的肽核酸与ñ - （氨基甲基）β丙氨酸骨干（“逆反” PNA）被方便地合成通过霍夫曼重排。在主要的旋转异构体中，侧链羰基指向C末端。
• Peptide nucleic acids and synthetic procedures therefor
  申请人：Buchardt Ole

  公开号：US20050009041A1

  公开（公告）日：2005-01-13

  A novel class of compounds, known as peptide nucleic acids, bind complementary ssDNA and RNA strands more strongly than a corresponding DNA. The peptide nucleic acids generally comprise ligands such as naturally occurring DNA bases attached to a peptide backbone through a suitable linker.

  一种新型化合物，被称为肽核酸，能够比相应的DNA更强烈地结合互补的单链DNA和RNA。肽核酸通常包括配体，如天然存在的DNA碱基，通过适当的连接剂连接到肽骨架上。
• Synthetic procedures for peptide nucleic acids
  申请人：——

  公开号：US06713602B1

  公开（公告）日：2004-03-30

  A novel class of compounds, known as peptide nucleic acids, bind complementary ssDNA and RNA strands more strongly than a corresponding DNA. The peptide nucleic acids generally comprise ligands such as naturally occurring DNA bases attached to a peptide backbone through a suitable linker.

  一种新型化合物被称为肽核酸，与互补的单链DNA和RNA比相应的DNA更强地结合。肽核酸通常包括配体，如天然存在的DNA碱基，通过适当的连接剂连接到肽骨架上。
• A ‘Retro–Inverso’ PNA: structural implications for DNA and RNA binding
  作者：Achim H. Krotz、Sine Larsen、Ole Buchardt、Magdalena Eriksson、Peter E. Nielsen

  DOI：10.1016/s0968-0896(98)00152-7

  日期：1998.11

  'Retro-inverso' peptide nucleic acid (PNA) monomers of thymine (T*: N-(amidomethyl)-N-(N-1-thyminyl-acetyl)-beta-alanyl) land adenine) have been prepared and introduced in PNA oligomers. A homo 'retro-inverso' T-8* PNA was found not to hybridize to a complementary DNA or RNA oligonucleotide, whereas introduction of one retro- inverso thymine unit into the middle of a normal PNA 15-mer resulted in a ca. 8 degrees C destabilization of the complex of this oligomer with a complementary DNA or RNA oligomer. In an effort to compensate for the structural nucleobase 'phase-shift' caused by the T* monomer by also introducing a beta-alanine monomer it is concluded that the effect of the T* backbone is -7 degrees C when hybridizing to DNA and -4.5 degrees C when hybridizing to RNA. Nonetheless, the T* unit shows good sequence discrimination comparable to that of normal PNA. Molecular dynamics simulations indicate an unfavourable conformation of the backbone amide carbonyl group resulting in reduced interaction with the aqueous medium and an 'electrostatic clash' with the carbonyl of the nucleobase linker. These results show that a simple inversion of an amide bond in the PNA. backbone has a dramatic, and hardly predictable, effect on the DNA mimicking properties of the oligomer. (C) 1998 Published by Elsevier Science Ltd. All rights reserved.

  '逆向-转位'胸腺嘧啶（T*: N-(酰胺甲基)-N-(1-胸腺嘧啶-乙酰基)-β-丙氨酰）和腺嘌呤肽核酸（PNA）单体已被制备并引入到PNA寡聚体中。发现一种同源的逆向-转位T-8* PNA并不与互补的DNA或RNA寡聚体杂交，而将一个逆向-转位胸腺嘧啶单位引入到正常PNA 15聚中的中间位置，导致其与互补的DNA或RNA寡聚体形成的复合物稳定性降低了约8°C。为了补偿由T*单体引起的结构碱基的"相位变化"，同时引入了一个β-丙氨酸单体，结果表明，当与DNA杂交时，T*骨架的效果为-7°C，而当与RNA杂交时为-4.5°C。尽管如此，T*单位显示出与正常PNA相当的良好序列鉴别能力。分子动力学模拟表明，骨架酰胺羰基的构象不利，导致与水介质的相互作用减少，并与碱基连接物的羰基发生"静电碰撞"。这些结果表明，简单地反转PNA主链中的一个酰胺键，对寡聚体的DNA模拟性质产生了巨大且难以预测的影响。©1998 Elsevier Science Ltd.版权所有。
• Synthesis of ‘retro-inverso’ peptide nucleic acids: 2. Oligomerization and stability
  作者：Achim H. Krotz、Ole Buchardt、Peter E. Nielsen

  DOI：10.1016/0040-4039(95)01375-r

  日期：1995.9

  Novel PNA oligomers containing an N-(aminomethyl) β-alanine backbone (‘retroinverso’ PNA) were prepared via blocksynthesis or via a combination of solution and solid-phase chemistry. The half-life time of the unprotected N terminus is 38 h at pH 7.0 (20 °C) and is pH dependent.

  通过嵌段合成或通过溶液和固相化学的结合来制备含有N-（氨基甲基）β-丙氨酸骨架的新型PNA低聚物（“逆向” PNA）。在pH 7.0（20°C）下，未保护的N末端的半衰期为38 h，并且与pH有关。