Structural and computational basis for potent inhibition of glutamate carboxypeptidase II by carbamate-based inhibitors
作者:Cyril Barinka、Zora Novakova、Niyada Hin、Daniel Bím、Dana V. Ferraris、Bridget Duvall、Gabriel Kabarriti、Reiji Tsukamoto、Milos Budesinsky、Lucia Motlova、Camilo Rojas、Barbara S. Slusher、Tibor András Rokob、Lubomír Rulíšek、Takashi Tsukamoto
DOI:10.1016/j.bmc.2018.11.022
日期:2019.1
2-oxypentanedioic acid was more potent than compound 5 containing a C-terminal glutamic acid (2-aminopentanedioic acid) despite GCPII's preference for peptides containing an N-terminal glutamate as substrates. Subsequent crystallographic analysis revealed that ZJ-43 and its two carbamate analogs 5 and 7 with the same (S,S)-stereochemical configuration adopt a nearly identical binding mode while (R,S)-carbamate
采用 ZJ-43、N-[[[(1S)-1-carboxy-3-methylbutyl]amino]carbonyl]-l-glutamic acid,作为分子模板,以便更好地了解用氧原子替换基于尿素的 GCPII 抑制剂中的两个氮原子之一的影响。尽管 GCPII 偏爱含有 N 端谷氨酸作为底物的肽,但含有 C 端 2-氧戊二酸的化合物 7 比含有 C 端谷氨酸(2-氨基戊二酸)的化合物 5 更有效。随后的晶体学分析表明,ZJ-43及其两个具有相同(S,S)-立体化学构型的氨基甲酸酯类似物5和7采用几乎相同的结合方式,而(R,含有 d-亮氨酸的 S)-氨基甲酸酯类似物 8 形成较不广泛的氢键网络。QM 和 QM/MM 计算已确定 GCPII 活性位点中没有特定的相互作用可以将 ZJ-43 与化合物 5 和 7 区分开来,并将 ZJ-43 和化合物 7 的更高效力归因于与转移相关的自由能变化由