5-O-(tert-butyldiphenylsilyl)-4-C-[3-(1,1-dibromoallyl)]-1,2-O-isopropylidene-3-O-(2-naphthylmethyl)-α-D-ribofuranose | 1092803-38-7

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 萘
• 英文名称: 5-O-(tert-butyldiphenylsilyl)-4-C-[3-(1,1-dibromoallyl)]-1,2-O-isopropylidene-3-O-(2-naphthylmethyl)-α-D-ribofuranose
• CAS: 1092803-38-7
• 化学式: C₃₈H₄₂Br₂O₅Si
• 分子量: 766.642
• InChiKey: LKRBBKPPAVIJMF-PWRQVIKYSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  8.57
• 重原子数：
  46.0
• 可旋转键数：
  10.0
• 环数：
  6.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.37
• 拓扑面积：
  46.15
• 氢给体数：
  0.0
• 氢受体数：
  5.0

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  5-O-(tert-butyldiphenylsilyl)-4-C-[3-(1,1-dibromoallyl)]-1,2-O-isopropylidene-3-O-(2-naphthylmethyl)-α-D-ribofuranose 在 吡啶 、 咪唑 、 4-二甲氨基吡啶 、 sodium tetrahydroborate 、 sodium periodate 、 四氧化锇 、 N,O-双三甲硅基乙酰胺 、 三氟甲磺酸三甲基硅酯 、 硫酸 、 四丁基氟化铵 、 氨 、 水 、 三正丁基氢锡 、 sodium hydride 、 2,3-二氯-5,6-二氰基-1,4-苯醌 作用下， 以 四氢呋喃 、 1,4-二氧六环 、 甲醇 、 hexanes 、 二氯甲烷 、 水 、 N,N-二甲基甲酰胺 、 异丙醇 、 甲苯 、 乙腈 、 mineral oil 为溶剂， 反应 84.75h， 生成 ((1R,3R,4S,5S,7S)-3-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)-7-(naphthalen-2-ylmethoxy)-5-((triethylsilyl)oxy)-2-oxabicyclo[2.2.1]heptan-1-yl)methyl acetate
  参考文献：
  名称：

  Carbocyclic bicyclic nucleic acid analogs

  摘要：

  本文提供了饱和和不饱和的碳环二环核苷酸，以及从中制备的寡聚化合物和使用这些寡聚化合物的方法。这些饱和和不饱和的碳环二环核苷酸对于增强包括核酸酶耐受性在内的寡聚化合物的性质非常有用。

  公开号：

  US08278426B2
• 作为产物：
  描述：

  ((3aR,5R,6S,6aR)-5-((tert-butyldiphenylsilyloxy)methyl)-2,2-dimethyl-6-(naphthalen-2-ylmethoxy)-dihydro-5H-furo[3,2-d][1,3]dioxol-5-yl)methanol 在 正丁基锂 、 草酰氯 、 二甲基亚砜 、 9-硼双环[3.3.1]壬烷 、 三苯基膦 作用下， 以 四氢呋喃 、 二氯甲烷 为溶剂， 反应 50.83h， 生成 5-O-(tert-butyldiphenylsilyl)-4-C-[3-(1,1-dibromoallyl)]-1,2-O-isopropylidene-3-O-(2-naphthylmethyl)-α-D-ribofuranose
  参考文献：
  名称：

  Carbocyclic bicyclic nucleic acid analogs

  摘要：

  本文提供了饱和和不饱和的碳环二环核苷酸，以及从中制备的寡聚化合物和使用这些寡聚化合物的方法。这些饱和和不饱和的碳环二环核苷酸对于增强包括核酸酶耐受性在内的寡聚化合物的性质非常有用。

  公开号：

  US08278426B2

文献信息

• An Exocyclic Methylene Group Acts As a Bioisostere of the 2′-Oxygen Atom in LNA
  作者：Punit P. Seth、Charles R. Allerson、Andres Berdeja、Andrew Siwkowski、Pradeep S. Pallan、Hans Gaus、Thazha P. Prakash、Andrew T. Watt、Martin Egli、Eric E. Swayze

  DOI：10.1021/ja105875e

  日期：2010.10.27

  Analysis of crystal structures of cLNA modified self-complementary DNA decamer duplexes revealed that the methylene group participates in a tight interaction with a 2'-deoxyribose residue of the 5'-terminal G of a neighboring duplex, resulting in the formation of a CH...O type hydrogen bond. This indicates that the methylene group retains a negative polarization at the edge of the minor groove in the absence

  我们首次表明，通过用环外亚甲基取代 LNA 中的 2'-氧原子，可以获得与碳环 LNA (cLNA) 类似物的 LNA 样（锁定核酸 1）结合亲和力和生物活性。亚甲基-cLNA 核苷的合成是通过 2'-位的基团和 C-4' 位的丙炔基之间的分子内环化反应完成的。只有亚甲基-cLNA 修饰的寡核苷酸显示出与 LNA 相似的互补核酸的热稳定性和错配鉴别特性。相比之下，结构上密切相关的甲基-cLNA 类似物表现出减弱的杂交特性。cLNA 修饰的自互补 DNA 十聚体双链体的晶体结构分析表明，亚甲基参与与相邻双链体 5'-末端 G 的 2'-脱氧核糖残基的紧密相互作用，从而形成 CH。 ..O型氢键。这表明在没有亲水性 2'-取代基的情况下，亚甲基在小沟的边缘保持负极化，并为这种改性的优异热稳定性提供了基本原理。在动物实验中，与 LNA ASO 相比，亚甲基-cLNA 反义寡核苷酸 (ASO) 显示出相似的体内活性，但毒性降低。