Hx-amides: DNA sequence recognition by the fluorescent Hx (p-anisylbenzimidazole)•pyrrole and Hx•imidazole pairings
作者:Vijay Satam、Pravin Patil、Balaji Babu、Matthew Gregory、Michael Bowerman、Mia Savagian、Megan Lee、Samuel Tzou、Kevin Olson、Yang Liu、Joseph Ramos、W. David Wilson、John P. Bingham、Kostantinos Kiakos、John A. Hartley、Moses Lee
DOI:10.1016/j.bmcl.2013.01.075
日期:2013.3
studies showed that Hx-amides interacted with DNA via the anti-parallel and stacked, side-by-side motif. Hx was found to mimic the DNA recognition properties of two consecutive pyrrole units (PP) in polyamides. Accordingly, the stacked Hx/PP pairing binds preferentially to two consecutive AT base pairs, A/T–A/T; Hx/IP prefers C–A/T; Hx/PI prefers A/T–C; and Hx/II prefers C–C. The results also showed that
Hx-amides 是含咪唑 (I) 和吡咯 (P) 的聚酰胺和 Hoechst 33258 的荧光杂化物,它们结合在特定 DNA 序列的小沟中。HxII ( 5 ) 的合成和 DNA 结合研究完成了我们对第一组 Hx-酰胺的研究:Hx–I/P–I/P。HxPP ( 2 )、HxIP ( 3 ) 和 HxPI ( 4 ) 早先报道过。DNase I 足迹、生物传感器-SPR、CD 和 Δ T M的结果研究表明,Hx-酰胺通过反平行和堆叠的并排基序与 DNA 相互作用。发现 Hx 可以模拟聚酰胺中两个连续吡咯单元 (PP) 的 DNA 识别特性。因此,堆叠的 Hx/PP 配对优先结合两个连续的 AT 碱基对,A/T–A/T;Hx/IP 更喜欢 C–A/T;Hx/PI 更喜欢 A/T–C;Hx/II 更喜欢 C–C。结果还表明,Hx-酰胺以比它们的甲酰胺-三酰胺对应物更高的亲和力结合它们的同源序列。