5-乙炔基-2'-脱氧胞苷 | 69075-47-4

• 物质功能分类: 医药中间体
• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 中文名称: 5-乙炔基-2'-脱氧胞苷
• 英文名称: 5-ethynyl-2'-deoxycytidine
• 英文别名: 5-ethynyl-dC；4-amino-5-ethynyl-1-[(2R,4S,5R)-4-hydroxy-5-(hydroxymethyl)oxolan-2-yl]pyrimidin-2-one
• CAS: 69075-47-4
• 化学式: C₁₁H₁₃N₃O₄
• 分子量: 251.242
• InChiKey: HMJSYXIPNSASJY-DJLDLDEBSA-N

物化性质

• 熔点：
  191 °C (decomp)(Solv: dichloromethane (75-09-2); methanol (67-56-1))
• 沸点：
  475.7±55.0 °C(Predicted)
• 密度：
  1.54±0.1 g/cm3(Predicted)
• 溶解度：
  DMF：5mg/mL；二甲基亚砜：20mg/mL； PBS（pH 7.2）：10 mg/mL
• 最大波长(λmax)：
  292nm(H2O)(lit.)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -1.5
• 重原子数：
  18
• 可旋转键数：
  3
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.45
• 拓扑面积：
  108
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  4

安全信息

• WGK Germany：
  3
• 危险性防范说明：
  P261,P305+P351+P338
• 危险性描述：
  H302,H315,H319,H335
• 储存条件：
  室温且干燥环境下使用。

SDS

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模块 1. 化学品
1.1 产品标识符
: 5-Ethynyl-2′-deoxycytidine, (EdC)
产品名称
1.2 鉴别的其他方法
无数据资料
1.3 有关的确定了的物质或混合物的用途和建议不适合的用途
仅用于研发。不作为药品、家庭或其它用途。

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模块 2. 危险性概述
2.1 GHS-分类
非危险物质或混合物。
2.3 其它危害物 - 无

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模块 3. 成分/组成信息
3.1 物 质
: C11H13N3O4
分子式
: 251.24 g/mol
分子量
无

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模块 4. 急救措施
4.1 必要的急救措施描述
吸入
如果吸入,请将患者移到新鲜空气处。 如呼吸停止,进行人工呼吸。
皮肤接触
用肥皂和大量的水冲洗。
眼睛接触
用水冲洗眼睛作为预防措施。
食入
切勿给失去知觉者通过口喂任何东西。 用水漱口。
4.2 主要症状和影响，急性和迟发效应
据我们所知，此化学，物理和毒性性质尚未经完整的研究。
4.3 及时的医疗处理和所需的特殊处理的说明和指示
无数据资料

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模块 5. 消防措施
5.1 灭火介质
灭火方法及灭火剂
用水雾,抗乙醇泡沫,干粉或二氧化碳灭火。
5.2 源于此物质或混合物的特别的危害
碳氧化物, 氮氧化物
5.3 给消防员的建议
如必要的话,戴自给式呼吸器去救火。
5.4 进一步信息
无数据资料

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模块 6. 泄露应急处理
6.1 作业人员防护措施、防护装备和应急处置程序
避免粉尘生成。 避免吸入蒸气、烟雾或气体。
6.2 环境保护措施
不要让产品进入下水道。
6.3 泄漏化学品的收容、清除方法及所使用的处置材料
扫掉和铲掉。 放入合适的封闭的容器中待处理。
6.4 参考其他部分
丢弃处理请参阅第13节。

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模块 7. 操作处置与储存
7.1 安全操作的注意事项
在有粉尘生成的地方,提供合适的排风设备。
7.2 安全储存的条件,包括任何不兼容性
贮存在阴凉处。 使容器保持密闭，储存在干燥通风处。
7.3 特定用途
无数据资料

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模块 8. 接触控制和个体防护
8.1 容许浓度
最高容许浓度
没有已知的国家规定的暴露极限。
8.2 暴露控制
适当的技术控制
常规的工业卫生操作。
个体防护设备
眼/面保护
请使用经官方标准如NIOSH (美国) 或 EN 166(欧盟) 检测与批准的设备防护眼部。
皮肤保护
戴手套取 手套在使用前必须受检查。
请使用合适的方法脱除手套(不要接触手套外部表面),避免任何皮肤部位接触此产品.
使用后请将被污染过的手套根据相关法律法规和有效的实验室规章程序谨慎处理. 请清洗并吹干双手
所选择的保护手套必须符合EU的89/686/EEC规定和从它衍生出来的EN 376标准。
身体保护
根据危险物质的类型，浓度和量，以及特定的工作场所选择身体保护措施。,
防护设备的类型必须根据特定工作场所中的危险物的浓度和数量来选择。
呼吸系统防护
不需要保护呼吸。如需防护粉尘损害，请使用N95型（US）或P1型（EN 143)防尘面具。
呼吸器使用经过测试并通过政府标准如NIOSH（US）或CEN（EU）的呼吸器和零件。

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模块 9. 理化特性
9.1 基本的理化特性的信息
a) 外观与性状
形状: 固体
b) 气味
无数据资料
c) 气味阈值
无数据资料
d) pH值
无数据资料
e) 熔点/凝固点
无数据资料
f) 沸点、初沸点和沸程
无数据资料
g) 闪点
无数据资料
h) 蒸发速率
无数据资料
i) 易燃性(固体,气体)
无数据资料
j) 高的/低的燃烧性或爆炸性限度 无数据资料
k) 蒸气压
无数据资料
l) 蒸汽密度
无数据资料
m) 密度/相对密度
无数据资料
n) 水溶性
无数据资料
o) n-辛醇/水分配系数
无数据资料
p) 自燃温度
无数据资料
q) 分解温度
无数据资料
r) 粘度
无数据资料

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模块 10. 稳定性和反应活性
10.1 反应性
无数据资料
10.2 稳定性
无数据资料
10.3 危险反应
无数据资料
10.4 应避免的条件
无数据资料
10.5 不相容的物质
强氧化剂
10.6 危险的分解产物
其它分解产物 - 无数据资料

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模块 11. 毒理学资料
11.1 毒理学影响的信息
急性毒性
无数据资料
皮肤刺激或腐蚀
无数据资料
眼睛刺激或腐蚀
无数据资料
呼吸道或皮肤过敏
无数据资料
生殖细胞致突变性
无数据资料
致癌性
IARC:
此产品中没有大于或等于 0。1%含量的组分被 IARC鉴别为可能的或肯定的人类致癌物。
生殖毒性
无数据资料
特异性靶器官系统毒性（一次接触）
无数据资料
特异性靶器官系统毒性（反复接触）
无数据资料
吸入危险
无数据资料
潜在的健康影响
吸入 吸入可能有害。 可能引起呼吸道刺激。
摄入 如服入是有害的。
皮肤 通过皮肤吸收可能有害。 可能引起皮肤刺激。
眼睛 可能引起眼睛刺激。
接触后的征兆和症状
据我们所知，此化学，物理和毒性性质尚未经完整的研究。
附加说明
化学物质毒性作用登记: 无数据资料

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模块 12. 生态学资料
12.1 生态毒性
无数据资料
12.2 持久性和降解性
无数据资料
12.3 潜在的生物累积性
无数据资料
12.4 土壤中的迁移性
无数据资料
12.5 PBT 和 vPvB的结果评价
无数据资料
12.6 其它不良影响
无数据资料

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模块 13. 废弃处置
13.1 废物处理方法
产品
受污染的容器和包装
按未用产品处置。

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模块 14. 运输信息
欧洲陆运危规: - 国际海运危规: - 国际空运危规: -
14.2 联合国运输名称
欧洲陆运危规: 非危险货物
国际海运危规: 非危险货物
国际空运危规: 非危险货物
14.3 运输危险类别
欧洲陆运危规: - 国际海运危规: - 国际空运危规: -
14.4 包裹组
欧洲陆运危规: - 国际海运危规: - 国际空运危规: -
14.5 环境危险
欧洲陆运危规: 否 国际海运危规 国际空运危规: 否
海洋污染物（是/否）: 否
14.6 对使用者的特别提醒
无数据资料

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模块 15 - 法规信息
N/A

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模块16 - 其他信息
N/A

制备方法与用途

5-乙炔基-2'-脱氧胞苷是一种有机中间体，可通过将5-碘-2'3'5'-氧-三乙酰基尿苷（15 g，30.23 mmol，等当量）溶解于200 ml CH₂Cl₂∶(C₂H₅)₃N 1∶1 混合溶液中，并在氮气保护下加入(PPh₃)₂PdCl₂（1.59 g，2.27 mmol，等当量的七分之一），CuI（0.86 g，4.52 mmol，等当量的十分之二），以及三甲基硅基乙炔（6.24 g，8.8 ml，63.53 mmol，等当量的二倍）来制备。在氮气保护下常温搅拌20小时后，旋蒸除去溶剂，残余物用300 ml CH₂Cl₂溶解，并依次用水溶液（2×200 ml 10％ EDTA二钠水溶液和200 ml 饱和食盐水）洗涤。水层再用200 ml CH₂Cl₂返萃取，合并有机层并旋干溶剂后进行柱层析分离，使用洗脱剂比例为PE∶EA 3∶1～1∶1，最终得到淡黄色泡沫状产物5-[(三甲基硅基)乙炔基]-2'3'5'-氧-三乙酰基尿苷11.4 g，产率为81％。

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  5-乙炔基-2'-脱氧胞苷 在 磷酸三甲酯 、 三氯氧磷 作用下， 反应 1.0h， 以80%的产率得到5-ethynyl-2’-deoxycytidine 5’-O-phosphate
  参考文献：
  名称：

  叠氮基丙基乙烯基磺酰胺作为生物正交偶联的新型双功能点击试剂：DNA-蛋白质交联的应用

  摘要：

  N-（3-叠氮基丙基）乙烯基磺酰胺是一种新型的双功能生物共轭试剂，适用于在生物正交条件下通过铜（I）催化的叠氮化物-炔烃环加成反应和硫醇迈克尔加成反应使生物分子交联。将该试剂轻松点击到含乙炔的DNA或蛋白质上，然后与含半胱氨酸的肽或蛋白质反应形成共价交联键。给出了乙炔基或辛二炔基修饰的DNA与肽，p53蛋白或炔烃修饰的人碳酸酐酶与肽的生物缀合的几个例子。

  DOI：

  10.1002/chem.201502209
• 作为产物：
  描述：

  5-碘-2'-脱氧胞苷 在 甲醇 、 bis-triphenylphosphine-palladium(II) chloride 、 copper(l) iodide 、 potassium carbonate 、 三乙胺 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 生成 5-乙炔基-2'-脱氧胞苷
  参考文献：
  名称：

  固相DNA寡聚化的配有互补碱基的亚磷酰胺单体的合成。

  摘要：

  我们描述了两个单体的制备，该单体在边缘带有互补的碱基（鸟嘌呤2'-脱氧胞苷和2-氨基腺嘌呤-2'-脱氧尿苷），并且可以方便地保护和活化以进行固相自动DNA合成。我们报告了优化的合成途径，导致涉及的四个核碱基衍生物，它们交叉偶联反应成含二核碱基的单体，以及它们在DNA合成仪中的低聚。

  DOI：

  10.1021/acs.orglett.9b03801

文献信息

• Electron-Mediated Aminyl and Iminyl Radicals from C5 Azido-Modified Pyrimidine Nucleosides Augment Radiation Damage to Cancer Cells
  作者：Zhiwei Wen、Jufang Peng、Paloma R. Tuttle、Yaou Ren、Carol Garcia、Dipra Debnath、Sunny Rishi、Cameron Hanson、Samuel Ward、Anil Kumar、Yanfeng Liu、Weixi Zhao、Peter M. Glazer、Yuan Liu、Michael D. Sevilla、Amitava Adhikary、Stanislaw F. Wnuk

  DOI：10.1021/acs.orglett.8b03035

  日期：2018.12.7

  xyuridine (AvdU) and cytidine (AvdC). The addition of radiation-produced electrons to C5-azido nucleosides leads to the formation of π-aminyl radicals followed by facile conversion to σ-iminyl radicals either via a bimolecular reaction involving intermediate α-azidoalkyl radicals in AmdU/AmdC or by tautomerization in AvdU/AvdC. AmdU demonstrates effective radiosensitization in EMT6 tumor cells.

  合成了两类叠氮基修饰的嘧啶核苷作为潜在的放射增敏剂；一类是5-叠氮甲基-2'-脱氧尿苷(AmdU)和胞苷(AmdC)，第二类是5-(1-叠氮乙烯基)-2'-脱氧尿苷(AvdU)和胞苷(AvdC)。将辐射产生的电子添加到 C5-叠氮基核苷上会导致 π-氨基自由基的形成，然后通过涉及 AmdU/AmdC 中中间体 α-叠氮基烷基自由基的双分子反应或通过 AvdU 中的互变异构化轻松转化为 σ-亚氨基自由基/AvdC。AmdU 在 EMT6 肿瘤细胞中表现出有效的放射增敏作用。
• Exploiting Substrate Promiscuity To Develop Activity-Based Probes for Ten-Eleven Translocation Family Enzymes
  作者：Uday Ghanty、Jamie E. DeNizio、Monica Yun Liu、Rahul M. Kohli

  DOI：10.1021/jacs.8b04722

  日期：2018.12.19

  Ten-eleven translocation (TET) enzymes catalyze repeated oxidations of 5-methylcytosine in genomic DNA. Because of the challenges of tracking reactivity within a complex DNA substrate, chemical tools to probe TET activity are limited, despite these enzyme's crucial role in epigenetic regulation. Here, building on precedents from related Fe(II)/α-ketoglutarate-dependent dioxygenases, we show that TET

  10-11 易位 (TET) 酶催化基因组 DNA 中 5-甲基胞嘧啶的重复氧化。由于追踪复杂 DNA 底物内反应性的挑战，探测 TET 活性的化学工具有限，尽管这些酶在表观遗传调控中发挥着至关重要的作用。在此，基于相关 Fe(II)/α-酮戊二酸依赖性双加氧酶的先例，我们证明 TET 酶可以通过非自然的 5 位修饰混杂地作用于胞嘧啶碱基。 DNA 中 5-乙烯基胞嘧啶 (vC) 的氧化导致主要形成 5-甲酰甲基胞嘧啶产物，该产物可被有效标记以提供 TET 活性的终点读数。此外，与 5-乙炔基胞嘧啶 (eyC) 的反应会形成高能烯酮中间体，即使在总细胞裂解液的复杂环境中，该中间体也可以选择性地捕获任何活性 TET 同工型作为共价酶-DNA 复合物。因此，利用底物混杂性提供了一种新的、必要的方法来直接跟踪体外或体内的 TET 活性。
• [EN] HEAVY ATOM LABELED NUCLEOSIDES, NUCLEOTIDES, AND NUCLEIC ACID POLYMERS, AND USES THEREOF<br/>[FR] NUCLÉOSIDES, NUCLÉOTIDES ET POLYMÈRES D'ACIDES NUCLÉIQUES MARQUÉS AVEC DES ATOMES LOURDS ET LEURS UTILISATIONS
  申请人：ZS GENETICS INC

  公开号：WO2014078652A1

  公开（公告）日：2014-05-22

  The present disclosure provides compositions and methods to sequence nucleic acid polymers for improving sequencing read length using electron microscopy, e.g., high-resolution scanning transmission electron microscopy (STEM). The present disclosure further provides heavy-atom labeled compounds of Formula (I): nucleic acid polymers comprising one or more heavy-atom labeled units of Formula (II'): such as heavy-atom labeled nucleic acid polymers of Formula (II): and salts thereof, wherein each of G 1, G2, G 3, M 1, M2, Base, and n are as defined herein, optionally for use in the methods described.

  本公开提供了一种通过电子显微镜（例如高分辨扫描透射电子显微镜（STEM））对核酸聚合物进行测序以改善测序读长的组合物和方法。本公开进一步提供了式（I）的重原子标记化合物：包括一个或多个式（II'）的重原子标记单元的核酸聚合物，例如式（II）的重原子标记核酸聚合物，以及其盐，其中G1、G2、G3、M1、M2、碱基（Base）和n的每个定义如本文所述，可选择用于所述方法中。
• Duplex and Triplex Formation of Mixed Pyrimidine Oligonucleotides with Stacking of Phenyl-triazole Moieties in the Major Groove
  作者：Nicolai Krog Andersen、Holger Døssing、Frank Jensen、Birte Vester、Poul Nielsen

  DOI：10.1021/jo200919y

  日期：2011.8.5

  5-(1-Phenyl-1,2,3-triazol-4-yl)-2′-deoxycytidine was synthesized from a modified CuAAC protocol and incorporated into mixed pyrimidine oligonucleotide sequences together with the corresponding 5-(1-phenyl-1,2,3-triazol-4-yl)-2′-deoxyuridine. With consecutive incorporations of the two modified nucleosides, improved duplex formation with a complementary RNA and improved triplex formation with a complementary DNA

  根据改进的CuAAC方案合成了5-（1-苯基-1,2,3-三唑-4-基）-2'-脱氧胞苷，并将其与相应的5-（1-苯基-1）一起掺入混合嘧啶寡核苷酸序列中，2,3-三唑-4-基）-2'-脱氧尿苷。随着两个修饰核苷的连续掺入，观察到具有互补RNA的改进的双链体形成和具有互补DNA双工的改进的三链体形成。改善是由于主要凹槽中的π-π堆积了苯基-三唑部分。在尿苷类似物之间或胞苷类似物位于尿苷类似物的3'方向上时，发现对热稳定性的最强堆积和最明显的积极影响。建模表明，主要凹槽中的苯基-三唑部分的取向不同，以说明两个核苷酸之间的差异。发现所有修饰的寡核苷酸都对核降解显着稳定。
• Blue fluorescent deoxycytidine analogues: convergent synthesis, solid-state and electronic structure, and solvatochromism
  作者：David W. Dodd、Kalen N. Swanick、Jacquelyn T. Price、Allison L. Brazeau、M. J. Ferguson、Nathan D. Jones、Robert H. E. Hudson

  DOI：10.1039/b919921g

  日期：——

  We report the synthesis and photospectroscopic characterisation of intrinsically fluorescent triazole-appended cytidines. Fluorescence was found to be highly dependent on solvent conditions. X-Ray crystallographic data show the proton of the exocyclic amine of the nucleobase and the triazole N3 engaged in a H-bond.

  我们报告了本征荧光三唑添加胞嘧啶的合成和光谱特征。研究发现，荧光高度依赖于溶剂条件。X 射线晶体学数据显示，核碱基外环胺的质子与三唑 N3 之间存在 H 键。