5-(2-phenylethynyl)-2'-deoxycytidine

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 英文名称: 5-(2-phenylethynyl)-2'-deoxycytidine
• 英文别名: 5-(phenylethynyl)-2'-deoxycytidine；5-(phenyl-1H-1,2,3-triazol-4-yl)-2'-deoxycytidine；4-amino-1-[(2R,4S,5R)-4-hydroxy-5-(hydroxymethyl)oxolan-2-yl]-5-(2-phenylethynyl)pyrimidin-2-one
• 化学式: C₁₇H₁₇N₃O₄
• 分子量: 327.34
• InChiKey: MQTCRJMQWNLGHN-RRFJBIMHSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  0.3
• 重原子数：
  24
• 可旋转键数：
  4
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.29
• 拓扑面积：
  108
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  4

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  5-(2-phenylethynyl)-2'-deoxycytidine 在 吡啶 、 sodium hydroxide 作用下， 以 1,4-二氧六环 、 水 为溶剂， 反应 6.0h， 生成 4-N-acetyl-5-(1-phenyl-1H-1,2,3-triazol-4-yl)-2'-deoxycytidine
  参考文献：
  名称：

  主要沟中苯基-三唑部分堆积的嘧啶寡核苷酸混合体的双链和三链体形成

  摘要：

  根据改进的CuAAC方案合成了5-（1-苯基-1,2,3-三唑-4-基）-2'-脱氧胞苷，并将其与相应的5-（1-苯基-1）一起掺入混合嘧啶寡核苷酸序列中，2,3-三唑-4-基）-2'-脱氧尿苷。随着两个修饰核苷的连续掺入，观察到具有互补RNA的改进的双链体形成和具有互补DNA双工的改进的三链体形成。改善是由于主要凹槽中的π-π堆积了苯基-三唑部分。在尿苷类似物之间或胞苷类似物位于尿苷类似物的3'方向上时，发现对热稳定性的最强堆积和最明显的积极影响。建模表明，主要凹槽中的苯基-三唑部分的取向不同，以说明两个核苷酸之间的差异。发现所有修饰的寡核苷酸都对核降解显着稳定。

  DOI：

  10.1021/jo200919y
• 作为产物：
  描述：

  5-碘-2'-脱氧胞苷 在 bis-triphenylphosphine-palladium(II) chloride 、 copper(l) iodide 、 氨 、 水 、 sodium ascorbate 、 三乙胺 、 三[(1-苄基-1H-1,2,3-三唑-4-基)甲基]胺 作用下， 以 乙醇 、 水 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 121.0h， 生成 5-(2-phenylethynyl)-2'-deoxycytidine
  参考文献：
  名称：

  主要沟中苯基-三唑部分堆积的嘧啶寡核苷酸混合体的双链和三链体形成

  摘要：

  根据改进的CuAAC方案合成了5-（1-苯基-1,2,3-三唑-4-基）-2'-脱氧胞苷，并将其与相应的5-（1-苯基-1）一起掺入混合嘧啶寡核苷酸序列中，2,3-三唑-4-基）-2'-脱氧尿苷。随着两个修饰核苷的连续掺入，观察到具有互补RNA的改进的双链体形成和具有互补DNA双工的改进的三链体形成。改善是由于主要凹槽中的π-π堆积了苯基-三唑部分。在尿苷类似物之间或胞苷类似物位于尿苷类似物的3'方向上时，发现对热稳定性的最强堆积和最明显的积极影响。建模表明，主要凹槽中的苯基-三唑部分的取向不同，以说明两个核苷酸之间的差异。发现所有修饰的寡核苷酸都对核降解显着稳定。

  DOI：

  10.1021/jo200919y

文献信息

• Novel water-soluble phosphatriazenes: versatile ligands for Suzuki–Miyaura, Sonogashira and Heck reactions of nucleosides
  作者：Shatrughn Bhilare、Vijay Gayakhe、Ajaykumar V. Ardhapure、Yogesh S. Sanghvi、Carola Schulzke、Yulia Borozdina、Anant R. Kapdi

  DOI：10.1039/c6ra19039a

  日期：——

  complexation reactions with Pd(OAc)2 and utilized for catalyzing column-free Suzuki–Miyaura cross-coupling of various purine and pyrimidine halonucleosides in water. The water-solubility of the catalytic system simplified the isolation of the cross-coupled products to mere filtration, while the catalytically active solution in the filtrate was recycled eight times. A novel copper-free Sonogashira coupling

  两种新的水溶性磷三氮烯配体已被合成为与Pd（OAc）2络合反应的通用配体，并用于催化水中各种嘌呤和嘧啶卤代核苷的无柱铃木-宫浦交叉偶联。催化系统的水溶性简化了交叉偶合产物的分离，使其仅需过滤，而滤液中的催化活性溶液则循环了八次。通过一锅合成FV-100（一种基于核苷的药物，用于带状疱疹或带状疱疹治疗的3期临床试验），也已建立了针对核苷的新型无铜Sonogashira偶联方案。通过另一种抗病毒药物：BVDU的合成证明了Heck反应的应用。
• Design and Studies of Novel 5-Substituted Alkynylpyrimidine Nucleosides as Potent Inhibitors of Mycobacteria
  作者：Dinesh Rai、Monika Johar、Tracey Manning、B. Agrawal、Dennis Y. Kunimoto、Rakesh Kumar

  DOI：10.1021/jm058167w

  日期：2005.11.1

  We herein report a new category of 5-substituted pyrimidine nucleosides as potent inhibitors of mycobacteria. A series of 5-alkynyl derivatives of 2'-deoxyuridine (1-8), 2'-deoxycytidine (9-14), uridine (15-17), and 2'-O-methyluridine (18, 19) were synthesized and evaluated for their antimycobacterial activity in vitro. 5-Decynyl, 5-dodecynyl, and 5-tetradecynyl derivatives showed the highest antimycobacterial potency against M. bovis and M. avium, with the 2'-deoxyribose derivatives being more effective than the ribose analogues. Nucleosides bearing short alkynyl side chains 5-ethynyl, 5-propynyl, 5-pentynyl, and 5-heptynyl were mostly not inhibitory. Incorporation of a phenylethynyl function at the 5-position diminished the antimicrobial effect. Furthermore, related bicyclic analogues (20-24) were devoid of antimycobacterial activity, indicating that an acyclic side chain at the C-5 position of the pyrimidine ring is essential for potent activity. Compounds 1-17 were synthesized by the Pd-catalyzed coupling reactions of respective alkynes with 5-iodo derivatives of 2'-deoxyuridine, 2'-deoxycytidine, and uridine. Intramolecular cyclization of 1 and 3-6 in the presence of Cu afforded the corresponding bicyclic compounds 20-24. The investigated nucleosides are recognized here for the first time to be potent inhibitors of mycobacteria. This class of compounds could be of interest for lead optimization as antimycobacterial agents.