LEADOPT: An automatic tool for structure-based lead optimization, and its application in structural optimizations of VEGFR2 and SYK inhibitors
作者:Guo-Bo Li、Sen Ji、Ling-Ling Yang、Rong-Jie Zhang、Kai Chen、Lei Zhong、Shuang Ma、Sheng-Yong Yang
DOI:10.1016/j.ejmech.2015.02.019
日期:2015.3
Lead optimization is one of the key steps in drug discovery, and currently it is carried out mostly based on experiences of medicinal chemists, which often suffers from low efficiency. In silico methods are thought to be useful in improving the efficiency of lead optimization. Here we describe a new in silico automatic tool for structure-based lead optimization, termed LEADOPT. The structural modifications
铅优化是药物发现中的关键步骤之一,目前,它主要是根据药物化学家的经验进行的,而药物化学家通常效率低下。计算机方法被认为在提高引线优化效率方面很有用。在这里,我们描述了一种新的计算机技术基于结构的线索优化的自动工具,称为LEADOPT。LEADOPT中的结构修饰主要包括两个操作:片段生长和片段替换,它们仅限于在目标蛋白的活性口袋中进行,而配体的核心支架结构保持不变。新产生的分子的生物活性是通过配体效率而不是常用的评分功能估算的。使用SCADMET(一种预测药代动力学和毒性的程序)对十二种重要的药代动力学和毒性进行了评估。LEADOPT首先使用两个回顾性案例进行了评估,在这些案例中,其表现非常出色。然后将LEADOPT应用于VEGFR2抑制剂索拉非尼和SYK抑制剂R406的结构优化。尽管仅合成了几种化合物,但在酶和功能测定中,我们获得了一些比索拉非尼和R406更有效的化合物。所有这些都至少在某种程度上证实了LEADOPT的有效性。