2',5'-bis-O-tert-butyldimethylsilyl-3'-ketouridine | 90813-54-0

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机杂环化合物 - 二嗪类
• 英文名称: 2',5'-bis-O-tert-butyldimethylsilyl-3'-ketouridine
• 英文别名: 1-[2',5'-bis-O-(tert-butyldimethylsilyl)-β-D-erythro-pentofuran-3'-ulosyl]uracil；1-[(2R,3S,5R)-3-[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxy-5-[[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxymethyl]-4-oxooxolan-2-yl]pyrimidine-2,4-dione
• CAS: 90813-54-0
• 化学式: C₂₁H₃₈N₂O₆Si₂
• 分子量: 470.714
• InChiKey: WRUAVYSYUGXTLO-ZTFGCOKTSA-N

物化性质

• 熔点：
  172-173 °C
• 密度：
  1.10±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  3.42
• 重原子数：
  31
• 可旋转键数：
  8
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.76
• 拓扑面积：
  94.2
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  6

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  2',5'-bis-O-tert-butyldimethylsilyl-3'-ketouridine 在 palladium on activated charcoal sodium hydroxide 、 水 、 氢气 、 三氟乙酸 作用下， 以 甲醇 、 二氯甲烷 、 水 为溶剂， 20.0 ℃ 、34.47 kPa 条件下， 反应 69.0h， 生成 2'-O-(tert-butyldimethylsilyl)-3'-(carboxymethyl)-3'-deoxyuridine
  参考文献：
  名称：

  Amide-Linked Ribonucleoside Dimers Derived from 5‘-Amino-5‘-deoxy- and 3‘-(Carboxymethyl)-3‘-deoxynucleoside Precursors¹

  摘要：

  Treatment of tert-butyldimethylsilyl (TBDMS) derivatives of 3'-keto(adenosine or uridine) with [(ethoxycarbonyl)methylene]triphenylphosphorane gave exocyclic alkenes that underwent stereoselective hydrogenation to give 3'-deoxy-3'-[(ethoxycarbonyl)methyl](Ado or Urd) analogues. Saponification provided the 3'-(carboxymethyl)-3'-deoxy(Ado and Urd) derivatives 37 and 38. Treatment of 37 or 38 with DCC and 5'-amino-2',3'-bis-O-TBDMS-5'-deoxynucleosides gave the amide-linked dimers (74-82%). Activation of 37 or 38 with 4-nitrophenol/DCC, and direct coupling of the 4-nitrophenyl esters with 5'-amino-5'-deoxy(Ado or Urd) in pyridine also produced amide dimers efficiently (65-70%). Analogous activation of a 5'-O-DMT-protected carboxylate, and its coupling with 5'-amino-5'-deoxy-2'-O-methyladenosine gave the amide dimer in good yield (74%). Coupling (DCC) of a 5'-azido-2'-O-TBDMS-3'-(carboxymethyl)-3', 5'-dideoxyuridine intermediate with 5'-amino-5'-deoxynucleosides gave amide-linked dimers (72-78%) that can serve as masked (azide reduction) 5'-amino dimers for analogous synthesis of extended amide-linked oligomers.

  DOI：

  10.1021/jo9908647
• 作为产物：
  描述：

  尿嘧啶核苷 在 吡啶 、 戴斯-马丁氧化剂 作用下， 以 二氯甲烷 为溶剂， 生成 2',5'-bis-O-tert-butyldimethylsilyl-3'-ketouridine
  参考文献：
  名称：

  DNA修复酶SNM1A的方酸酰胺和硫代方酰胺抑制剂的合成与评价

  摘要：

  SNM1A 是一种锌依赖性核酸酶，参与从 DNA 中去除链间交联损伤。抑制链间交联修复酶如 SNM1A 是提高交联化疗药物疗效的有前途的策略。最初的研究已经证明了开发 SNM1A 抑制剂的可行性，但这种酶作为药物靶点的全部潜力还有待探索。在此，报道了带有方酸酰胺和硫代方酰胺的核苷衍生物家族的合成及其作为 SNM1A 抑制剂的评价。凝胶电泳分析用于鉴定在 3'-位带有N-羟基方酸酰胺或方酸部分的核苷衍生物，以及带有 5'-硫代方酸酰胺的胸苷衍生物，作为候选 SNM1A 抑制剂。定量IC50测定表明，带有 5'-硫代方酸酰胺的胸苷衍生物是最有效的抑制剂，其次是带有 3'-方酸的胸苷衍生物。进行紫外-可见滴定以评估（硫代）方酸酰胺与锌离子的结合，从而使抑制效力的顺序合理化。研究了活性抑制剂的膜渗透性，其中几种化合物显示出未来体内应用的前景。

  DOI：

  10.1016/j.bmc.2021.116369

文献信息

• Spiro-sulfamidate and sulfate nucleosides via 2′ and 3′-C-branched-chain sugars and nucleosides
  作者：Jérôme Lalot、Tony Tite、Anne Wadouachi、Denis Postel、Albert Nguyen Van Nhien

  DOI：10.1016/j.tet.2011.06.030

  日期：2011.8

  C-branched-chain sugars and nucleosides were obtained by organocatalysis from ulose derivatives. After a reduction step, the corresponding 1,3-diol was derivatized into 3′-spiro-sulfamidates and unexpected sulfates by treatment with a Burgess reagent. Deprotection of the Boc-derivatives was carried out while preserving the cyclic sulfate. An example of ring opening of the cyclic sulfate derivative

  通过有机催化从果糖衍生物获得C-支链糖和核苷。在还原步骤之后，通过用Burgess试剂处理，将相应的1，3-二醇衍生为3'-螺氨基磺酸盐和意外的硫酸盐。在保留环状硫酸盐的同时，进行Boc衍生物的脱保护。给出了环状硫酸盐衍生物与叠氮化钠开环导致相应的3'- C-叠氮烷基支链核苷的开环的实例。
• Nucleosides and Nucleotides. 175. Structural Requirements of the Sugar Moiety for the Antitumor Activities of New Nucleoside Antimetabolites, 1-(3-<i>C</i>-Ethynyl-β-<scp>d</scp>-<i>r</i><i>ibo</i>-pentofuranosyl)cytosine and -uracil
  作者：Hideshi Hattori、Eisuke Nozawa、Tomoharu Iino、Yuichi Yoshimura、Satoshi Shuto、Yuji Shimamoto、Makoto Nomura、Masakazu Fukushima、Motohiro Tanaka、Takuma Sasaki、Akira Matsuda

  DOI：10.1021/jm9801814

  日期：1998.7.1

  1-(3-C-ethynyl-beta-d-ribo-pentofuranosyl)uracil (EUrd) and its cytosine congener (ECyd) as potential multifunctional antitumor nucleoside antimetabolites. They showed potent and broad-spectrum antitumor activity against various human and mouse tumor cells in vitro and in vivo. To clarify the structure-activity relationship of the sugar moiety, various 3'-C-carbon-substituted analogues, such as 1-propynyl

  我们以前设计1-（3-C-乙炔基-β-d-核糖基戊呋喃糖基）尿嘧啶（EUrd）及其胞嘧啶同源物（ECyd）作为潜在的多功能抗肿瘤核苷抗代谢物。他们在体外和体内显示出对各种人类和小鼠肿瘤细胞的有效和广谱抗肿瘤活性。为了阐明糖部分的结构-活性关系，合成了ECyd和EUrd的各种3'-C-碳取代的类似物，例如1-丙炔基，1-丁炔基，乙烯基，乙基和环丙基衍生物。我们还制备了具有不同构型的ECyd和EUrd的3'-脱氧类似物和3'-同源物，以确定3'-羟基的作用以及3'-碳原子与乙炔基之间的长度以及2'- ECyd的乙炔基衍生物可确定乙炔基的空间要求。这些核苷对小鼠白血病L1210和人KB细胞的体外肿瘤细胞生长抑制活性表明ECyd和EUrd是该系列中最有效的抑制剂，对于L1210细胞，IC50值为0.016和0.13 microM，对于L1210细胞，IC50值为0.028和0.029 microM
• A low-temperature, photoinduced thiol–ene click reaction: a mild and efficient method for the synthesis of sugar-modified nucleosides
  作者：Miklós Bege、Ilona Bereczki、Mihály Herczeg、Máté Kicsák、Dániel Eszenyi、Pál Herczegh、Anikó Borbás

  DOI：10.1039/c7ob02184d

  日期：——

  Sugar-modified nucleosides are prime synthetic targets in anticancer and antiviral drug development. Radical mediated thiol–ene coupling was applied for the first time on nucleoside enofuranoside derivatives to produce a broad range of thio-substituted D-ribo, -arabino, -xylo and L-lyxo configured pyrimidine nucleosides. In contrast to the analogous reactions of simple sugar exomethylenes, surprisingly

  糖修饰的核苷是抗癌和抗病毒药物开发中的主要合成靶标。自由基介导的硫醇-烯耦合施加首次上核苷enofuranoside衍生物，以产生宽范围的硫取代d -核糖， -阿糖， -低聚木糖和大号- L-来苏构型的嘧啶核苷。与简单的糖外亚甲基的类似反应相反，令人惊讶的是，在各种引发方法的标准条件下，核苷烯烃的氢硫醇化显示出低至中等的产率和非常低的立体选择性。优化反应条件后，我们发现冷却反应混合物对转化率和立体选择性均具有显着的有益作用，并且紫外光引发的C 2' -，C 3'-和C 2的氢硫醇化反应在-80°C时，核苷的4'-异亚甲基衍生物的产率高至高，并且在大多数情况下，其非对映异构选择性极好。在温度之外，溶剂，核苷上的保护基以及在某些情况下硫醇的构型也影响添加的立体化学结果。异常大号- L-来苏非对映选择性当加入1-硫代β-观察d -gluco-和半乳糖衍生物到Ç 4'，5'-尿苷不饱和归因于之间的空间位失配d
• Cerium(III) Chloride-Mediated Reactions of Sulfonamide Dianions
  作者：David C. Johnson、Theodore S. Widlanski

  DOI：10.1021/jo034001w

  日期：2003.6.1

  5'-aldehyde, 3'-ketouridine, and 3'-ketothymidine. The reaction was chemoselective for aldehydes in the presence of nitriles. Acetoxy groups are labile and thus not suitable protecting groups for alcohols under these conditions. N-Benzyl-alpha, N-dilithio methanesulfonamide was found to be of sufficient basicity to cause enolate formation with sensitive substrates, such as 1-phenylacetone. However, the

  本文介绍的是氯化铈（III）介导高产量以及通常非对映选择性地将N-苄基-α，N-二硫代甲磺酰胺加到具有重要生物意义的醛和酮中的能力的第一份报告。对碱敏感的底物，例如Fmoc保护的丙氨酸，柠檬醛，5-胆甾烯-3-酮，尿苷5'-醛，3'-酮胍和3'-酮基吡啶，进行平滑添加。在腈存在下，该反应对醛具有化学选择性。乙酰氧基不稳定，因此在这些条件下不适合作为醇的保护基。发现N-苄基-α，N-二硫代甲烷磺酰胺具有足够的碱性，以引起与敏感底物例如1-苯基丙酮的烯醇化物形成。然而，在这些情况下，氯化铈（III）的加入介导了二价阴离子的碱性并抑制了烯醇化物的形成。另外，铈（III）具有将各种N-脂族/芳族甲磺酰胺二价阴离子加到3'-酮胍中的一般用途。
• Stereoselective Addition of a Wittig Reagent To Give a Single Nucleoside Oxaphosphetane Diastereoisomer. Synthesis of 2′(and 3′)-Deoxy-2′(and 3′)-methyleneuridine (and cytidine) Derivatives from Uridine Ketonucleosides
  作者：Vicente Samano、Morris J. Robins

  DOI：10.1055/s-1991-26774

  日期：——

  Treatment of 3′,5′(or 2′,5′)-bis-O-silyl-protected 2′(or 3′)-ketouridine derivatives with methyltriphenylphosphonium bromide and sodium 2-methyl-2-butoxide in diethyl ether/benzene at 0-4°C resulted in the slow formation of the corresponding 2′(or 3′)-deoxy-2′(or 3′)-methylene analogues. 1H- and 31P-NMR spectra were in harmony with formation of a single oxaphosphetane diastereoisomer during early stages of the Wittig reaction. Conversions of protected deoxymethyleneuridine to deoxymethylenecytidine derivatives were effected smoothly via 4-(1,2,4-triazol-1-yl) intermediates. Deprotection with tetrabutylammonium fluoride gave 2′(or 3′)-deoxy-2′(or 3′)-methyleneuridine and cytidine nucleosides.

  在0-4°C下，将3′,5′（或2′,5′）-双-O-硅烷保护的2′（或3′）-酮尿苷衍生物与甲基三苯基膦溴化物和2-甲基-2-丁氧基钠在二乙醚/苯中反应，缓慢形成相应的2′（或3′）-脱氧-2′（或3′）-亚甲基类似物。1H和31P-NMR光谱在早期Wittig反应阶段显示形成单一的氧膦杂环丁烷非对映异构体。通过4-（1,2,4-三唑-1-基）中间体，保护的脱氧亚甲基尿苷顺利转化为脱氧亚甲基胞苷衍生物。用四丁基氟化铵进行脱保护得到2′（或3′）-脱氧-2′（或3′）-亚甲基尿苷和胞苷核苷。