2'-O-(tert-butyldimethylsilyl)-3'-hydroxyamino-3'-deoxyuridine | 218967-53-4

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 英文名称: 2'-O-(tert-butyldimethylsilyl)-3'-hydroxyamino-3'-deoxyuridine
• 英文别名: 1-[(2R,3R,4R,5S)-3-[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxy-4-(hydroxyamino)-5-(hydroxymethyl)oxolan-2-yl]pyrimidine-2,4-dione
• CAS: 218967-53-4
• 化学式: C₁₅H₂₇N₃O₆Si
• 分子量: 373.481
• InChiKey: YPXWTMBVZNVRHL-OJAKKHQRSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  0.16
• 重原子数：
  25
• 可旋转键数：
  6
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.73
• 拓扑面积：
  120
• 氢给体数：
  4
• 氢受体数：
  7

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  2'-O-(tert-butyldimethylsilyl)-3'-hydroxyamino-3'-deoxyuridine 在 palladium on activated charcoal 氢气 、 三乙胺 作用下， 以 甲醇 、 水 、 溶剂黄146 为溶剂， 反应 15.0h， 生成 2'-O-(tert-butyldimethylsilyl)-3'-(trifluoroacetamido)-3'-deoxyuridine
  参考文献：
  名称：

  核糖核酸胍的合成：用正胍盐键代替RNA的负磷酸二酯键

  摘要：

  用带正电的胍盐键代替RNA的带负电的磷酸二酯键，可提供聚阳离子核糖核酸胍（RNG）。RNG被设计为通过核碱基的特异性相互作用和主链的有吸引力的静电相互作用与目标DNA / RNA牢固结合，因此RNG是推定的反义/抗原试剂。报道了用于RNG合成的尿苷和腺嘌呤结构单元的制备以及低聚RNG的逐步合成。已合成了五聚体同型尿嘧啶基，腺苷酸和五聚体混合碱基序列。该方法还应用于方便的RNG固相合成。

  DOI：

  10.1016/s0040-4020(01)01185-1
• 作为产物：
  描述：

  2',5'-bis-O-tert-butyldimethylsilyl-3'-ketouridine 在 吡啶 、 sodium tetrahydroborate 、 盐酸羟胺 、 溶剂黄146 、 三氟乙酸 作用下， 反应 2.83h， 生成 2'-O-(tert-butyldimethylsilyl)-3'-hydroxyamino-3'-deoxyuridine
  参考文献：
  名称：

  核苷和核苷酸。180.在糖部分的2'-或3'-位具有羟氨基而不是羟基的核苷的合成和抗肿瘤活性。

  摘要：

  设计和合成潜在的抗肿瘤抗代谢物2'-脱氧-2'-（羟基氨基）尿苷（15），-胞苷（19，2'-DHAC）和-腺苷（35），其区域异构体，3'-脱氧- 3'-（羟基氨基）尿苷（40）和-胞苷（45，3'-DHAC）及其2'-脱氧类似物，2'，3'-二脱氧-3'-（羟基氨基）尿苷（49）和-描述了胞苷（52，3'-dDHAC）。我们使用13C NMR光谱法分别测量了15和40中羟氨基的pKa值与pH的关系，分别为2.9和3.4。我们还发现这些核苷在中性溶液中逐渐分解，而在酸性溶液中则不分解。这种分解可能与在糖部分上的氨氧基自由基的产生有关。使用L1210和KB细胞评估了这些核苷的体外细胞毒性。2' -DHAC（19）抑制L1210和KB细胞的生长，IC50值分别为1.58和1.99 microM。3'-DHAC（45）和3'-dDHAC（52）对L1210细胞也有细胞毒性，IC50值分别为4.03和1

  DOI：

  10.1021/jm980466g

文献信息

• Synthesis and evaluation of squaramide and thiosquaramide inhibitors of the DNA repair enzyme SNM1A
  作者：Mark Berney、William Doherty、Werner Theodor Jauslin、Manav T Manoj、Eva-Maria Dürr、Joanna Francelle McGouran

  DOI：10.1016/j.bmc.2021.116369

  日期：2021.9

  of developing SNM1A inhibitors, but the full potential of this enzyme as a drug target has yet to be explored. Herein, the synthesis of a family of squaramide- and thiosquaramide-bearing nucleoside derivatives and their evaluation as SNM1A inhibitors is reported. A gel electrophoresis assay was used to identify nucleoside derivatives bearing an N-hydroxysquaramide or squaric acid moiety at the 3’-position

  SNM1A 是一种锌依赖性核酸酶，参与从 DNA 中去除链间交联损伤。抑制链间交联修复酶如 SNM1A 是提高交联化疗药物疗效的有前途的策略。最初的研究已经证明了开发 SNM1A 抑制剂的可行性，但这种酶作为药物靶点的全部潜力还有待探索。在此，报道了带有方酸酰胺和硫代方酰胺的核苷衍生物家族的合成及其作为 SNM1A 抑制剂的评价。凝胶电泳分析用于鉴定在 3'-位带有N-羟基方酸酰胺或方酸部分的核苷衍生物，以及带有 5'-硫代方酸酰胺的胸苷衍生物，作为候选 SNM1A 抑制剂。定量IC50测定表明，带有 5'-硫代方酸酰胺的胸苷衍生物是最有效的抑制剂，其次是带有 3'-方酸的胸苷衍生物。进行紫外-可见滴定以评估（硫代）方酸酰胺与锌离子的结合，从而使抑制效力的顺序合理化。研究了活性抑制剂的膜渗透性，其中几种化合物显示出未来体内应用的前景。
• 5’‐Phosphorylation Increases the Efficacy of Nucleoside Inhibitors of the DNA Repair Enzyme SNM1A
  作者：Mark Berney、Manav T Manoj、Ellen M. Fay、Joanna F. McGouran

  DOI：10.1002/cmdc.202100603

  日期：2022.3.4

  strategy to improve the efficacy of cancer chemotherapy is the inhibition of enzymes implicated in interstrand crosslink repair. One such target enzyme is SNM1A, a zinc-dependent exonuclease. We prepared several series of nucleoside derivatives and tested these as SNM1A inhibitors. Exploiting interactions with the enzyme's phosphate-binding pocket, in addition to the catalytic zinc ion(s), dramatically

  提高癌症化疗疗效的一个有希望的策略是抑制与链间交联修复有关的酶。一种这样的靶酶是 SNM1A，一种锌依赖性核酸外切酶。我们制备了几个系列的核苷衍生物，并将它们作为 SNM1A 抑制剂进行了测试。除了催化锌离子外，利用与酶的磷酸盐结合袋的相互作用，显着提高了抑制效力。
• Replacement of the Phosphorodiester Linkages of RNA with Guanidinium Linkages:  The Solid-Phase Synthesis of Ribonucleic Guanidine
  作者：Naoshi Kojima、Thomas C. Bruice

  DOI：10.1021/ol9912478

  日期：2000.1.1

  [reaction: see text] Replacement of the negatively charged phosphodiester linkages of RNA with positively charged guanidinium linkages provides the polycationic ribonucleic guanidine (RNG). RNG is anticipated to bind strongly to target DNA/RNA through the specific interactions of nucleobases and the attractive electrostatic interactions of backbones. Preparation of building blocks and the solid-phase

  [反应：见正文]用带正电的胍盐键取代RNA的带负电的磷酸二酯键，即可得到聚阳离子核糖核酸胍（RNG）。预计RNG通过核碱基的特异性相互作用和主链的有吸引力的静电相互作用与目标DNA / RNA牢固结合。报道了结构单元的制备和RNG的固相合成。已经合成了三聚和五聚尿嘧啶RNG。
• Synthesis of ribonucleic guanidine: replacement of the negative phosphodiester linkages of RNA with positive guanidinium linkages
  作者：Naoshi Kojima、Istvan E Szabo、Thomas C Bruice

  DOI：10.1016/s0040-4020(01)01185-1

  日期：2002.1

  Replacement of the negatively charged phosphodiester linkages of RNA with positively charged guanidinium linkages provides the polycationic ribonucleic guanidine (RNG). RNG is designed to bind strongly to target DNA/RNA through the specific interactions of nucleobases and the attractive electrostatic interactions of backbones, thus RNG is a putative antisense/antigene agent. Preparation of uridine

  用带正电的胍盐键代替RNA的带负电的磷酸二酯键，可提供聚阳离子核糖核酸胍（RNG）。RNG被设计为通过核碱基的特异性相互作用和主链的有吸引力的静电相互作用与目标DNA / RNA牢固结合，因此RNG是推定的反义/抗原试剂。报道了用于RNG合成的尿苷和腺嘌呤结构单元的制备以及低聚RNG的逐步合成。已合成了五聚体同型尿嘧啶基，腺苷酸和五聚体混合碱基序列。该方法还应用于方便的RNG固相合成。
• Nucleosides and Nucleotides. 180. Synthesis and Antitumor Activity of Nucleosides That Have a Hydroxylamino Group Instead of a Hydroxyl Group at the 2‘- or 3‘-Position of the Sugar Moiety
  作者：Akira Ogawa、Motohiro Tanaka、Takuma Sasaki、Akira Matsuda

  DOI：10.1021/jm980466g

  日期：1998.12.1

  The cytotoxicity of 2'-DHAC (19) and 3'-DHAC (45) against L1210 cells in vitro was reversed by the addition of cytidine, while that of 3'-dDHAC (52) was reversed by 2'-deoxycytidine. 2'-DHAC (19) and 3'-dDHAC (52) mainly inhibited DNA synthesis in L1210 cells, while 3'-DHAC (45) inhibited RNA synthesis. We also evaluated the antitumor activities of 2'-DHAC (19) and 3'-DHAC (45) against murine Meth-A fibrosarcoma

  设计和合成潜在的抗肿瘤抗代谢物2'-脱氧-2'-（羟基氨基）尿苷（15），-胞苷（19，2'-DHAC）和-腺苷（35），其区域异构体，3'-脱氧- 3'-（羟基氨基）尿苷（40）和-胞苷（45，3'-DHAC）及其2'-脱氧类似物，2'，3'-二脱氧-3'-（羟基氨基）尿苷（49）和-描述了胞苷（52，3'-dDHAC）。我们使用13C NMR光谱法分别测量了15和40中羟氨基的pKa值与pH的关系，分别为2.9和3.4。我们还发现这些核苷在中性溶液中逐渐分解，而在酸性溶液中则不分解。这种分解可能与在糖部分上的氨氧基自由基的产生有关。使用L1210和KB细胞评估了这些核苷的体外细胞毒性。2' -DHAC（19）抑制L1210和KB细胞的生长，IC50值分别为1.58和1.99 microM。3'-DHAC（45）和3'-dDHAC（52）对L1210细胞也有细胞毒性，IC50值分别为4.03和1