(S)-2-amino-N-((2S,3S,4R,5R)-5-(6-(dimethylamino)-9H-purin-9-yl)-4-hydroxy-2-(hydroxymethyl)tetrahydrofuran-3-yl)-3-(4-(prop-2-yn-1-yloxy)phenyl)propanamide

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘌呤核苷
• 英文名称: (S)-2-amino-N-((2S,3S,4R,5R)-5-(6-(dimethylamino)-9H-purin-9-yl)-4-hydroxy-2-(hydroxymethyl)tetrahydrofuran-3-yl)-3-(4-(prop-2-yn-1-yloxy)phenyl)propanamide
• 英文别名: O-propargyl puromycin；O-Propargyl-Puromycin；(2S)-2-amino-N-[(2S,3S,4R,5R)-5-[6-(dimethylamino)purin-9-yl]-4-hydroxy-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl]-3-(4-prop-2-ynoxyphenyl)propanamide
• 化学式: C₂₄H₂₉N₇O₅
• 分子量: 495.538
• InChiKey: JXBIGWQNNSJLQK-IYRMOJGWSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  0.1
• 重原子数：
  36
• 可旋转键数：
  9
• 环数：
  4.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.42
• 拓扑面积：
  161
• 氢给体数：
  4
• 氢受体数：
  10

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  (E)-cyclooct-2-en-1-yl (4-nitrophenyl) carbonate 、 (S)-2-amino-N-((2S,3S,4R,5R)-5-(6-(dimethylamino)-9H-purin-9-yl)-4-hydroxy-2-(hydroxymethyl)tetrahydrofuran-3-yl)-3-(4-(prop-2-yn-1-yloxy)phenyl)propanamide 在 4-二甲氨基吡啶 、 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 四氢呋喃 为溶剂， 以31%的产率得到
  参考文献：
  名称：

  使用嘌呤霉素类似物对新合成的蛋白质组进行细胞类型选择性成像和分析

  摘要：

  我们已经开发了一种通用的抗体辅助策略，用于以细胞特异性方式对新合成的蛋白质组进行成像和分析。即使在异质共培养细胞中，该策略仍具有很高的选择性，因此无需物理分离就可以标记和富集来自靶细胞的新生蛋白质组。

  DOI：

  10.1039/c7cc04536k
• 作为产物：
  描述：

  氨基核苷嘌呤霉素 在 三乙胺 、 三氟乙酸 作用下， 以 二氯甲烷 为溶剂， 生成 (S)-2-amino-N-((2S,3S,4R,5R)-5-(6-(dimethylamino)-9H-purin-9-yl)-4-hydroxy-2-(hydroxymethyl)tetrahydrofuran-3-yl)-3-(4-(prop-2-yn-1-yloxy)phenyl)propanamide
  参考文献：
  名称：

  使用嘌呤霉素类似物对新合成的蛋白质组进行细胞类型选择性成像和分析

  摘要：

  我们已经开发了一种通用的抗体辅助策略，用于以细胞特异性方式对新合成的蛋白质组进行成像和分析。即使在异质共培养细胞中，该策略仍具有很高的选择性，因此无需物理分离就可以标记和富集来自靶细胞的新生蛋白质组。

  DOI：

  10.1039/c7cc04536k

文献信息

• Synthesis, in Vitro Evaluation, and Radiolabeling of Fluorinated Puromycin Analogues: Potential Candidates for PET Imaging of Protein Synthesis
  作者：Helen M. Betts、Selena Milicevic Sephton、Carmen Tong、Ramla O. Awais、Philip J. Hill、Alan C. Perkins、Franklin I. Aigbirhio

  DOI：10.1021/acs.jmedchem.6b00968

  日期：2016.10.27

  radiotracer for imaging of protein synthesis rate (PSR) by positron emission tomography (PET). Existing fluorine-18-labeled amino acid-based radiotracers predominantly visualize amino acid transporter processes, and in many cases they are not incorporated into nascent proteins at all. Others are radiolabeled with the short-half-life positron emitter carbon-11, which is rather impractical for many PET centers

  目前没有理想的放射性示踪剂用于通过正电子发射断层扫描 (PET) 对蛋白质合成率 (PSR) 进行成像。现有的基于氟 18 标记的氨基酸放射性示踪剂主要可视化氨基酸转运蛋白过程，并且在许多情况下它们根本没有并入新生蛋白质中。其他的则用半衰期短的正电子发射体碳 11 进行放射性标记，这对于许多 PET 中心来说是相当不切实际的。基于嘌呤霉素 (6) 结构流形，通过威廉姆森醚合成，从一个常见的中间体制备了一系列 6 的 10 种新型衍生物。使用生物发光测定来研究它们对蛋白质合成的抑制作用，确定氟乙基类似物 7b 为先导化合物。
• Methods and compositions for labeling polypeptides
  申请人：President and Fellows of Harvard College

  公开号：US09212381B2

  公开（公告）日：2015-12-15

  Synthesis of many proteins is tightly controlled at the level of translation and plays an essential role in fundamental processes such as cell growth and proliferation, signaling, differentiation or death. Methods that allow imaging and identification of nascent proteins allow for dissecting regulation of translation, both spatially and temporally, including in whole organisms. Described herein are robust chemical methods for imaging and affinity-purifying nascent polypeptides in cells and in animals, based on puromycin analogs. Puromycin analogs of the present invention form covalent conjugates with nascent polypeptide chains, which are rapidly turned over by the proteasome and can be visualized and specifically captured by a bioorthogonal reaction (e.g., [3+2] cycloaddition). The methods of the present invention have broad applicability for imaging protein synthesis and for identifying proteins synthesized under various physiological and pathological conditions in vivo.

  许多蛋白质的合成在翻译水平上受到严格控制，并在细胞生长和增殖、信号传导、分化或死亡等基本过程中发挥着重要作用。允许成像和识别新生蛋白质的方法有助于解析翻译的调控，无论是在空间上还是时间上，包括在整个生物体中。本文介绍了一种在细胞和动物中成像和亲和纯化新生多肽的强大化学方法，该方法基于链霉素类似物。本发明的链霉素类似物与新生多肽链形成共价结合物，这些结合物被蛋白酶体迅速降解，并可以通过生物正交反应（例如[3+2]环加成）进行可视化和特异捕获。本发明的方法在成像蛋白质合成和鉴定在不同生理和病理条件下体内合成的蛋白质方面具有广泛适用性。
• METHODS AND COMPOSITIONS FOR LABELING POLYPEPTIDES
  申请人：President and Fellows of Harvard College

  公开号：US20130122535A1

  公开（公告）日：2013-05-16

  Synthesis of many proteins is tightly controlled at the level of translation and plays an essential role in fundamental processes such as cell growth and proliferation, signaling, differentiation or death. Methods that allow imaging and identification of nascent proteins allow for dissecting regulation of translation, both spatially and temporally, including in whole organisms. Described herein are robust chemical methods for imaging and affinity-purifying nascent polypeptides in cells and in animals, based on puromycin analogs. Puromycin analogs of the present invention form covalent conjugates with nascent polypeptide chains, which are rapidly turned over by the proteasome and can be visualized and specifically captured by a bioorthogonal reaction (e.g., [3+2]cycloaddition). The methods of the present invention have broad applicability for imaging protein synthesis and for identifying proteins synthesized under various physiological and pathological conditions in vivo.

  许多蛋白质的合成在翻译水平上受到严格的控制，并在细胞生长和增殖、信号传递、分化或死亡等基本过程中发挥着重要作用。允许成像和鉴定新生蛋白质的方法可以在整个生物体内解剖翻译调控的空间和时间，包括在细胞和动物中。本文介绍了一种基于普鲁霉素类似物的成像和亲和纯化新生多肽的强大化学方法。本发明的普鲁霉素类似物与新生多肽链形成共价结合物，这些共价结合物被蛋白酶体迅速降解，并可以通过生物正交反应（例如[3+2]环加成）进行可视化和特异性捕获。本发明的方法具有广泛的适用性，可用于成像蛋白质合成并在体内识别在各种生理和病理条件下合成的蛋白质。
• US9212381B2
  申请人：——

  公开号：US9212381B2

  公开（公告）日：2015-12-15
• Cell type-selective imaging and profiling of newly synthesized proteomes by using puromycin analogues
  作者：Shubo Du、Danyang Wang、Jun-Seok Lee、Bo Peng、Jingyan Ge、Shao Q. Yao

  DOI：10.1039/c7cc04536k

  日期：——

  We have developed a versatile antibody-assisted strategy for the imaging and profiling of newly synthesized proteomes in a cell-specific manner. This strategy remained highly selective even in heterogeneous co-cultured cells, thus enabling labeling and enrichment of nascent proteomes from targeted cells without the need for physical separation.

  我们已经开发了一种通用的抗体辅助策略，用于以细胞特异性方式对新合成的蛋白质组进行成像和分析。即使在异质共培养细胞中，该策略仍具有很高的选择性，因此无需物理分离就可以标记和富集来自靶细胞的新生蛋白质组。