3',5'-bis(O-tert-butyldimethylsilyl)-4-(1,2,4-1H-triazol-1-yl)-thymidine | 80991-40-8

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 英文名称: 3',5'-bis(O-tert-butyldimethylsilyl)-4-(1,2,4-1H-triazol-1-yl)-thymidine
• 英文别名: 4-(1,2,4-triazole-1-yl)-3',5'-bis-O-(tert-butyldimethylsilyl)-2'-desoxythymidine；1-((2R,4S,5R)-4-((tert-butyldimethylsilyl)oxy)-5-(((tertbutyldimethylsilyl)oxy)methyl)tetrahydrofuran-2-yl)-5-methyl-4-(1H-1,2,4-triazol-1-yl)pyrimidin-2(1H)-one；1-[(2R,4S,5R)-4-[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxy-5-[[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxymethyl]oxolan-2-yl]-5-methyl-4-(1,2,4-triazol-1-yl)pyrimidin-2-one
• CAS: 80991-40-8
• 化学式: C₂₄H₄₃N₅O₄Si₂
• 分子量: 521.808
• InChiKey: FUOYVONTSWGMLT-XUVXKRRUSA-N

物化性质

• 熔点：
  104-107 °C
• 沸点：
  562.8±60.0 °C(Predicted)
• 密度：
  1.12±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  4.83
• 重原子数：
  35
• 可旋转键数：
  9
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.75
• 拓扑面积：
  91.1
• 氢给体数：
  0
• 氢受体数：
  6

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  3',5'-bis(O-tert-butyldimethylsilyl)-4-(1,2,4-1H-triazol-1-yl)-thymidine 在 溶剂黄146 、 1,8-二氮杂双环[5.4.0]十一碳-7-烯 作用下， 以 四氢呋喃 、 甲醇 、 水 、 乙腈 为溶剂， 反应 0.17h， 生成 beta-胸苷
  参考文献：
  名称：

  间隔素介导的香豆素解笼成光笼罩的胸腺嘧啶核苷的控制。

  摘要：

  尽管它在光笼分子的设计中很重要，但与笼子本身相比，对连接子化学的关注较少。在这里，我们描述了由两种香豆素笼罩的胸腺嘧啶核苷化合物显示的独特的解笼特性，每种化合物都与（2）或不与（1）扩展的自焚间隔子结合。使用长波长UVA（365 nm）或可见光（420，455 nm）进行1的光解会导致游离胸腺嘧啶核苷的释放以及竞争性产生带有胸腺嘧啶核苷的重组产物。在2的光解中不存在这种以前没有报道的不良副反应的发生，而2的光解仅以较高的量子效率释放了胸苷。我们提出笼子和底物分子之间由扩展的接头赋予的空间分隔可以在规避这种非生产性反应中发挥关键作用。该报告强调了在香豆素笼罩的寡核苷酸和其他缀合物设计中选择接头的重要性。

  DOI：

  10.1021/acs.joc.9b02617
• 作为产物：
  描述：

  叔丁基二甲基氯硅烷 在 咪唑 、 三乙胺 、 三氯氧磷 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 、 乙腈 为溶剂， 反应 0.25h， 生成 3',5'-bis(O-tert-butyldimethylsilyl)-4-(1,2,4-1H-triazol-1-yl)-thymidine
  参考文献：
  名称：

  间隔素介导的香豆素解笼成光笼罩的胸腺嘧啶核苷的控制。

  摘要：

  尽管它在光笼分子的设计中很重要，但与笼子本身相比，对连接子化学的关注较少。在这里，我们描述了由两种香豆素笼罩的胸腺嘧啶核苷化合物显示的独特的解笼特性，每种化合物都与（2）或不与（1）扩展的自焚间隔子结合。使用长波长UVA（365 nm）或可见光（420，455 nm）进行1的光解会导致游离胸腺嘧啶核苷的释放以及竞争性产生带有胸腺嘧啶核苷的重组产物。在2的光解中不存在这种以前没有报道的不良副反应的发生，而2的光解仅以较高的量子效率释放了胸苷。我们提出笼子和底物分子之间由扩展的接头赋予的空间分隔可以在规避这种非生产性反应中发挥关键作用。该报告强调了在香豆素笼罩的寡核苷酸和其他缀合物设计中选择接头的重要性。

  DOI：

  10.1021/acs.joc.9b02617

文献信息

• Chemical conversion of thymidine into 5-methyl-2′-deoxycytidine
  作者：Wing L. Sung

  DOI：10.1039/c3981001089a

  日期：——

  In aqueous ammonia, 5-methyl-4-(1,2,4-triazol-1-yl)-1-(β-D-3,5-di-O-acetyl-2-deoxyribofuranosyl)-pyrimidin-2 (1H)-one, which can be prepared from thymidine, yields 5-methyl-2′-deoxycytidine.

  在氨水中，5-甲基-4-（1,2,4-三唑-1-基）-1-（β - D -3,5-二-O-乙酰基-2-脱氧核糖呋喃糖基）-嘧啶2（可以由胸苷制备的1 H）-一产生5-甲基-2'-脱氧胞苷。
• Synthesis and Properties of FluorescentcycloSal Nucleotides Based on the Pyrimidine Nucleoside m5K and Its 2′,3′-Dideoxy Analog dm5K
  作者：Henning J. Jessen、Wolfgang Fendrich、Chris Meier

  DOI：10.1002/ejoc.200500532

  日期：2006.2

  The synthesis of the fluorescent thymidine nucleoside analog 5-methyl-pyrimidin-2-one nucleoside 1 (m5K) and that of its 2′,3′-dideoxy derivative 2 (dm5K) are described. Moreover, the conversion of 1 and 2 into the corresponding 3-methyl-cycloSal-phosphate triesters 11 and 12 or an enzyme-cleavable prodrug 5-acetoxymethylpropionate-cycloSal-phosphate triester 13, and the fluorescence and hydrolysis

  描述了荧光胸苷核苷类似物 5-methyl-pyrimidin-2-one nucleoside 1 (m5K) 及其 2',3'-dideoxy 衍生物 2 (dm5K) 的合成。此外，1和2转化为相应的3-甲基-环Sal-磷酸三酯11和12或酶可裂解的前药5-乙酰氧基甲基丙酸酯-环Sal-磷酸三酯13，以及这些新的亲脂性三酯的荧光和水解特性报道。最后，在细胞提取物水解实验和细胞摄取模型研究中证明了这些 cycloSal 前核苷酸作为探针的适用性。(© Wiley-VCH Verlag GmbH & Co. KGaA, 69451 Weinheim, Germany, 2006)
• Synthesis and evaluation of thymidine kinase 1-targeting carboranyl pyrimidine nucleoside analogs for boron neutron capture therapy of cancer
  作者：Hitesh K. Agarwal、Ahmed Khalil、Keisuke Ishita、Weilian Yang、Robin J. Nakkula、Lai-Chu Wu、Tehane Ali、Rohit Tiwari、Youngjoo Byun、Rolf F. Barth、Werner Tjarks

  DOI：10.1016/j.ejmech.2015.05.042

  日期：2015.7

  amido-substituted carboranyl pyrimidine nucleoside analogs, designed as substrates and inhibitors of thymidine kinase 1 (TK1) for potential use in boron neutron capture therapy (BNCT) of cancer, was synthesized and evaluated in enzyme kinetic-, enzyme inhibition-, metabolomic-, and biodistribution studies. One of these 2nd generation carboranyl pyrimidine nucleoside analogs (YB18A [3]), having an amino group directly

  合成了十六个第二代氨基和酰胺基取代的碳硼烷基嘧啶核苷类似物的文库，并设计为可用于癌症的硼中子捕获疗法（BNCT）的胸苷激酶1（TK1）的底物和抑制剂，并通过酶动力学进行了评估-，酶抑制-，代谢组学和生物分布研究。这些第二代碳硼烷基嘧啶核苷类似物（YB18A [ 3 ]）中的一个，氨基直接与通过乙烯间隔基束缚在胸腺嘧啶3位上的间甲碳氢化合物笼相连，具有约3-4倍的底物hTK1和抑制剂比N5 - 2OH（2-），是第一代碳硼烷基嘧啶核苷类似物。既2和3似乎是5'-单磷酸化在TK1（+）细胞RG2，无论在体外和体内。对携带脑内RG2神经胶质瘤的大鼠进行生物分布研究后，选择性摄取了3种肿瘤，瘤内浓度大约是2种的4倍。获得的结果大大提高了对TK1和碳硼烷基嘧啶核苷类似物之间结合相互作用的理解，并将深刻影响这些试剂的未来设计策略。
• The pH Effect on the Naphthoquinone-Photosensitized Oxidation of 5-Methylcytosine
  作者：Hisatsugu Yamada、Kazuhito Tanabe、Takeo Ito、Sei-ichi Nishimoto

  DOI：10.1002/chem.200800840

  日期：2008.11.17

  g experiments revealed that the less-efficient photooxidation at pH values below 4.5 is attributed to the decreased rate of one-electron oxidation of d(m)C owing to protonation at the N(3)-position. The NQ-photosensitized oxidation of an N(4)-dimethyl-substituted d(m)C derivative under various pH conditions also suggests that the pH change in the range of 5.0 to 8.0 may be responsible for a reversible

  研究了pH对2-甲基-1,4-萘醌（NQ）敏化的5-甲基-2'-脱氧胞苷（d（m）C）单电子光氧化的影响。在pH值为5.0的弱酸性条件下，用光辐照含d（m）C和NQ的水溶液可有效产生5-甲酰基-2'-脱氧胞苷，而类似的NQ-光敏化d（m）C的氧化在较小的条件下进行的程度较小。酸性或碱性条件。荧光猝灭实验表明，在pH值低于4.5时，光氧化效率较低，这归因于d（m）C的单电子氧化速率，其归因于N（3）位置的质子化。N（4）-二甲基取代的d（m）C衍生物在各种pH条件下的NQ光敏氧化也表明pH值在5.0至8范围内变化。0可能负责d（m）C自由基阳离子的N（4）-外环氨基上的可逆去质子化-质子化平衡。根据单体d（m）C的光化学反应性，寡脱氧核苷酸中的5-甲基胞嘧啶残基在弱酸性条件下被光激发的NQ系链的寡脱氧核苷酸有效地氧化，形成对碱不稳定的5-甲酰基胞嘧啶残基。
• Photo-Tethers for the (Multi-)Cyclic, Conformational Caging of Long Oligonucleotides
  作者：Patrick Seyfried、Laura Eiden、Nikolai Grebenovsky、Günter Mayer、Alexander Heckel

  DOI：10.1002/anie.201610025

  日期：2017.1.2

  Intramolecular circularization of DNA oligonucleotides was accomplished by incorporation of alkyne‐modified photolabile nucleosides into DNA sequences, followed by a CuI‐catalyzed alkyne–azide cycloaddition with bis‐azido linker molecules. We determined a range of ring sizes, in which the caged circular oligonucleotides exhibit superior duplex destabilizing properties. Specific binding of a full‐length

  DNA寡核苷酸的分子内环化是通过将炔烃修饰的光不稳定核苷掺入DNA序列中，然后再加入Cu I双叠氮基连接分子催化炔-叠氮化物环加成反应。我们确定了一系列的环大小，其中笼状的环状寡核苷酸表现出优异的双链去稳定特性。然后通过将适体锁定在双环结构中来暂时抑制识别人伯基特氏淋巴瘤细胞的全长90 nt C10适体的特异性结合。辐照恢复了天然的适体构象，导致有效的细胞结合和摄取。此处提出的光缆连接策略为更长功能的寡核苷酸的光激活提供了一个强大而通用的工具，值得注意的是，无需事先了解DNA适体中特定核苷酸的结构和重要性。